PDB-5b0d: Polyketide cyclase OAC from Cannabis sativa, Y27W mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5b0d

タイトル

Polyketide cyclase OAC from Cannabis sativa, Y27W mutant

要素

Olivetolic acid cyclase

キーワード

LYASE / Cannabis sativa / plant polyketide cyclase

機能・相同性

機能・相同性情報

olivetolic acid cyclase / olivetolic acid biosynthetic process / cannabinoid biosynthetic process / pollen tube adhesion / cyclase activity / terpenoid biosynthetic process / lyase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Cannabis sativa (アサ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.801 Å

データ登録者

Yang, X. / Matsui, T. / Mori, T. / Abe, I. / Morita, H.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2016
タイトル: Structural basis for olivetolic acid formation by a polyketide cyclase from Cannabis sativa
著者: Yang, X. / Matsui, T. / Kodama, T. / Mori, T. / Zhou, X. / Taura, F. / Noguchi, H. / Abe, I. / Morita, H.

履歴

登録	2015年10月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月6日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月26日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5b0d.cif.gz	98.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5b0d.ent.gz	74.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5b0d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5b0d_validation.pdf.gz	419 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5b0d_full_validation.pdf.gz	419.9 KB	表示
XML形式データ	5b0d_validation.xml.gz	10.4 KB	表示
CIF形式データ	5b0d_validation.cif.gz	13.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/5b0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/5b0d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5b08SC 5b09C 5b0aC 5b0bC 5b0cC 5b0eC 5b0fC 5b0gC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5b0a-d 2eiq-3 5b0b-2 2omo-4 5b0b-1 4hl9-1 2qyc-d 3d82-2 2ifx-d 4hl9-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Olivetolic acid cyclase

B: Olivetolic acid cyclase

24.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.110, 29.830, 36.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.550, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and segid ARO
2	1	chain B and segid BRO

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A and segid ARO	A	0
2	1	1	chain B and segid BRO	B	0

#1: タンパク質	Olivetolic acid cyclase 分子量: 12253.048 Da / 分子数: 2 / 変異: Y27W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cannabis sativa (アサ) / 遺伝子: OAC / プラスミド: pQE-80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: I6WU39, olivetolic acid cyclase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.31 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM MES, pH 6.5, 25% (w/v) PEG3000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月22日
放射	モノクロメーター: Si(1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 16563 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.587 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R rigid body: 0.864

	最高解像度	最低解像度
Rotation	34.59 Å	1.96 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5B08

5b08

解像度: 1.801→34.585 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2453	829	5.01 %	Random selection
R_work	0.1958	15732	-	-
obs	0.1983	16561	99.57 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.89 Å² / B_iso mean: 24.6099 Å² / B_iso min: 11.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.801→34.585 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1672	0	0	119	1791
B_iso mean	-	-	-	31.09	-
残基数	-	-	-	-	198

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1719
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.199	2329
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	254
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	287
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.274	619

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	946	X-RAY DIFFRACTION	5.377	TORSIONAL
1	2	B	946	X-RAY DIFFRACTION	5.377	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8007-1.9135	0.3182	136	0.249	2570	2706	99
1.9135-2.0612	0.2634	137	0.2108	2602	2739	100
2.0612-2.2686	0.2488	137	0.1987	2605	2742	100
2.2686-2.5968	0.2429	138	0.1989	2632	2770	100
2.5968-3.2713	0.2759	138	0.2029	2624	2762	100
3.2713-34.5913	0.2117	143	0.1774	2699	2842	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6136	0.0549	-0.3581	0.5185	0.5335	1.5207	0.0084	0.0106	-0.2175	-0.0093	0.0491	0.0926	0.0583	0.0866	0	0.152	0.0001	0.0042	0.1568	-0.0069	0.1735	30.3867	-1.5801	2.1012
2	0.1629	0.1484	0.1037	0.2598	0.1003	0.0749	-0.1916	-0.0479	0.3514	0.242	-0.1959	0.3899	-0.3827	-0.2322	-0.0029	0.2662	-0.0015	0.0021	0.2608	-0.0449	0.2124	12.918	4.1998	-1.0854
3	2.344	-0.0487	1.382	0.1245	0.2109	1.2818	-0.267	-0.2223	0.3959	0.0434	0.3814	0.6021	-0.6357	-0.3378	-0.0502	0.3288	0.061	0.0258	0.2011	0.0966	0.3165	17.2912	10.4113	1.7608
4	1.4162	0.0752	-0.3094	0.308	0.2994	0.7396	0.0242	-0.2393	-0.0228	0.1627	0.012	-0.0699	-0.0408	0.2416	0	0.205	0.0114	-0.0102	0.2164	-0.0097	0.1751	31.1791	0.0655	10.6924
5	1.4465	0.4421	-0.1962	0.1372	-0.1459	1.3013	0.027	-0.0917	-0.0581	0.0269	0.0582	-0.1217	-0.0576	-0.116	-0	0.1755	-0.005	-0.0012	0.1784	-0.0086	0.1789	8.6129	-3.5848	16.0651
6	2.3409	-1.6504	1.3499	1.6824	-2.2638	4.0935	-0.0958	-0.1541	0.7819	-0.2941	-0.2021	-0.1488	-0.8101	0.5468	-0.3194	0.3051	-0.0546	-0.0122	0.1871	-0.0563	0.2899	21.9278	6.9331	18.0248
7	1.2128	0.7628	0.2489	0.8695	-0.1353	1.4938	0.039	0.1544	-0.0306	-0.1458	0.0505	0.0275	-0.1137	-0.1786	0	0.191	-0.0156	-0.0165	0.1843	0.0043	0.2084	7.5963	-2.281	7.4256

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 44 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 45 through 50 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 51 through 56 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 57 through 101 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 44 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 45 through 56 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 57 through 101 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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