PDB-5acv: VIM-2-OX, Discovery of novel inhibitor scaffolds against the meta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5acv

タイトル

VIM-2-OX, Discovery of novel inhibitor scaffolds against the metallo- beta-lactamase VIM-2 by SPR based fragment screening

要素

BETA-LACTAMASE

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.963 Å

データ登録者

Christopeit, T. / Carlsen, T.J.O. / Helland, R. / Leiros, H.K.S.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Discovery of Novel Inhibitor Scaffolds Against the Metallo-Beta-Lactamase Vim-2 by Spr Based Fragment Screening
著者: Christopeit, T. / Carlsen, T.J.O. / Helland, R. / Leiros, H.K.S.

履歴

登録	2015年8月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月25日	Group: Database references
改定 2.0	2019年10月23日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status / struct_conn Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5acv.cif.gz	282.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5acv.ent.gz	234.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5acv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/5acv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/5acv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5acuC 5acwC 5acxC 1ko3S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5o7n-d 6dd1-d 5n4s-d 4bz3-d 4pvo-d 5mm9-d 6ew3-d 6jn6-d 6tma-d 6o5t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (4) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (4)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (2)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: BETA-LACTAMASE

B: BETA-LACTAMASE

ヘテロ分子

57.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.709, 79.484, 66.845
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 129.92, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2021- HOH

#1: タンパク質	BETA-LACTAMASE 分子量: 28400.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: 301-5473 / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9K2N0, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド分子量: 17.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 599 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.9 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.2 詳細: 22-27% PEG 3350, 0.2 M MAGNESIUM FORMATE, 5 MM BETA-MERCAPTOETHANOL, PH 7.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→25.63 Å / Num. obs: 26390 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 16.84 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 26.5
反射シェル	解像度: 1.96→2.01 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / % possible all: 88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KO3

1ko3

解像度: 1.963→25.632 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2094	1345	5.1 %
R_work	0.1617	-	-
obs	0.1641	26390	91.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.963→25.632 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3509	0	10	599	4118

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3739
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.759	5139
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.206	1331
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	579
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	686

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9626-2.0328	0.2567	132	0.2004	2415	X-RAY DIFFRACTION	88
2.0328-2.1141	0.2613	103	0.2189	2083	X-RAY DIFFRACTION	77
2.1141-2.2103	0.2472	127	0.1853	2699	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2103-2.3267	0.2315	117	0.1919	2239	X-RAY DIFFRACTION	83
2.3267-2.4724	0.2316	154	0.1677	2704	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4724-2.6631	0.2126	149	0.1678	2607	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6631-2.9308	0.2075	154	0.1655	2592	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9308-3.3541	0.1964	164	0.1517	2691	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3541-4.2227	0.1974	129	0.1327	2213	X-RAY DIFFRACTION	81
4.2227-25.6341	0.1676	116	0.1445	2802	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7646	-0.6926	-1.3418	6.0242	1.7341	5.7209	-0.0525	-0.9341	-0.7484	1.1108	0.4069	-0.0819	0.7601	0.42	-0.3054	0.3836	0.0561	-0.0893	0.3885	0.0694	0.2581	-12.0295	2.2381	67.6266
2	2.4493	0.4146	1.6751	3.2334	-0.2645	2.7722	-0.0002	-0.5882	-0.1007	0.2539	-0.1263	-0.1082	0.3425	0.0037	0.1253	0.2078	0.0053	-0.0522	0.2543	-0.004	0.1308	-12.5415	7.905	62.3005
3	3.2845	-0.3418	0.3783	3.1876	0.1028	3.6464	0.0932	0.0242	-0.1782	0.0918	-0.1403	0.0136	0.1492	0.0047	0.0143	0.1107	-0.002	-0.0102	0.0851	-0.037	0.0928	-13.9969	9.2578	59.3147
4	2.6983	-1.5476	0.5035	3.0817	0.6247	3.0765	0.1402	-0.3442	-0.0129	0.4882	-0.0642	-0.0193	-0.003	0.2578	-0.0705	0.1897	-0.0791	-0.023	0.2377	0.0321	0.1229	-10.345	16.9293	62.9934
5	2.1609	-0.3293	0.2298	2.0409	0.4151	1.6288	0.0839	-0.0176	0.0141	-0.0793	-0.0393	-0.0161	-0.0958	0.0189	-0.0354	0.0932	-0.0268	0.0048	0.0901	0.0057	0.092	-18.2205	17.9151	49.9985
6	2.8555	0.78	0.3986	1.3808	-0.7388	2.1416	0.0244	-0.0341	-0.0886	-0.1061	-0.0531	0.0073	0.122	-0.0159	0.0333	0.1476	0.0162	-0.0082	0.0456	-0.019	0.1353	-21.0517	2.2339	47.805
7	7.2661	-0.5957	2.6145	5.7525	-0.0207	4.7998	0.1033	0.1563	-0.1462	-0.2845	-0.0793	0.1004	0.1359	-0.1861	-0.0157	0.1784	-0.0013	-0.0315	0.0781	-0.0121	0.094	-26.4645	-4.1305	47.2751
8	6.8561	-1.1341	-0.9908	1.1328	-0.6458	0.8391	0.0293	-0.2611	0.3451	0.1013	0.2733	-0.3982	-0.1863	0.2238	-0.0531	0.1351	-0.0712	-0.1259	0.5317	-0.1124	0.3245	-22.5364	-1.4489	79.4119
9	3.4276	0.6237	-1.5002	2.0319	0.2723	4.072	0.0093	-0.1947	0.2851	0.004	-0.1176	0.0115	-0.2759	0.4212	0.0974	0.0932	-0.0045	-0.0443	0.1589	-0.013	0.2088	-28.3451	-7.1052	81.9106
10	4.3423	1.0342	-2.3435	4.0122	-1.6914	5.4739	-0.2794	0.2742	0.1114	-0.2901	0.0396	-0.2546	0.1851	0.1455	0.2183	0.0904	0.0034	-0.0387	0.1393	-0.0041	0.1656	-30.233	-7.9809	76.7886
11	5.7151	0.0432	0.2937	4.4608	0.3778	3.4703	0.0177	0.0903	0.3377	0.1372	0.079	-0.2828	-0.0222	0.3735	-0.0843	0.0942	0.023	-0.0048	0.1123	-0.0017	0.1544	-26.8151	-15.9899	82.5164
12	3.4038	-1.0553	1.1601	2.2898	-0.6921	3.8487	0.0522	0.2203	-0.1272	-0.1087	-0.1001	0.058	0.2022	0.1578	0.0437	0.1003	-0.0011	0.0089	0.0987	-0.005	0.1315	-34.974	-21.0159	74.8276
13	1.837	-0.5548	0.8097	1.8437	-0.2493	2.3202	-0.0211	-0.0995	-0.1043	-0.0029	0.0082	0.1693	0.0754	-0.1749	0.0218	0.0751	-0.0079	0.0234	0.0921	-0.0029	0.1317	-44.1648	-14.6994	77.6005
14	3.4955	4.828	4.3775	8.1391	6.0107	7.0473	-0.0711	0.3904	0.0466	-0.723	0.1663	-0.1775	-0.303	0.366	-0.0837	0.2144	0.0421	-0.0097	0.1504	0.008	0.2251	-38.8117	-1.2828	66.8692
15	3.0755	-0.03	-0.6272	2.3655	0.2447	4.274	0.0237	-0.1336	0.1802	0.0815	-0.0882	0.2947	-0.076	-0.2112	0.0599	0.0993	0.0254	-0.0075	0.0541	-0.0174	0.1698	-46.1743	-2.7403	77.1703
16	3.7916	-0.1999	2.0941	3.1244	0.5633	7.9268	0.0894	0.2368	0.1909	-0.2231	-0.0955	0.2949	-0.3139	-0.1713	0.0008	0.1197	0.0323	-0.0394	0.1176	0.0138	0.1915	-44.8578	4.1226	68.6196
17	0	0	0	0	0	0	-5704.602	417250.7	-21082.2274	-668253.2	5704.602	-1240.131	0	0	0	0.2012	-0.0002	-0.0006	0.134	-0.0078	0.1811	-26.9956	10.7965	54.7818
18	0	0	0	0	0	0	3596.38	23691.463	-657622.683	1793.2295	11843.251	-328810.1013	258362.5	213973.96	-15439.6313	0.1161	-0.0312	-0.0017	0.1929	-0.0221	0.2675	-12.9135	31.2587	52.0476
19	0	-0	0	0	-0	0	0	9.921	0.0372	-9.921	-0	-5.1093	-0.0372	5.1093	0	0.1702	-0.0324	-0.0385	0.1771	0.0133	0.2584	-36.8632	-10.6173	67.007
20	0	0	-0	0	-0	0	329.9236	23377.66	-1138.4263	16839.347	267.568	-5298.9767	2095.2815	9.1941	-597.4916	0.3498	0.0008	-0.088	0.1006	0.006	0.2696	-36.8835	-30.8902	81.8403
21	0	-0	0	0	0	0	61957.857	-57459.82	4645.634	88502.254	-61957.85	91187.1665	0	0	0	0.2799	-0.0867	0.1143	0.2601	-0.0084	0.1235	-13.4531	30.6571	54.2048
22	0	0	0	0	0	0	135130.54	-245148	-2198008.5352	0	-0	0	923902.43	-65853.87	-135130.5446	0.3925	-0.0615	-0.1142	0.2797	0.1958	0.8639	-10.9641	30.6315	51.5836
23	0	0	-0	0	0	0	89142.68	47238.95	752959.2345	0	0	0	-541943	75384.252	-89142.6801	0.2211	-0.0878	0.1087	0.1067	0.0431	0.3602	-34.8311	-30.3905	81.0796
24	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.6003	-0.1022	-0.2942	0.2272	0.0356	0.4105	-36.8581	-30.0833	83.8635

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 29 THROUGH 41 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 42 THROUGH 63 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 64 THROUGH 76 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 77 THROUGH 103 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 104 THROUGH 222 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 223 THROUGH 279 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 280 THROUGH 297 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 29 THROUGH 41 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 42 THROUGH 61 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 62 THROUGH 76 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 77 THROUGH 103 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 104 THROUGH 149 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 150 THROUGH 222 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 223 THROUGH 238 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'B' AND (RESID 239 THROUGH 279 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'B' AND (RESID 280 THROUGH 297 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'A' AND (RESID 1298)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN 'A' AND (RESID 1299)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN 'B' AND (RESID 1298)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN 'B' AND (RESID 1299)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN 'A' AND (RESID 1300)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN 'A' AND (RESID 1301)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN 'B' AND (RESID 1300)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN 'B' AND (RESID 1301)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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