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- PDB-4mt5: Crystal structure of Mub-RV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mt5
タイトルCrystal structure of Mub-RV
要素Mucus binding proteinn
キーワードPROTEIN BINDING / ubiquitin-like beta-grasp fold / mucin binding / cell-surface
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #470 / Mucin binding domain / Immunoglobulin-like - #4300 / Mucin binding domain / Mub B2-like domain / Muc B2-like domain / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. ...Ubiquitin-like (UB roll) - #470 / Mucin binding domain / Immunoglobulin-like - #4300 / Mucin binding domain / Mub B2-like domain / Muc B2-like domain / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative mucin binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus reuteri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Etzold, S. / Juge, N. / Hemmings, A.M.
引用ジャーナル: ENVIRON.MICROBIOL. / 年: 2014
タイトル: Structural basis for adaptation of lactobacilli to gastrointestinal mucus.
著者: Etzold, S. / Kober, O.I. / Mackenzie, D.A. / Tailford, L.E. / Gunning, A.P. / Walshaw, J. / Hemmings, A.M. / Juge, N.
履歴
登録2013年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mucus binding proteinn
B: Mucus binding proteinn


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6242
ポリマ－40,6242
非ポリマー00
水2,630146
1
A: Mucus binding proteinn


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3121
ポリマ－20,3121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mucus binding proteinn


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3121
ポリマ－20,3121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.400, 271.730, 142.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Mucus binding proteinn


分子量: 20312.033 Da / 分子数: 2 / 断片: Mub repeat V (UNP residues 1612-1794 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus reuteri (バクテリア)
株: ATCC 53608 / 遺伝子: mub / プラスミド: pETBlue-1 AccepTor / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3)pLacI2 / 参照: UniProt: F8KCE4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.21 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 24 % (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9205 Å
検出器タイプ: Pilatus 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月27日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9205 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.23 Å / Num. all: 19616 / Num. obs: 19616 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 36.12 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.6-2.676.20.362869414130.3699.9
2.67-2.746.30.3072.4853013520.30799.7
2.74-2.826.30.2652.7878213920.26599.9
2.82-2.916.30.2043.6811412960.204100
2.91-36.20.1654.4779112500.16599.9
3-3.116.20.1415.1787412680.14199.7
3.11-3.226.20.1176.2729011730.117100
3.22-3.366.20.0917.9701811380.09199.7
3.36-3.516.10.089686111320.0899.9
3.51-3.686.10.0799.1634110400.07999.9
3.68-3.8860.06710.4621010360.06799.9
3.88-4.115.90.05911.456179460.059100
4.11-4.395.90.05412.154859220.054100
4.39-4.755.90.04912.649718360.04999.9
4.75-5.25.80.04813.647218090.048100
5.2-5.815.80.0512.140727020.0599.8
5.81-6.715.80.0471437146380.047100
6.71-8.225.60.04514.632155700.04599.8
8.22-11.635.20.03616.722904370.03699.5
11.63-49.234.40.03218.911632660.03295.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→49.23 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7806 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.7 / 立体化学のターゲット値: LS_WUNIT_K1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2688 1016 5.18 %random
Rwork0.2107 ---
obs0.2137 19614 99.83 %-
all-19614 --
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.04 Å2 / Biso mean: 41.8429 Å2 / Biso min: 10.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2864 0 0 146 3010
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082934
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0834012
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005526
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2871040
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.6001-2.73710.35251310.31925722703
2.7371-2.90860.31261700.29326042774
2.9086-3.13310.31891460.255226372783
3.1331-3.44840.26971410.224325942735
3.4484-3.94720.29991380.198926722810
3.9472-4.97230.21031480.162826612809
4.9723-49.23930.23551420.180628583000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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