+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5b0e | ||||||
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Title | Polyketide cyclase OAC from Cannabis sativa, V59M mutant | ||||||
Components | Olivetolic acid cyclase | ||||||
Keywords | LYASE / Cannabis sativa / plant polyketide cyclase | ||||||
Function / homology | Function and homology information olivetolic acid cyclase / olivetolic acid biosynthetic process / cannabinoid biosynthetic process / pollen tube adhesion / cyclase activity / terpenoid biosynthetic process / lyase activity / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Cannabis sativa (plant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.603 Å | ||||||
Authors | Yang, X. / Matsui, T. / Mori, T. / Abe, I. / Morita, H. | ||||||
Citation | Journal: Febs J. / Year: 2016 Title: Structural basis for olivetolic acid formation by a polyketide cyclase from Cannabis sativa Authors: Yang, X. / Matsui, T. / Kodama, T. / Mori, T. / Zhou, X. / Taura, F. / Noguchi, H. / Abe, I. / Morita, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5b0e.cif.gz | 99.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5b0e.ent.gz | 75.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5b0e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5b0e_validation.pdf.gz | 443 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5b0e_full_validation.pdf.gz | 443.4 KB | Display | |
Data in XML | 5b0e_validation.xml.gz | 11 KB | Display | |
Data in CIF | 5b0e_validation.cif.gz | 15.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/5b0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/5b0e | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5b08SC 5b09C 5b0aC 5b0bC 5b0cC 5b0dC 5b0fC 5b0gC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 12262.076 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: V59M Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cannabis sativa (plant) / Gene: OAC / Plasmid: pQE-80L / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): M15 / References: UniProt: I6WU39, olivetolic acid cyclase #2: Chemical | ChemComp-GOL / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 278 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 100 mM Tris - HCl, pH 8.5, 15% (w/v) PEG 20000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NW12A / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Nov 22, 2014 |
Radiation | Monochromator: Si(1 1 1) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection twin | Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.03 |
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 31774 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 26.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.7 Å / Redundancy: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 7 / % possible all: 99.7 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.466
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5B08 Resolution: 1.603→41.318 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 21.62 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 73.53 Å2 / Biso mean: 24.3108 Å2 / Biso min: 16.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.603→41.318 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 95 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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