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Yorodumi- PDB-4bp0: Crystal structure of the closed form of Pseudomonas aeruginosa SPM-1 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4bp0 | ||||||
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Title | Crystal structure of the closed form of Pseudomonas aeruginosa SPM-1 | ||||||
Components | METALLO-B-LACTAMASE | ||||||
Keywords | HYDROLASE / METALLO BETA LACTAMASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | PSEUDOMONAS AERUGINOSA (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.24 Å | ||||||
Authors | McDonough, M.A. / Brem, J. / Schofield, C.J. | ||||||
Citation | Journal: Chem Sci / Year: 2015 Title: Studying the active-site loop movement of the Sao Paolo metallo-beta-lactamase-1 Authors: Brem, J. / Struwe, W.B. / Rydzik, A.M. / Tarhonskaya, H. / Pfeffer, I. / Flashman, E. / van Berkel, S.S. / Spencer, J. / Claridge, T.D. / McDonough, M.A. / Benesch, J.L. / Schofield, C.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4bp0.cif.gz | 411.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4bp0.ent.gz | 339.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4bp0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4bp0_validation.pdf.gz | 468.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4bp0_full_validation.pdf.gz | 477.7 KB | Display | |
Data in XML | 4bp0_validation.xml.gz | 41.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4bp0_validation.cif.gz | 57.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/4bp0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/4bp0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2fhxS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27927.178 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: RESIDUES 29-276 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (bacteria) / Strain: 48-1997A / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): PLYSS / References: UniProt: Q8G9Q0, beta-lactamase #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Water | ChemComp-HOH / | Nonpolymer details | CHLORIDE ION (CL): CHLORIDE WAS MODELED AS PUTATIVE ION DUE TO LACK OF BETTER ALTERNATIVE BASED ON ...CHLORIDE ION (CL): CHLORIDE WAS MODELED AS PUTATIVE ION DUE TO LACK OF BETTER ALTERNATIV | Sequence details | THE TWO N-TERMINAL RESIDUES 'GP' FROM THE 3C PROTEASE CLEAVAGE SITE REMAIN PART OF THE PROTEIN ...THE TWO N-TERMINAL RESIDUES 'GP' FROM THE 3C PROTEASE CLEAVAGE SITE REMAIN PART OF THE PROTEIN AFTER CLEAVAGE OF THE HIS-TAG | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47.01 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: PROTEIN WAS CRYTALLISED FROM 10% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 8000, 0.1M HEPES, PH7.5, VAPOR DIFFUSION SITTING DROP, ROOM TEMPERATURE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I02 / Wavelength: 1.0081 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS / Detector: PIXEL / Date: Dec 11, 2012 Details: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR FOR HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSSING |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0081 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.24→71.91 Å / Num. obs: 53352 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 40.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.24→2.3 Å / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2FHX Resolution: 2.24→71.9428 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.34 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.51 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.24→71.9428 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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