[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4wje: Crystal structure of Trichomonas vaginalis triosephosphate isomer... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wje | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Trichomonas vaginalis triosephosphate isomerase V45A at 1.3 Angstroms | ||||||
Components | Triosephosphate isomerase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / isomerase glycolysis monomer mutant | ||||||
Function / homology | Function and homology information glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Trichomonas vaginalis (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.285 Å | ||||||
Authors | Jimenez-Sandoval, P. / Rojas-Mendez, K. / Lara-Gonzalez, S. / Brieba, L.G. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of Trichomonas vaginalis triosephosphate isomerase V45A at 1.3 Angstroms Authors: Jimenez-Sandoval, P. / Rojas-Mendez, K. / Lara-Gonzalez, S. / Brieba, L.G. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4wje.cif.gz | 65.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4wje.ent.gz | 45.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4wje.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/4wje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/4wje | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 3qstS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 27711.863 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: V45A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trichomonas vaginalis (eukaryote) / Gene: TVAG_096350 / Variant: Val-45 variant / Plasmid: pET19B / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta 2 / References: UniProt: A2FT29, triose-phosphate isomerase |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-NA / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.14 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 294.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.16 M NaOAc, 0.08 M Sodium cacodylate, 14.4% PEG, 20% Glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X6A / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Apr 30, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.285→20.14 Å / Num. all: 73262 / Num. obs: 73090 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1.34 / Redundancy: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 9.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1.573 / Net I/av σ(I): 29.674 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 562511 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
|
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR |
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3QST Resolution: 1.285→20.138 Å / SU ML: 0.1 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.05 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 40.7 Å2 / Biso mean: 11.2605 Å2 / Biso min: 5.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.285→20.138 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26
|