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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a9s | ||||||
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タイトル | NADPH complex of Imine Reductase from Amycolatopsis orientalis | ||||||
![]() | (IMINE REDUCTASE) x 2 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / IMINE REDUCTASE / NADPH / AMINE | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3-hydroxybutyrate dehydrogenase activity / methylated histone binding / NADP binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Man, H. / Aleku, G. / Turner, N.J. / Grogan, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Stereoselectivity and Structural Characterization of an Imine Reductase (IRED) from Amycolatopsis orientalis 著者: Aleku, G.A. / Man, H. / France, S.P. / Leipold, F. / Hussain, S. / Toca-Gonzalez, L. / Marchington, R. / Hart, S. / Turkenburg, J.P. / Grogan, G. / Turner, N.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 118.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 745.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 751.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3zgyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: generate Matrix: (-0.9999, 0.009316, -0.009296), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30490.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PETYSBLIC-3C / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 30489.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PETYSBLIC-3C / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NAP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 0.2 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M TRIS PH 9.0, 8% (W/V) PEG 550 MME, 8% (W/V) PEG 20K WITH PROTEIN AT A CONCENTRATION OF 20 MG PER ML |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 日付: 2014年5月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97935 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.06→49.29 Å / Num. obs: 32831 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.06→2.11 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3ZGY 解像度: 2.06→49.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 5.113 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.985 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.06→49.29 Å
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拘束条件 |
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