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Yorodumi- PDB-4bp0: Crystal structure of the closed form of Pseudomonas aeruginosa SPM-1 -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4bp0 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the closed form of Pseudomonas aeruginosa SPM-1 | ||||||
Components | METALLO-B-LACTAMASE | ||||||
Keywords | HYDROLASE / METALLO BETA LACTAMASE | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationantibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.24 Å | ||||||
Authors | McDonough, M.A. / Brem, J. / Schofield, C.J. | ||||||
Citation | Journal: Chem Sci / Year: 2015Title: Studying the active-site loop movement of the Sao Paolo metallo-beta-lactamase-1 Authors: Brem, J. / Struwe, W.B. / Rydzik, A.M. / Tarhonskaya, H. / Pfeffer, I. / Flashman, E. / van Berkel, S.S. / Spencer, J. / Claridge, T.D. / McDonough, M.A. / Benesch, J.L. / Schofield, C.J. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4bp0.cif.gz | 411.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4bp0.ent.gz | 339.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4bp0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4bp0_validation.pdf.gz | 468.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4bp0_full_validation.pdf.gz | 477.7 KB | Display | |
| Data in XML | 4bp0_validation.xml.gz | 41.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 4bp0_validation.cif.gz | 57.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/4bp0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/4bp0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 2fhxS S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 27927.178 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: RESIDUES 29-276 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Water | ChemComp-HOH / | Nonpolymer details | CHLORIDE ION (CL): CHLORIDE WAS MODELED AS PUTATIVE ION DUE TO LACK OF BETTER ALTERNATIVE BASED ON ...CHLORIDE ION (CL): CHLORIDE WAS MODELED AS PUTATIVE ION DUE TO LACK OF BETTER ALTERNATIV | Sequence details | THE TWO N-TERMINAL RESIDUES 'GP' FROM THE 3C PROTEASE CLEAVAGE SITE REMAIN PART OF THE PROTEIN ...THE TWO N-TERMINAL RESIDUES 'GP' FROM THE 3C PROTEASE CLEAVAGE SITE REMAIN PART OF THE PROTEIN AFTER CLEAVAGE OF THE HIS-TAG | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47.01 % / Description: NONE |
|---|---|
| Crystal grow | Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: PROTEIN WAS CRYTALLISED FROM 10% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 8000, 0.1M HEPES, PH7.5, VAPOR DIFFUSION SITTING DROP, ROOM TEMPERATURE |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I02 / Wavelength: 1.0081 |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS / Detector: PIXEL / Date: Dec 11, 2012 Details: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR FOR HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSSING |
| Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.0081 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.24→71.91 Å / Num. obs: 53352 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 40.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.7 |
| Reflection shell | Resolution: 2.24→2.3 Å / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 2FHX Resolution: 2.24→71.9428 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.34 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 49.51 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.24→71.9428 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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