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- PDB-5a97: Hazara virus nucleocapsid protain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a97
タイトルHazara virus nucleocapsid protain
要素NUCLEOCAPSID PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / HAZARA / NUCLEOCAPSID
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral nucleocapsid / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid N protein / Nucleocapsid N protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoprotein / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HAZARA VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Surtees, R. / Ariza, A. / Hewson, R. / Barr, J.N. / Edwards, T.A.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: The Crystal Structure of the Hazara Virus Nucleocapsid Protein.
著者: Surtees, R. / Ariza, A. / Punch, E.K. / Trinh, C.H. / Dowall, S.D. / Hewson, R. / Hiscox, J.A. / Barr, J.N. / Edwards, T.A.
履歴
登録2015年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEOCAPSID PROTEIN
B: NUCLEOCAPSID PROTEIN
C: NUCLEOCAPSID PROTEIN
D: NUCLEOCAPSID PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,5694
ポリマ－218,5694
非ポリマー00
水1,26170
1
A: NUCLEOCAPSID PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6421
ポリマ－54,6421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NUCLEOCAPSID PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6421
ポリマ－54,6421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: NUCLEOCAPSID PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6421
ポリマ－54,6421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: NUCLEOCAPSID PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6421
ポリマ－54,6421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.989, 76.102, 449.282
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
NUCLEOCAPSID PROTEIN


分子量: 54642.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HAZARA VIRUS (ウイルス) / 株: JC280 / プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: M4PWE6, UniProt: P27318*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5
詳細: 15% PEG 10,000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5, 0.1 M NACL, 2 % DIOXANE

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97779
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97779 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→65.25 Å / Num. obs: 74079 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AKL

4akl


解像度: 2.7→224.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 22.904 / SU ML: 0.368 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.397 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28217 3125 5.1 %RANDOM
Rwork0.24182 ---
obs0.24384 58670 98.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 85.501 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→224.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15023 0 0 70 15093
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01915484
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0214849
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0981.95220919
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.876334284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.54651927
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.76824.905687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.822152806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.261569
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.22269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023501
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7216.9117687
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7216.9117686
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.03610.3599609
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3476.9557797
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 203 -
Rwork0.37 4181 -
obs--97.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4876-0.81612.93144.674-1.97527.3426-0.1702-0.27380.4920.52420.57720.3245-0.7456-1.3569-0.4070.57640.3046-0.1410.82430.21110.5432-19.319634.7048-112.366
21.3891-0.0602-0.10021.1861-0.40562.1404-0.0047-0.02270.27650.0135-0.0395-0.1413-0.16970.15010.04420.1218-0.0756-0.1010.10890.01790.184212.488949.0104-169.2032
32.69230.52110.27142.9339-0.52651.48330.1795-0.0146-0.22390.1907-0.0985-0.37440.04890.0742-0.0810.0259-0.0044-0.02180.00590.00160.1914-31.234534.4745-225.3059
41.157-0.42541.21333.4765-0.60042.5170.2003-0.013-0.0527-0.263-0.1047-0.14660.2992-0.0287-0.09560.0742-0.0557-0.00280.17330.05860.1243-13.15085.1159-167.6133
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 185
2X-RAY DIFFRACTION1A198 - 486
3X-RAY DIFFRACTION2B0 - 186
4X-RAY DIFFRACTION2B196 - 485
5X-RAY DIFFRACTION3C-3 - 186
6X-RAY DIFFRACTION3C197 - 485
7X-RAY DIFFRACTION4D0 - 186
8X-RAY DIFFRACTION4D196 - 485

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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