PDB-2apj: X-Ray Structure of Protein from Arabidopsis Thaliana AT4G34215 at...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2apj

タイトル

X-Ray Structure of Protein from Arabidopsis Thaliana AT4G34215 at 1.6 Angstrom Resolution

要素

Putative Esterase

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / AT4G34215 / Putative Esterase / SGNH-HYDROLASE SUPERFAMILY / CARBOHYDRATE ESTERASE FAMILY 6 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CESG / Center for Eukaryotic Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Mccoy, J.G. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: The structure at 1.6 Angstroms resolution of the protein product of the At4g34215 gene from Arabidopsis thaliana.
著者: Bitto, E. / Bingman, C.A. / McCoy, J.G. / Allard, S.T. / Wesenberg, G.E. / Phillips, G.N.

履歴

登録	2005年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2005年8月30日	ID: 2AEA
改定 1.0	2005年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2apj.cif.gz	233.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2apj.ent.gz	183.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2apj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/2apj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/2apj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zmbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5wxx-d 4o7r-d 2ygf-d 5xg0-3 6vvq-4 4asb-d 4bp0-1 6a6o-d 2vw5-1 4m8k-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.22797

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative Esterase

B: Putative Esterase

C: Putative Esterase

D: Putative Esterase

114 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Putative Esterase

登録者が定義した集合体
28.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Putative Esterase

登録者が定義した集合体
28.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Putative Esterase

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4

D: Putative Esterase

登録者が定義した集合体
28.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	40.688, 71.918, 93.213
Angle α, β, γ (deg.)	108.16, 93.25, 90.40
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	A
6	1	B
7	1	C
8	1	D
9	1	A
10	1	B
11	1	C
12	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	PHE	PHE	A	A	20 - 40	20 - 40
2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	B	B	20 - 40	20 - 40
3	1	PRO	PRO	PHE	PHE	C	C	20 - 40	20 - 40
4	1	PRO	PRO	PHE	PHE	D	D	20 - 40	20 - 40
5	2	TRP	TRP	ASN	ASN	A	A	50 - 100	50 - 100
6	2	TRP	TRP	ASN	ASN	B	B	50 - 100	50 - 100
7	2	TRP	TRP	ASN	ASN	C	C	50 - 100	50 - 100
8	2	TRP	TRP	ASN	ASN	D	D	50 - 100	50 - 100
9	3	SER	SER	CYS	CYS	A	A	110 - 260	110 - 260
10	3	SER	SER	CYS	CYS	B	B	110 - 260	110 - 260
11	3	SER	SER	CYS	CYS	C	C	110 - 260	110 - 260
12	3	SER	SER	CYS	CYS	D	D	110 - 260	110 - 260

#1: タンパク質	Putative Esterase 分子量: 28546.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: AT4G34215 / プラスミド: PVP 16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: O49483, UniProt: Q8L9J9*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1611 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.3	46.8
2	2.3	46.8

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
277	2	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	5.5	PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.005 M BIS-TRIS, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.003 M SODIUM AZIDE, 0.0003 M TCEP, PH 6.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (17% PEG 4000, 0.020 M POTASSIUM NITRATE, 0.050 M MES, 0.050 M SODIUM ACETATE PH 5.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
273	1	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	5.5	PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.005 M BIS-TRIS, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.003 M SODIUM AZIDE, 0.0003 M TCEP, PH 6.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (18% PEG 4000, 0.010 M POTASSIUM NITRATE, 0.050 M MES, 0.050 M SODIUM ACETATE PH 5.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 273K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	22-ID	1	0.98245
シンクロトロン	APS	22-ID	2	0.97234

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MARMOSAIC 300 mm CCD	1	CCD	2005年8月10日	PAIR OF BIMORPH, RHODIUM COATED KIRKPATRICK-BAEZ MIRRORS
MARMOSAIC 225 mm CCD	2	CCD	2005年7月10日	HORIZONTAL SAGITALLY FOCUSING 2ND BENT MONOCHROMATOR CRYSTAL, VERTICAL BENT FOCUSING MIRROR

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	INDIRECT LIQUID NITROGEN COOLED DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR WITH SI-111 CRYSTALS	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	WATER COOLED SI (111) DOUBLE BOUNCE	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.98245	1
2	0.97234	1

Reflection

D res low: 50 Å

冗長度 (%)	ID	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res high (Å)	% possible obs
3.8	1	125043	0.047	1.02	1.6	94.5
3.6	2	29893	0.071	1.049	2.6	93.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.95	50	99.1	1	0.03	1.075	3.9
3.13	3.95	98.8	1	0.032	1.086	4
2.74	3.13	98.2	1	0.042	1.081	3.9
2.49	2.74	97.8	1	0.045	1.02	3.9
2.31	2.49	97.5	1	0.052	1.044	3.9
2.17	2.31	97	1	0.056	1.048	3.8
2.06	2.17	96.1	1	0.067	0.974	3.8
1.97	2.06	95.1	1	0.077	1.043	3.7
1.9	1.97	94.2	1	0.089	1.019	3.7
1.83	1.9	93.7	1	0.111	1.05	3.7
1.77	1.83	93.2	1	0.135	1.005	3.7
1.72	1.77	92.4	1	0.16	0.971	3.7
1.68	1.72	92	1	0.192	0.948	3.6
1.64	1.68	89.1	1	0.22	0.957	3.5
1.6	1.64	83.7	1	0.24	0.922	3.4
5.6	50	99.7	2	0.037	1.448	4
4.45	5.6	99.4	2	0.044	1.134	4
3.88	4.45	99.3	2	0.056	1.045	4
3.53	3.88	99.2	2	0.076	1.073	4
3.28	3.53	99.1	2	0.112	0.96	3.9
3.08	3.28	98.8	2	0.196	0.909	3.8
2.93	3.08	98.5	2	0.242	0.906	3.5
2.8	2.93	96.4	2	0.318	0.918	3.1
2.69	2.8	85.8	2	0.381	0.975	2.7
2.6	2.69	62.1	2	0.437	0.909	2.3

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 125043 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.047 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 17.57

反射シェル

解像度: 1.6→1.64 Å / % possible obs: 83.7 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 4.611 / Num. measured obs: 7428 / Χ²: 0.922 / % possible all: 83.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 0.577 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.274

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	47.27 Å
Translation	3 Å	47.27 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PHYRE SERVER HOMOLOGY MODEL BASED ON 1ZMB

1zmb

解像度: 1.6→35.852 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / WR_factor R_free: 0.19 / WR_factor R_work: 0.153 / SU B: 2.813 / SU ML: 0.05 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.183	6226	4.987 %	RANDOM
R_work	0.1456	-	-	-
all	0.147	-	-	-
obs	0.14746	124841	94.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.471 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.969 Å²	-0.051 Å²	-0.536 Å²
2-	-	-0.932 Å²	-0.355 Å²
3-	-	-	-0.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→35.852 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7468	0	0	1611	9079

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	7675
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.617	1.966	10415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.48	5	961
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.928	24.543	339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.596	15	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.954	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	1167
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5779
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	3975
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	5372
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.193	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.184	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.994	1.5	4899
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.481	2	7726
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.601	3	3110
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.029	4.5	2689

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1682 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	Rms	タイプ	Weight
1	A	0.22	MEDIUM POSITIONAL	0.5
2	B	0.22	MEDIUM POSITIONAL	0.5
3	C	0.32	MEDIUM POSITIONAL	0.5
4	D	0.26	MEDIUM POSITIONAL	0.5
1	A	0.88	MEDIUM THERMAL	2
2	B	0.95	MEDIUM THERMAL	2
3	C	1.03	MEDIUM THERMAL	2
4	D	1.14	MEDIUM THERMAL	2

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.641	0.238	420	0.19	7638	9781	82.384
1.641-1.686	0.229	426	0.179	8076	9508	89.419
1.686-1.735	0.207	411	0.17	8066	9211	92.031
1.735-1.788	0.204	438	0.157	7971	9079	92.62
1.788-1.847	0.204	359	0.154	7778	8741	93.09
1.847-1.912	0.181	397	0.148	7462	8369	93.906
1.912-1.984	0.163	426	0.144	7233	8119	94.334
1.984-2.064	0.176	364	0.148	7129	7855	95.391
2.064-2.156	0.169	345	0.146	6874	7523	95.959
2.156-2.261	0.192	350	0.139	6620	7207	96.712
2.261-2.382	0.202	354	0.141	6303	6823	97.567
2.382-2.526	0.199	309	0.145	6012	6472	97.667
2.526-2.7	0.188	294	0.143	5599	6026	97.793
2.7-2.914	0.178	280	0.144	5288	5682	97.994
2.914-3.191	0.17	253	0.144	4854	5187	98.458
3.191-3.564	0.161	227	0.128	4417	4703	98.745
3.564-4.108	0.15	208	0.124	3924	4175	98.97
4.108-5.015	0.167	167	0.127	3310	3507	99.145
5.015-7.024	0.223	114	0.184	2607	2736	99.452
7.024-35.852	0.197	84	0.167	1454	1557	98.78

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8712	0.0368	0.2167	1.2323	-0.0527	1.0523	-0.0038	-0.0363	0.027	0.0364	0.0418	-0.0375	0.0606	0.0288	-0.038	-0.2126	0.0039	0.0038	-0.1586	-0.0006	-0.1598	1.008	0.841	0.064
2	0.8254	0.043	-0.198	1.1852	-0.0169	1.2196	0.0242	-0.0059	-0.0102	0.0233	0.0238	-0.04	-0.0783	0.0323	-0.048	-0.2008	-0.003	-0.0047	-0.1596	-0.0034	-0.1389	21.328	28.498	15.447
3	1.1553	0.1579	0.85	1.3835	0.3882	1.7946	0.024	-0.0305	0.001	0.0197	-0.0208	0.039	-0.047	-0.0054	-0.0032	-0.0459	0.0371	-0.0216	-0.1335	-0.0003	-0.1601	18.686	58.35	41.983
4	0.7186	0.0878	-0.3056	1.9051	0.5511	1.5239	0.0341	0.0567	-0.0134	-0.1786	0.0127	-0.0484	-0.0408	0.102	-0.0467	-0.0713	-0.0216	-0.0079	-0.1151	-0.0047	-0.1499	-2.21	-28.557	-26.769

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	17 - 260	17 - 260
2	2	B	B	18 - 260	18 - 260
3	3	C	C	20 - 260	20 - 260
4	4	D	D	20 - 260	20 - 260

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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