+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5b0d | ||||||
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Title | Polyketide cyclase OAC from Cannabis sativa, Y27W mutant | ||||||
Components | Olivetolic acid cyclase | ||||||
Keywords | LYASE / Cannabis sativa / plant polyketide cyclase | ||||||
Function / homology | Function and homology information olivetolic acid cyclase / olivetolic acid biosynthetic process / pollen tube adhesion / cannabinoid biosynthetic process / cyclase activity / terpenoid biosynthetic process / lyase activity / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Cannabis sativa (plant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.801 Å | ||||||
Authors | Yang, X. / Matsui, T. / Mori, T. / Abe, I. / Morita, H. | ||||||
Citation | Journal: Febs J. / Year: 2016 Title: Structural basis for olivetolic acid formation by a polyketide cyclase from Cannabis sativa Authors: Yang, X. / Matsui, T. / Kodama, T. / Mori, T. / Zhou, X. / Taura, F. / Noguchi, H. / Abe, I. / Morita, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5b0d.cif.gz | 98.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5b0d.ent.gz | 74.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5b0d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5b0d_validation.pdf.gz | 419 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5b0d_full_validation.pdf.gz | 419.9 KB | Display | |
Data in XML | 5b0d_validation.xml.gz | 10.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5b0d_validation.cif.gz | 13.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/5b0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/5b0d | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5b08SC 5b09C 5b0aC 5b0bC 5b0cC 5b0eC 5b0fC 5b0gC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 12253.048 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: Y27W Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cannabis sativa (plant) / Gene: OAC / Plasmid: pQE-80L / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): M15 / References: UniProt: I6WU39, olivetolic acid cyclase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.84 Å3/Da / Density % sol: 33.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 278 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 100 mM MES, pH 6.5, 25% (w/v) PEG3000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NW12A / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Nov 22, 2014 |
Radiation | Monochromator: Si(1 1 1) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 16563 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 13.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.91 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.587 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.8 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.864
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5B08 Resolution: 1.801→34.585 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 25.93 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 73.89 Å2 / Biso mean: 24.6099 Å2 / Biso min: 11.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.801→34.585 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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