[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-5ag3: Chorismatase mechanisms reveal fundamentally different types of r... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ag3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Chorismatase mechanisms reveal fundamentally different types of reaction in a single conserved protein fold | ||||||
![]() | PUTATIVE PTERIDINE-DEPENDENT DIOXYGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / PROTEIN | ||||||
Function / homology | 3-hydroxybenzoate synthase / Chorismatase, FkbO/Hyg5 family / oxo-acid-lyase activity / RutC-like superfamily / 3-(2-CARBOXYETHYL)BENZOIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 3-hydroxybenzoate synthase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hubrich, F. / Juneja, P. / Mueller, M. / Diederichs, K. / Welte, W. / Andexer, J.N. | ||||||
![]() | ![]() Title: Chorismatase Mechanisms Reveal Fundamentally Different Types of Reaction in a Single Conserved Protein Fold. Authors: Hubrich, F. / Juneja, P. / Mueller, M. / Diederichs, K. / Welte, W. / Andexer, J.N. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 412.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 342.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 494.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 541.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 51 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 73 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5a3kC ![]() 4bpsS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 37470.043 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-PEG / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.6 % / Description: NONE |
---|---|
Crystal grow | pH: 6.5 Details: HYG5 WAS CONCENTRATED TO 2.5 TO 3 MG/ML AND AFTERWARDS SUPPLEMENTED WITH 15 MM 3-2-CARBOXYETHYL-BENZOATE EQUILIBRATION AGAINST A RESERVOIR SOLUTION OF 0.1 M MES PH 6.5, 0.2 M AMMONIUM ...Details: HYG5 WAS CONCENTRATED TO 2.5 TO 3 MG/ML AND AFTERWARDS SUPPLEMENTED WITH 15 MM 3-2-CARBOXYETHYL-BENZOATE EQUILIBRATION AGAINST A RESERVOIR SOLUTION OF 0.1 M MES PH 6.5, 0.2 M AMMONIUM SULFATE AND 20 TO 25 PERCENT PEG 5000 MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 12, 2013 / Details: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR |
Radiation | Monochromator: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI(111) MONOCHROMATOR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0001 Å / Relative weight: 1 |
Reflection twin | Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.5 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 83807 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0.92 / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.97 Å / Redundancy: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / % possible all: 98.1 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4BPS Resolution: 1.898→44.812 Å / σ(F): 1.94 / Phase error: 20.09 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F Details: AMINO ACID AT N TERMINAL AMINO ACID ARE NOT BUILD CHAIN A- 1-7 CHAIN B- 1-8 CHAIN C - 1-5
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.898→44.812 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|