PDB-5ao1: Crystal structure of human SAMHD1 (amino acid residues 115-583) b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ao1

タイトル

Crystal structure of human SAMHD1 (amino acid residues 115-583) bound to ddGTP

要素

DEOXYNUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE TRIPHOSPHOHYDROLASE SAMHD1

キーワード

HYDROLASE / DEOXYNUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE TRIPHOSPHOHYDROLASE / HIV RESTRICTION FACTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

Nucleotide catabolism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素 / deoxynucleoside triphosphate hydrolase activity / dGTP binding / dATP catabolic process / dGTPase activity / deoxyribonucleotide catabolic process / tetraspanin-enriched microdomain / dGTP catabolic process / DNA strand resection involved in replication fork processing ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.545 Å

データ登録者

Schwefel, D. / Taylor, I.A.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015
タイトル: Phospho-Dependent Regulation of Samhd1 Oligomerisation Couples Catalysis and Restriction.
著者: Arnold, L.H. / Groom, H.C.T. / Kunzelmann, S. / Schwefel, D. / Caswell, S.J. / Ordonez, P. / Mann, M.C. / Rueschenbaum, S. / Goldstone, D.C. / Pennell, S. / Howell, S.A. / Stoye, J.P. / Webb, ...

履歴

登録	2015年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ao1.cif.gz	731 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ao1.ent.gz	606.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ao1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ao1_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ao1_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	5ao1_validation.xml.gz	66.9 KB	表示
CIF形式データ	5ao1_validation.cif.gz	90.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/5ao1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/5ao1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ao0C 5ao2C 5ao3C 5ao4C 3u1nS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6u6y-d 4q7h-d 4rxo-d 6u6x-d 5ao2-d 4241 2ib5-d 6ifo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: DEOXYNUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE TRIPHOSPHOHYDROLASE SAMHD1

B: DEOXYNUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE TRIPHOSPHOHYDROLASE SAMHD1

C: DEOXYNUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE TRIPHOSPHOHYDROLASE SAMHD1

D: DEOXYNUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE TRIPHOSPHOHYDROLASE SAMHD1

ヘテロ分子

232 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.121, 187.356, 81.373
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.54, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	DEOXYNUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE TRIPHOSPHOHYDROLASE SAMHD1 / DNTPASE / DENDRITIC CELL-DERIVED IFNG-INDUCED PROTEIN / DCIP / MONOCYTE PROTEIN 5 / MOP-5 / SAM ...DNTPASE / DENDRITIC CELL-DERIVED IFNG-INDUCED PROTEIN / DCIP / MONOCYTE PROTEIN 5 / MOP-5 / SAM DOMAIN AND HD DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 / SAMHD1 分子量: 56884.098 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 115-583 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 参照: UniProt: Q9Y3Z3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素

#1: タンパク質

DEOXYNUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE TRIPHOSPHOHYDROLASE SAMHD1 / DNTPASE / DENDRITIC CELL-DERIVED IFNG-INDUCED PROTEIN / DCIP / MONOCYTE PROTEIN 5 / MOP-5 / SAM ...

分子量: 56884.098 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 115-583 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2
参照: UniProt: Q9Y3Z3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 三リン酸モノエステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 5種, 190分子

#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-DG3 / 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ddGTP 分子量: 491.182 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.1 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 100 MM BIS TRIS PROPANE-HCL, 150 MM NA2SO4, 13.5% PEG 3350 PH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.735
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.735 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.54→50 Å / Num. obs: 65199 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.26 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.96
反射シェル	解像度: 2.54→2.7 Å / 冗長度: 4.12 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / % possible all: 80

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3U1N

3u1n

解像度: 2.545→49.228 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 2 / 位相誤差: 25.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2201	3290	5.1 %
R_work	0.1709	-	-
obs	0.1734	65181	96.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.545→49.228 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14132	0	268	170	14570

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	15370
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.532	20796
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.238	5837
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	2179
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2648

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5448-2.5827	0.336	80	0.3168	1455	X-RAY DIFFRACTION	53
2.5827-2.6231	0.3563	129	0.2722	2360	X-RAY DIFFRACTION	85
2.6231-2.6661	0.3231	124	0.2544	2549	X-RAY DIFFRACTION	92
2.6661-2.7121	0.3194	132	0.239	2675	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7121-2.7614	0.2894	141	0.229	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7614-2.8145	0.285	161	0.2234	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8145-2.8719	0.3028	161	0.2359	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8719-2.9344	0.3269	138	0.2384	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9344-3.0026	0.259	129	0.2207	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0026-3.0777	0.2965	138	0.2235	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0777-3.1609	0.2864	165	0.2196	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1609-3.2539	0.2773	160	0.2074	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2539-3.3589	0.2842	159	0.2015	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3589-3.4789	0.2484	148	0.1885	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4789-3.6182	0.2163	147	0.1776	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6182-3.7828	0.2084	133	0.1626	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7828-3.9821	0.2071	140	0.1463	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9821-4.2315	0.1695	133	0.137	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2315-4.558	0.1582	161	0.1322	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
4.558-5.0163	0.1734	155	0.128	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0163-5.7412	0.2034	138	0.1419	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7412-7.2296	0.1821	163	0.1649	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2296-49.2375	0.1865	155	0.1399	2830	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1335	-0.1056	-0.0992	0.7816	0.0131	1.8295	-0.0012	0.162	-0.02	-0.1721	0.1121	0.1745	0.1934	-0.7091	-0.0952	0.2797	-0.0758	-0.0816	0.4964	0.0708	0.3423	-4.0905	-23.274	20.7379
2	1.8623	0.0796	-0.2093	0.8244	-0.2401	0.8351	0.1243	0.4797	0.1279	-0.3872	0.0913	0.2059	-0.1854	-0.4416	-0.1312	0.475	0.0584	-0.0516	0.5478	0.1058	0.3964	0.1606	-10.3368	10.4658
3	0.6233	-0.1047	-0.0742	0.4787	0.0493	1.5937	0.0224	0.0674	-0.1564	0.0115	0.0689	-0.0018	0.8155	0.1393	-0.0526	0.5849	0.0696	-0.026	0.2271	-0.0169	0.2902	15.2099	-38.146	18.7925
4	1.3512	0.2454	-0.4324	1.6625	-0.0172	1.1961	-0.0753	0.2396	0.1836	-0.1963	0.1335	-0.1481	0.419	0.0247	-0.0548	0.7476	0.1507	-0.0628	0.5347	-0.0676	0.3476	21.8625	-34.4035	2.4188
5	0.1866	-0.0419	0.0289	0.2005	0.1725	0.2292	-0.0727	0.5532	0.1445	-0.8237	0.7789	0.3618	-0.1428	-0.1349	-0.0817	0.9712	0.1006	-0.0722	0.6866	0.1512	0.7814	3.656	-3.3795	2.4554
6	1.1718	0.6729	-0.2995	0.8018	0.0484	0.8661	-0.1341	0.4207	-0.4071	-0.093	0.2485	0.0178	0.347	0.6787	-0.0551	0.5949	0.2443	0.0475	0.7392	-0.1445	0.3998	30.6821	-32.4531	3.0569
7	1.4094	-0.1757	-0.3597	1.0699	-0.0501	2.9401	0.1861	-0.0729	-0.0355	0.0343	0.0247	-0.1883	0.4395	0.8221	-0.0744	0.1801	0.0856	-0.0393	0.3512	-0.0581	0.2536	27.1944	-24.3682	40.8541
8	0.926	-0.9113	1.0067	1.6669	-0.9778	1.0116	-0.1478	-0.9279	0.3701	0.9868	0.1322	-0.5709	-0.3797	0.4479	-0.0088	0.3415	-0.066	-0.091	1.0857	-0.143	0.4189	34.032	-17.204	55.136
9	0.1499	-0.0802	-0.1672	0.0472	-0.0138	1.4305	0.3384	-0.1995	0.315	0.0161	-0.1154	0.0117	-0.4727	0.2913	0.0156	0.3345	-0.0783	0.0668	0.3707	-0.0492	0.4627	22.5092	-7.5149	42.1494
10	3.2821	1.0311	0.4991	0.4708	0.4011	0.7152	0.1679	-0.7649	0.4175	0.7252	0.2006	-0.0537	-0.2349	0.5044	-0.087	0.5922	-0.1165	0.1173	0.4508	-0.178	0.5359	21.1535	-4.2172	49.9531
11	1.2056	-0.1443	-0.5233	0.9862	-0.7277	2.2973	-0.013	-0.0578	-0.1849	-0.0271	0.1156	0.18	0.9191	-0.2754	-0.0306	0.5034	-0.0983	-0.0565	0.2415	0.0184	0.3446	5.715	-34.7814	45.2881
12	0.1926	0.4734	-0.0427	1.9915	0.257	2.1442	-0.2497	-0.471	-0.1974	0.3966	0.3047	0.2284	0.5111	-0.7607	-0.0547	0.4152	-0.1901	0.0108	0.7137	0.1181	0.4057	-5.6607	-32.0344	63.2708
13	1.0588	-0.183	-0.6995	0.7248	-0.1415	1.2864	0.2176	-0.1119	-0.0705	0.1653	0.288	-0.4978	-0.2771	0.0794	-0.1947	0.3859	-0.1026	0.0724	0.5607	-0.0095	0.4931	12.0059	-14.3574	55.0356
14	1.7474	-1.3139	1.0542	1.0356	-1.024	2.2398	-0.1052	-0.4378	-0.0482	0.2672	0.0406	0.2838	-0.1729	-1.0154	0.0148	0.426	-0.0798	0.086	0.9065	0.1813	0.521	-9.3521	-23.1014	62.7423
15	0.6642	0.3039	-0.2395	0.7992	0.231	1.6963	-0.026	0.0596	0.0478	-0.1698	0.126	-0.1209	-0.1933	0.5393	-0.0477	0.3462	-0.1109	0.0689	0.4487	-0.02	0.3065	24.0632	24.3741	24.5169
16	2.0194	0.173	-0.5731	0.6001	-0.2858	0.5329	0.0463	0.0672	0.1132	-0.506	0.0035	-0.1336	-0.0682	0.3718	-0.0278	0.5633	-0.0907	0.1263	0.6168	-0.0746	0.4243	26.7703	20.2954	13.9899
17	1.6198	-0.5277	-0.2352	0.973	-0.3121	1.4677	-0.0862	0.1148	0.0962	-0.1489	0.0862	0.184	-0.2165	0.1092	-0.0046	0.4477	-0.0505	-0.033	0.2954	0.0393	0.2947	11.7468	27.6756	20.5799
18	0.5862	0.0848	0.2136	0.0879	-0.1858	0.4728	-0.3913	0.4852	-0.1587	-0.3221	0.3332	0.149	-0.3088	-0.1456	0.0091	0.8423	-0.0563	-0.1017	0.6159	0.0793	0.5049	-0.2647	36.139	8.1006
19	-0.0972	-0.1255	-0.1097	0.4217	-0.2431	0.348	0.083	0.5621	0.2478	-0.4562	-0.1861	0.0079	0.1664	-0.1543	0.0424	0.8101	0.0291	-0.1291	0.6265	0.009	0.646	2.6692	29.9103	5.9304
20	0.8129	-0.9159	0.27	0.975	-0.334	0.105	-0.1207	0.32	-0.1249	-0.4119	0.1954	0.2421	0.1059	0.0304	-0.0561	0.9	0.0116	-0.0799	0.5857	0.0056	0.5594	8.1322	17.498	6.2354
21	0.7317	0.7674	-0.1783	0.9243	-0.1836	0.2448	-0.0354	0.6129	0.3272	-0.9914	0.5712	0.2901	-0.6134	-0.3768	0.0036	1.0034	-0.0758	-0.3642	0.8952	0.2771	0.6194	-11.0737	36.0431	4.3677
22	1.0118	-0.2218	-0.0315	0.9639	-0.0322	1.7069	0.0999	0.0193	-0.0412	-0.0697	0.013	0.2387	-0.1347	-0.2695	-0.0661	0.2312	-0.0077	0.0122	0.2088	0.0351	0.3272	-3.7882	21.6701	42.1868
23	1.3332	-0.1796	-0.0402	0.6841	0.4431	1.1222	0.0883	-0.1628	0.0272	0.1707	-0.1061	0.1861	-0.1102	-0.5738	-0.0248	0.3033	0.0026	0.0568	0.4913	0.0205	0.4928	-10.8745	20.7554	49.3524
24	1.8015	0.3826	0.2579	1.0118	-0.3135	1.7538	0.0289	-0.1726	-0.1235	0.082	0.0688	0.0329	-0.0717	-0.0865	-0.0734	0.2855	-0.0335	0.0404	0.2077	0.0401	0.2174	4.7084	20.6451	47.6013
25	0.8157	-0.0162	0.1395	0.98	-0.1954	1.4088	0.0371	-0.3183	0.0607	0.092	0.1138	-0.0442	-0.0478	0.3261	-0.094	0.4606	-0.1688	0.0188	0.519	-0.0005	0.3524	21.6028	25.4026	58.4733
26	0.2239	-0.4226	0.2531	1.2096	-0.2566	1.2734	0.2409	-0.3811	-0.0895	0.2727	0.0403	0.1494	0.0679	0.0317	-0.1617	0.3859	-0.1313	-0.037	0.5827	0.0941	0.2991	17.8635	14.2927	60.246

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 115 THROUGH 273 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 274 THROUGH 372 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 373 THROUGH 469 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 470 THROUGH 514 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 515 THROUGH 547 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 548 THROUGH 583 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 115 THROUGH 273 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 274 THROUGH 309 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 310 THROUGH 343 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 344 THROUGH 372 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 373 THROUGH 469 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 470 THROUGH 494 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 495 THROUGH 558 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 559 THROUGH 583 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'C' AND (RESID 115 THROUGH 260 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'C' AND (RESID 261 THROUGH 323 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'C' AND (RESID 324 THROUGH 450 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN 'C' AND (RESID 451 THROUGH 481 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN 'C' AND (RESID 482 THROUGH 522 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN 'C' AND (RESID 523 THROUGH 558 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN 'C' AND (RESID 559 THROUGH 583 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN 'D' AND (RESID 113 THROUGH 232 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN 'D' AND (RESID 233 THROUGH 323 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN 'D' AND (RESID 324 THROUGH 435 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN 'D' AND (RESID 436 THROUGH 517 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN 'D' AND (RESID 518 THROUGH 582 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 5種, 190分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-非ポリマー , 5種, 190分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 5種, 190分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)