PDB-5apt: Sequence IENKADKAD inserted between GCN4 adaptors - Structure A9

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5apt

タイトル

Sequence IENKADKAD inserted between GCN4 adaptors - Structure A9

要素

GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / ALPHA/BETA COILED COIL / BETA LAYER / TRIMER

機能・相同性

機能・相同性情報

protein localization to nuclear periphery / FCERI mediated MAPK activation / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Hartmann, M.D. / Mendler, C.T. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: alpha / beta coiled coils.
著者: Hartmann, M.D. / Mendler, C.T. / Bassler, J. / Karamichali, I. / Ridderbusch, O. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B.

履歴

登録	2015年9月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5apt.cif.gz	103.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5apt.ent.gz	81.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5apt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5apt_validation.pdf.gz	451.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5apt_full_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示
XML形式データ	5apt_validation.xml.gz	11.4 KB	表示
CIF形式データ	5apt_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/5apt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/5apt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5appC 5apqC 5apsC 5apuC 5apvC 5apwC 5apxC 5apyC 5apzC 2wpqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5apu-d 3h6p-d 6wjk-d 6ual-d 6yf5-2 6xor-d 4e40-d 6yf5-1 3i57-1 2ztb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (9) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4)

登録構造単位

A: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

B: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

C: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

34.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.180, 34.590, 67.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.66, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	A
2	2	B
3	2	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	A	-11 - 30
2	1	1	6	B	-11 - 30
3	1	1	6	C	-11 - 30
1	1	2	6	A	35 - 66
2	1	2	6	B	35 - 66
3	1	2	6	C	35 - 66

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.354436, 0.670964, -0.651293), (-0.628572, -0.344708, -0.69719), (-0.692295, 0.656494, 0.299572)	17.19999, 15.89318, 18.05606
3	given	(0.237051, -0.576306, -0.782099), (0.564856, -0.573221, 0.593595), (-0.790408, -0.582486, 0.189647)	19.64044, -15.15699, 20.58216

#1: タンパク質	GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4 / AMINO ACID BIOSYNTHESIS REGULATORY PROTEIN 分子量: 11394.077 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P03069
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 1.6 M TRI-SODIUM CITRATE PH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→33.7 Å / Num. obs: 24951 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 3.67 % / R_merge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WPQ

2wpq

解像度: 1.8→32.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 7.767 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25635	1252	5 %	RANDOM
R_work	0.20558	-	-	-
obs	0.20812	23695	99.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.867 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.55 Å²	0 Å²	2.9 Å²
2-	-	-0.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1681	0	0	197	1878

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	1737
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1794
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.877	2.009	2332
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.67	3	4154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.511	5	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.812	26.463	82
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.415	15	390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.999	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.043	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	1893
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	328
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.963	8.402	843
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.952	8.389	842
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.892	14.055	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.209	10.266	894
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	458	loose positional	1.01	5
1	2	B	458	loose positional	1.11	5
1	3	C	458	loose positional	1.1	5
2	1	A	468	loose positional	1.19	5
2	2	B	468	loose positional	1.11	5
2	3	C	468	loose positional	1.01	5
1	1	A	458	loose thermal	4.3	10
1	2	B	458	loose thermal	5.78	10
1	3	C	458	loose thermal	4.99	10
2	1	A	468	loose thermal	3.23	10
2	2	B	468	loose thermal	3.4	10
2	3	C	468	loose thermal	4.03	10

LS精密化シェル

解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	89	-
R_work	0.371	1631	-
obs	-	-	94.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9719	1.2395	-4.4905	2.9491	-1.4138	7.0231	-0.271	0.2917	-0.1306	-0.0905	0.1377	-0.3714	0.1652	-0.3831	0.1333	0.3487	-0.1016	-0.0127	0.066	0.0016	0.0891	35.8378	4.7037	-14.7822
2	3.5011	0.0632	-1.7863	0.0399	0.1114	1.4538	-0.0444	-0.0594	0.144	-0.0106	-0	0.0304	0.0122	0.0417	0.0444	0.1137	-0.0054	-0.0064	0.0351	0.0045	0.1193	22.9587	4.9545	3.5265
3	4.2012	3.8551	-4.6862	3.9634	-3.5577	6.5338	0.0569	-0.4796	-0.1085	-0.0046	-0.3127	-0.0205	-0.1071	0.6867	0.2558	0.0365	0.0035	-0.0359	0.2109	0.0822	0.0761	8.1209	-0.325	21.7059
4	2.8347	0.5406	-1.8483	0.27	-0.255	1.3295	0.0794	-0.1366	-0.0197	0.0563	-0.1197	0.023	0.0542	0.096	0.0404	0.1365	0.0169	-0.0419	0.1542	0.0276	0.0775	-10.8847	-4.886	34.009
5	1.6711	-3.5121	-0.8044	8.2106	3.3365	3.6585	-0.0746	0.046	-0.186	0.2271	-0.1716	0.4601	0.1783	-0.1824	0.2462	0.0682	-0.0485	0.0079	0.1231	-0.0584	0.1023	-30.0115	-3.3974	44.9405
6	7.1655	5.6057	-0.3641	4.4402	-0.2181	0.1049	-0.0746	0.5423	0.0134	0.0781	0.2492	-0.0631	0.1105	-0.1546	-0.1746	0.2387	-0.1254	-0.0942	0.3148	0.1268	0.2069	36.4376	-5.1183	-14.3783
7	3.4916	-0.0608	-2.1013	0.8856	-0.0898	1.2854	0.0078	0.0187	-0.2468	-0.0393	-0.1209	0.0464	-0.0113	-0.002	0.113	0.0829	0.0232	-0.0483	0.1177	-0.038	0.1195	18.5894	-1.9963	-0.2963
8	5.5478	1.7371	-2.7416	0.5494	-0.8577	1.355	0.1102	-0.2318	0.0108	0.0046	-0.0922	0.0048	-0.0644	0.1103	-0.0181	0.2087	0.0403	-0.0096	0.0907	0.0229	0.0097	4.4059	3.9232	17.6126
9	0.9118	-0.3923	-1.8906	0.3364	0.7232	3.9879	0.1053	-0.1847	0.0828	0.0118	0.0855	-0.0246	-0.217	0.3352	-0.1908	0.1153	-0.0534	-0.0439	0.1773	-0.0184	0.0519	-8.9243	3.7721	37.2072
10	3.8943	0.1294	-0.9108	1.3371	-0.3207	0.2882	-0.0813	-0.1178	-0.288	0.0667	0.0543	-0.0688	-0.0193	-0.0247	0.027	0.1453	-0.0039	-0.0126	0.1463	0.0839	0.0954	-23.9019	-1.8122	54.2043
11	8.3014	-3.9889	5.4736	2.4211	-4.0802	7.7804	-0.1001	0.2345	0.5351	0.0816	-0.205	-0.2327	-0.1527	0.4298	0.3052	0.0669	-0.0137	0.0347	0.0365	0.052	0.2272	43.2192	-0.1137	-7.1872
12	3.4854	-1.854	-0.8279	1.3353	0.0835	0.5621	-0.3633	-0.1047	-0.2373	0.2543	0.1492	-0.0404	0.0158	-0.0819	0.2141	0.1032	0.0536	-0.0115	0.0641	0.0004	0.1846	25.7756	-3.6289	6.1945
13	6.024	1.0467	-3.8135	0.322	-0.3799	2.99	-0.3083	-0.4145	-0.3566	-0.0615	-0.1011	0.0073	0.2485	0.0688	0.4094	0.1436	0.0203	0.0426	0.1379	0.0377	0.119	4.261	-2.4657	17.3063
14	1.9104	-0.689	-1.5792	0.5899	0.7474	1.4136	0.0738	0.0257	-0.056	-0.0454	-0.1298	0.0311	-0.1109	-0.0454	0.056	0.1319	-0.0022	-0.0651	0.1574	0.0114	0.0427	-15.2061	2.8652	29.4666
15	2.0087	0.4464	1.4306	3.1581	-1.2038	1.8906	-0.2166	-0.2113	0.0686	0.3488	0.2537	0.0331	-0.4795	-0.3494	-0.0371	0.2334	0.1276	0.0614	0.0838	0.0077	0.0779	-26.6918	6.0706	50.1474

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-6 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	7 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	30 - 37
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	38 - 59
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	60 - 80
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	-6 - 6
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	7 - 29
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	30 - 37
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	38 - 59
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	60 - 80
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	-6 - 6
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	7 - 29
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	30 - 37
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	38 - 59
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	60 - 80

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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