PDB-5ag3: Chorismatase mechanisms reveal fundamentally different types of r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ag3

タイトル

Chorismatase mechanisms reveal fundamentally different types of reaction in a single conserved protein fold

要素

PUTATIVE PTERIDINE-DEPENDENT DIOXYGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PROTEIN

機能・相同性

3-hydroxybenzoate synthase / Chorismatase, FkbO/Hyg5 family / oxo-acid-lyase activity / RutC-like superfamily / 3-(2-CARBOXYETHYL)BENZOIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 3-hydroxybenzoate synthase

機能・相同性情報

生物種

STREPTOMYCES HYGROSCOPICUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.898 Å

データ登録者

Hubrich, F. / Juneja, P. / Mueller, M. / Diederichs, K. / Welte, W. / Andexer, J.N.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: Chorismatase Mechanisms Reveal Fundamentally Different Types of Reaction in a Single Conserved Protein Fold.
著者: Hubrich, F. / Juneja, P. / Mueller, M. / Diederichs, K. / Welte, W. / Andexer, J.N.

履歴

登録	2015年1月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月16日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月23日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ag3.cif.gz	412.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ag3.ent.gz	342.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ag3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ag3_validation.pdf.gz	494.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ag3_full_validation.pdf.gz	541.5 KB	表示
XML形式データ	5ag3_validation.xml.gz	51 KB	表示
CIF形式データ	5ag3_validation.cif.gz	73 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/5ag3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/5ag3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5a3kC 4bpsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1is9-d 1cem-d 1hah-d 4pva-d 1c5n-d 4ufp-1 4uhb-2 1hxf-d 2psj-2 1t1i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PUTATIVE PTERIDINE-DEPENDENT DIOXYGENASE

B: PUTATIVE PTERIDINE-DEPENDENT DIOXYGENASE

C: PUTATIVE PTERIDINE-DEPENDENT DIOXYGENASE

ヘテロ分子

115 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PUTATIVE PTERIDINE-DEPENDENT DIOXYGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PUTATIVE PTERIDINE-DEPENDENT DIOXYGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: PUTATIVE PTERIDINE-DEPENDENT DIOXYGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.175, 116.175, 70.429
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	PUTATIVE PTERIDINE-DEPENDENT DIOXYGENASE / HYG5-CHORISMATASE 分子量: 37470.043 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOMYCES HYGROSCOPICUS (バクテリア) プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RP-PL1SL2 / 参照: UniProt: O30478
#2: 化合物	ChemComp-3EB / 3-(2-CARBOXYETHYL)BENZOIC ACID / 3-(3-カルボキシフェニル)プロパン酸分子量: 194.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₀O₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 647 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.6 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: HYG5 WAS CONCENTRATED TO 2.5 TO 3 MG/ML AND AFTERWARDS SUPPLEMENTED WITH 15 MM 3-2-CARBOXYETHYL-BENZOATE EQUILIBRATION AGAINST A RESERVOIR SOLUTION OF 0.1 M MES PH 6.5, 0.2 M AMMONIUM SULFATE ...詳細: HYG5 WAS CONCENTRATED TO 2.5 TO 3 MG/ML AND AFTERWARDS SUPPLEMENTED WITH 15 MM 3-2-CARBOXYETHYL-BENZOATE EQUILIBRATION AGAINST A RESERVOIR SOLUTION OF 0.1 M MES PH 6.5, 0.2 M AMMONIUM SULFATE AND 20 TO 25 PERCENT PEG 5000 MME

結晶

マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.6 % / 解説: NONE

結晶化

pH: 6.5
詳細: HYG5 WAS CONCENTRATED TO 2.5 TO 3 MG/ML AND AFTERWARDS SUPPLEMENTED WITH 15 MM 3-2-CARBOXYETHYL-BENZOATE EQUILIBRATION AGAINST A RESERVOIR SOLUTION OF 0.1 M MES PH 6.5, 0.2 M AMMONIUM SULFATE ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0001
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月12日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射	モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI(111) MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0001 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.5
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 83807 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0.92 / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BPS

4bps

解像度: 1.898→44.812 Å / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 20.09 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: AMINO ACID AT N TERMINAL AMINO ACID ARE NOT BUILD CHAIN A- 1-7 CHAIN B- 1-8 CHAIN C - 1-5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1845	4186	5 %
R_work	0.1494	-	-
obs	0.1562	83807	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.898→44.812 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7768	0	144	647	8559

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	8089
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.328	10950
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.241	2937
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1149
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1476

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9328	0.3223	202	0.2839	3961	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9328-1.9679	0.295	214	0.2744	3988	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9679-2.0058	0.2709	209	0.2567	3973	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0058-2.0467	0.2904	205	0.2475	3960	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0467-2.0912	0.2908	222	0.2387	3976	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0912-2.1398	0.2894	213	0.2258	3965	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1398-2.1934	0.2261	212	0.2158	4061	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1934-2.2527	0.2173	213	0.2071	3919	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2527-2.3189	0.2601	199	0.1971	3989	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3189-2.3938	0.2243	211	0.1961	3950	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3938-2.4793	0.2207	224	0.1895	4006	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4793-2.5786	0.2107	185	0.1841	3975	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5786-2.6959	0.2149	240	0.177	3962	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6959-2.838	0.2073	222	0.1673	3981	X-RAY DIFFRACTION	95
2.838-3.0158	0.1953	183	0.1662	3975	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0158-3.2485	0.1846	205	0.1577	3992	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2485-3.5753	0.1823	197	0.138	4013	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5753-4.0922	0.1642	208	0.1216	3964	X-RAY DIFFRACTION	95
4.0922-5.1541	0.128	200	0.0944	3983	X-RAY DIFFRACTION	95
5.1541-40.9449	0.147	220	0.1169	3974	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5941	-0.4087	-1.2624	4.5389	-0.8202	2.8445	0.0839	-0.4753	-0.317	0.5138	0.0496	-0.2719	-0.0076	0.3119	-0.2349	0.2231	0.034	-0.0461	0.2872	0.0438	0.2588	-12.0949	-13.6129	14.4616
2	1.2364	-0.1347	-0.2949	0.8012	-0.0707	1.4517	0.1073	0.1985	-0.1161	-0.1498	-0.0666	0.0487	0.0462	-0.0481	-0.0456	0.1851	0.0455	-0.0246	0.2187	-0.0132	0.2056	-16.4886	-7.3682	-3.4792
3	2.9159	0.2005	0.2454	3.9387	-0.4141	1.5801	-0.0537	-0.0298	-0.1182	0.1955	0.1213	0.2516	0.0164	-0.2044	-0.0699	0.1674	0.0648	0.0212	0.2475	-0.0146	0.1964	-28.6448	0.3384	8.4946
4	3.1133	-0.4052	0.3177	5.055	-0.454	3.9278	-0.1569	-0.3332	0.3748	0.5364	0.0426	0.1499	-0.4408	-0.0684	0.074	0.2128	0.0265	0.0075	0.2487	-0.0383	0.3014	-47.9686	-22.7198	-23.453
5	0.9977	-0.7907	0.0421	4.2643	1.7347	3.6099	-0.0317	0.1387	0.1409	-0.2777	-0.0026	0.1279	-0.2655	0.0429	0.042	0.1572	0.0014	0.0063	0.225	0.0132	0.2401	-42.2108	-27.1516	-40.8209
6	3.0037	0.312	1.1059	2.5766	1.4989	3.5903	-0.0471	0.0053	0.0167	-0.2082	0.0941	-0.2867	-0.0853	0.4186	-0.0169	0.1711	0.0348	0.058	0.259	0.0495	0.2371	-30.5307	-29.356	-39.009
7	2.8845	0.8068	0.0572	3.1544	0.2428	1.7862	-0.0899	-0.2942	-0.0344	0.289	0.0232	-0.149	0.0471	0.2562	0.0824	0.2199	0.0956	-0.0224	0.3196	0.0248	0.2219	-29.6499	-36.2254	-25.7461
8	1.268	0.4398	0.4868	1.3196	0.574	2.19	0.04	0.0576	0.0628	-0.0849	-0.0345	-0.0193	-0.1421	0.0226	-0.0124	0.163	0.0434	0.0178	0.1595	0.0205	0.2201	-41.2313	31.2007	-36.5766
9	4.2411	-1.5962	-1.1874	4.5183	-0.6206	4.3245	-0.1834	0.7548	-0.1468	-0.8599	0.2681	0.0406	0.4025	0.0752	-0.0447	0.341	-0.0168	0.0167	0.292	0.0125	0.2625	-30.5527	18.3625	-36.232
10	5.2472	0.7749	1.0811	1.5426	0.5342	1.1143	0.1367	0.026	-0.4297	0.0898	-0.0556	-0.0198	0.1637	0.0178	-0.0782	0.1891	0.0094	-0.0009	0.1504	0.0505	0.2401	-39.2001	12.6939	-26.5076

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 8 THROUGH 37 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 38 THROUGH 220 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 221 THROUGH 340 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID 9 THROUGH 79 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 80 THROUGH 180 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 181 THROUGH 224 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 225 THROUGH 340 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'C' AND (RESID 6 THROUGH 196 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'C' AND (RESID 197 THROUGH 243 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'C' AND (RESID 244 THROUGH 340 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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