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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a97 | ||||||
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タイトル | Hazara virus nucleocapsid protain | ||||||
要素 | NUCLEOCAPSID PROTEIN | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / HAZARA / NUCLEOCAPSID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 helical viral capsid / viral nucleocapsid / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / ribonucleoprotein complex / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HAZARA VIRUS (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Surtees, R. / Ariza, A. / Hewson, R. / Barr, J.N. / Edwards, T.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2015 タイトル: The Crystal Structure of the Hazara Virus Nucleocapsid Protein. 著者: Surtees, R. / Ariza, A. / Punch, E.K. / Trinh, C.H. / Dowall, S.D. / Hewson, R. / Hiscox, J.A. / Barr, J.N. / Edwards, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5a97.cif.gz | 527.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5a97.ent.gz | 443.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5a97.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5a97_validation.pdf.gz | 460.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5a97_full_validation.pdf.gz | 481.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5a97_validation.xml.gz | 61.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5a97_validation.cif.gz | 84 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/5a97 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/5a97 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4aklS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54642.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HAZARA VIRUS (ウイルス) / 株: JC280 / プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: M4PWE6, UniProt: P27318*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5 詳細: 15% PEG 10,000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5, 0.1 M NACL, 2 % DIOXANE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97779 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97779 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→65.25 Å / Num. obs: 74079 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4AKL 解像度: 2.7→224.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 22.904 / SU ML: 0.368 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.397 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 85.501 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→224.64 Å
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拘束条件 |
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