PDB-4akl: Structure of the Crimean-Congo Haemorrhagic Fever Virus Nucleocap...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4akl

タイトル

Structure of the Crimean-Congo Haemorrhagic Fever Virus Nucleocapsid Protein

要素

NUCLEOCAPSID

キーワード

VIRAL PROTEIN / BUNYAVIRIDAE / CCHFV / CASPASE-3

機能・相同性

機能・相同性情報

helical viral capsid / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

CRIMEAN-CONGO HEMORRHAGIC FEVER VIRUS (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Carter, S.D. / Walter, C.T. / Surtees, R. / Bergeron, E. / Ariza, A. / Albarino, C.G. / Nichol, S.T. / Hiscox, J.A. / Edwards, T.A. / Barr, J.N.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Structure, Function, and Evolution of the Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus Nucleocapsid Protein.
著者: Carter, S.D. / Surtees, R. / Walter, C.T. / Ariza, A. / Bergeron, E. / Nichol, S.T. / Hiscox, J.A. / Edwards, T.A. / Barr, J.N.

履歴

登録	2012年2月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月3日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4akl.cif.gz	396.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4akl.ent.gz	328.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4akl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/4akl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/4akl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5hvg-1 3zmr-1 1ydy-d 4aqf-1 5hvg-2 6upr-d 5gwo-1 5hn6-1 3zrh-d 5clw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NUCLEOCAPSID

B: NUCLEOCAPSID

ヘテロ分子

108 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NUCLEOCAPSID

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NUCLEOCAPSID

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.380, 72.060, 101.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.70, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 482 / Label seq-ID: 1 - 482

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.751, -0.005975, -0.6602), (0.005259, -1, 0.003067), (-0.6602, -0.001169, 0.751)
ベクター: -0.3571, 27.14, 0.02075)

#1: タンパク質	NUCLEOCAPSID 分子量: 54028.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CRIMEAN-CONGO HEMORRHAGIC FEVER VIRUS (ウイルス) Variant: BAGDAD 12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 2 PLYSS / 参照: UniProt: Q70UR4
#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 % 解説: THE STRUCTURE WAS SOLVED FROM A LOW-RESOLUTION DATASET COLLECTED FROM A CRYSTAL CONTAINING A MERCURY DERIVATIVE. THE FINAL DATA BELONG TO A NATIVE CRYSTAL THAT DIFFRACTED TO HIGHER RESOLUTION.
結晶化	pH: 6.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 6.5, 0.2 M NACL, 25% PEG 600

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月25日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: SINGLE BOUNCE MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48.79 Å / Num. obs: 56441 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.1→94.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 11.547 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23359	2857	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18394	-	-	-
obs	0.18639	53584	95.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.219 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.02 Å²	0 Å²	0.61 Å²
2-	-	-1.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→94.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7463	0	20	313	7796

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	7863
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5434
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.559	1.948	10641
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.167	3.002	13356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.753	5	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.714	25.112	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.853	15	1460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.353	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	8710
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1541
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	1699
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.156	0.2	5021
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	3794
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	3653
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	308
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.032	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.252	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.135	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.502	1.5	4794
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.114	1.5	1947
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.924	2	7748
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.37	3	3069
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.194	4.5	2862
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2814	medium positional	0.22	0.5
2	B	2814	medium positional	0.22	0.5
1	A	3651	loose positional	0.37	5
2	B	3651	loose positional	0.37	5
1	A	2814	medium thermal	0.36	2
2	B	2814	medium thermal	0.36	2
1	A	3651	loose thermal	0.41	10
2	B	3651	loose thermal	0.41	10

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.277	215	-
R_work	0.24	3997	-
obs	-	-	96.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1199	-0.0372	-0.4561	1.6906	-0.0423	1.5884	0.0252	0.1383	0.0555	-0.1176	0.0475	0.1367	-0.0884	-0.2655	-0.0727	0.1043	0.0029	-0.0441	0.0686	0.0389	0.048	-30.6281	14.533	15.6956
2	6.398	0.0201	-2.273	5.271	0.894	2.7076	-0.5581	0.183	-1.5533	0.2836	0.0306	0.2899	0.5828	-0.1753	0.5275	0.232	-0.0248	0.1501	0.015	-0.0236	0.6414	-20.3972	57.0207	14.0916
3	1.3103	0.0594	-0.0379	1.4255	-0.0266	2.0092	0.0368	-0.0689	0.1521	-0.0276	-0.0223	-0.1631	-0.0562	0.2793	-0.0146	0.0379	-0.0124	0.0238	0.0436	-0.0127	0.0916	12.3815	12.3889	31.9511
4	1.5265	0.3647	0.2618	6.6435	0.7654	2.8542	-0.15	-0.0262	0.3099	0.0243	0.0426	0.1422	-0.1059	0.1441	0.1074	0.1289	0.001	-0.0805	0.0157	0.0248	0.1958	5.1682	-29.7157	24.2933

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 183
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	296 - 483
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	184 - 295
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 183
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	296 - 483
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	184 - 295

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