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Yorodumi- PDB-2omo: Putative antibiotic biosynthesis monooxygenase from Nitrosomonas ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2omo | ||||||
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Title | Putative antibiotic biosynthesis monooxygenase from Nitrosomonas europaea | ||||||
Components | DUF176 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / structural genomics / APC6266 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | ABM domain profile. / Antibiotic biosynthesis monooxygenase / Antibiotic biosynthesis monooxygenase domain / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / DUF176 Function and homology information | ||||||
Biological species | Nitrosomonas europaea (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.83 Å | ||||||
Authors | Osipiuk, J. / Evdokimova, E. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: X-ray structure of putative antibiotic biosynthesis monooxygenase from Nitrosomonas europaea. Authors: Osipiuk, J. / Evdokimova, E. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2omo.cif.gz | 196.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2omo.ent.gz | 160.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2omo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2omo_validation.pdf.gz | 503.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2omo_full_validation.pdf.gz | 517.1 KB | Display | |
Data in XML | 2omo_validation.xml.gz | 38.1 KB | Display | |
Data in CIF | 2omo_validation.cif.gz | 55.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/2omo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/2omo | HTTPS FTP |
-Related structure data
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-Assembly
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Unit cell |
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Details | unknown, putative dimer |
-Components
#1: Protein | Mass: 14518.295 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Nitrosomonas europaea (bacteria) / Strain: IFO 14298 / Gene: NE0621 / Plasmid: pET15b modified / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q82WP3 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris buffer, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.9797 Å |
Detector | Type: SBC-3 / Detector: CCD / Date: Nov 21, 2006 |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9797 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.83→36.74 Å / Num. all: 82843 / Num. obs: 82843 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 35.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 29.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.83→1.91 Å / Redundancy: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.762 / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / Num. unique all: 3788 / % possible all: 57.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.83→36.74 Å / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Displacement parameters | Biso mean: 19.436 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.83→36.74 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.83→1.88 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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