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Yorodumi- PDB-3hds: Crystal structure of 4-methylmuconolactone methylisomerase in com... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hds | ||||||
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Title | Crystal structure of 4-methylmuconolactone methylisomerase in complex with MES | ||||||
Components |
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Keywords | ISOMERASE / ferredoxin / ferredoxin-like fold / beta-barrel / 4-methylmuconolactone methylisomerase / biodegradation / ortho-cleavage | ||||||
Function / homology | 4-Methylmuconolactone methyl-isomerase / Methylmuconolactone methyl-isomerase / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / isomerase activity / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / 4-methylmuconolactone methylisomerase Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas reinekei (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.45 Å | ||||||
Authors | Marin, M. / Heinz, D.W. / Pieper, D.H. / Klink, B.U. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2009 Title: Crystal structure and catalytic mechanism of 4-methylmuconolactone methylisomerase Authors: Marin, M. / Heinz, D.W. / Pieper, D.H. / Klink, B.U. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3hds.cif.gz | 120.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3hds.ent.gz | 94.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3hds.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3hds_validation.pdf.gz | 495.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3hds_full_validation.pdf.gz | 505.3 KB | Display | |
Data in XML | 3hds_validation.xml.gz | 25.8 KB | Display | |
Data in CIF | 3hds_validation.cif.gz | 36.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/3hds ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/3hds | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3hf5C 3hfkC 2ifxS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13643.688 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas reinekei (bacteria) / Strain: MT1 / Gene: mmlI / Plasmid: pASKIBAmmlI / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): JM109 / References: UniProt: C5MR76, EC: 5.4.99.14 #2: Protein/peptide | Mass: 520.536 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: Synthetic peptide #3: Chemical | ChemComp-MES / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: hanging drop / pH: 5 Details: 25% PEG 1500, 0.1M MMT, hanging drop, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.8726 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 28, 2008 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8726 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Number: 733384 / Rmerge(I) obs: 0.084 / D res high: 1.45 Å / Num. obs: 91817 / % possible obs: 100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.45→42.07 Å / Num. obs: 91817 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.99 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 14.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2IFX Resolution: 1.45→42.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.156 / SU ML: 0.045 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.071 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 17.936 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.45→42.07 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
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