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万見
- PDB-3i57: Type 2 repeat of the mucus binding protein MUB from Lactobacillus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i57
タイトルType 2 repeat of the mucus binding protein MUB from Lactobacillus reuteri
要素Mucus binding protein
キーワードPROTEIN BINDING / beta grasp fold / Cell wall / Peptidoglycan-anchor
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #470 / Mucin binding domain / Immunoglobulin-like - #4300 / Mucin binding domain / Mub B2-like domain / Muc B2-like domain / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. ...Ubiquitin-like (UB roll) - #470 / Mucin binding domain / Immunoglobulin-like - #4300 / Mucin binding domain / Mub B2-like domain / Muc B2-like domain / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mucus binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus reuteri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hemmings, A.M. / MacKenzie, D.A. / Tailford, L.E. / Juge, N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of a mucus binding protein repeat reveals an unexpected functional immunoglobulin binding activity.
著者: Mackenzie, D.A. / Tailford, L.E. / Hemmings, A.M. / Juge, N.
履歴
登録2009年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mucus binding protein
B: Mucus binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1124
ポリマ－41,0322
非ポリマー802
水13,223734
1
A: Mucus binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5562
ポリマ－20,5161
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mucus binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5562
ポリマ－20,5161
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.861, 45.846, 191.573
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mucus binding protein


分子量: 20516.166 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 2063-2246 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus reuteri (バクテリア)
株: 1063 / 遺伝子: mub / プラスミド: pETBlue-1:Mub-R5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3/pLacI) / 参照: UniProt: Q9RGN5
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 734 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M ammonium formate, 22 % (w/v) PEG 3350, unbuffered, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年10月8日
詳細: Si(111) monochromator. Mirror 1: Grazing angle 2.8 mrad, vertical focusing. Mir ror 2: vertical and horizontal focusing.
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40.62 Å / Num. all: 37688 / Num. obs: 36176 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
DNAデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→40.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / WRfactor Rfree: 0.261 / WRfactor Rwork: 0.208 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.838 / SU R Cruickshank DPI: 0.161 / SU Rfree: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1803 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.206 36176 95.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.14 Å2 / Biso mean: 14.58 Å2 / Biso min: 4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2882 0 2 734 3618
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222944
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3511.9284000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8615366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.67825.844154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.89115470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.059158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2434
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212302
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7521.51822
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32622940
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.34931122
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6434.51060
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 108 -
Rwork0.262 2024 -
all-2132 -
obs--78.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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