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- PDB-5a2a: Crystal Structure of Anoxybacillus Alpha-amylase Provides Insight... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a2a
タイトルCrystal Structure of Anoxybacillus Alpha-amylase Provides Insights into a New Glycosyl Hydrolase Subclass
要素APO FORM OF ANOXYBACILLUS ALPHA-AMYLASES
キーワードHYDROLASE / ANOXYBACILLUS / ALPHA-AMYLASE / CALCIUM-BINDING SITE / GEOBACILLUS / GLYCOSYL HYDROLASE.
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amylase / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Alpha-amylase C-terminal domain / Alpha-amylase-like / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily ...: / Alpha-amylase C-terminal domain / Alpha-amylase-like / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / alpha-amylase
類似検索 - 構成要素
生物種ANOXYBACILLUS SP. (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ng, C.L. / Chai, K.P. / Othman, N.F. / Teh, A.H. / Ho, K.L. / Chan, K.G. / Goh, K.M.
引用ジャーナル: Sci.Rep. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Anoxybacillus Alpha-Amylase Provides Insights Into Maltose Binding of a New Glycosyl Hydrolase Subclass.
著者: Chai, K.P. / Othman, N.F.B. / Teh, A. / Ho, K.L. / Chan, K. / Shamsir, M.S. / Goh, K.M. / Ng, C.L.
履歴
登録2015年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APO FORM OF ANOXYBACILLUS ALPHA-AMYLASES
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7057
ポリマ－53,4261
非ポリマー2786
水7,296405
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.429, 63.443, 122.758
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 APO FORM OF ANOXYBACILLUS ALPHA-AMYLASES


分子量: 53426.195 Da / 分子数: 1
断片: CATALYTIC DOMAIN A WITH TIM BARREL FOLD (RESIDUES 26 TO 139,187 TO 393), DOMAIN B (RESIDUES 140 TO 186), AND DOMAIN C WITH AN ALL-ALPAH-BETA FOLD (RESIDUES 394 TO 475)
由来タイプ: 組換発現
詳細: TRUNCATED PROTEIN WITH 23 RESIDUES AT THE N-TERMINUS (1 TO 23) AND 27 RESIDUES AT THE C-TERMINUS (RESIDUES 479 TO 505) REMOVED.
由来: (組換発現) ANOXYBACILLUS SP. (バクテリア) / 株: SK3-4 / 解説: ISOLATED FROM SUNGAI KLAH HOT SPRING MALAYSIA / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: I1VWH9, alpha-amylase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細COMPARE TO 1VWH9 SEQUENCE, TASKA HAS 23 RESIDUES AT THE N- TERMINUS AND 27 RESIDUES AT THE C- ...COMPARE TO 1VWH9 SEQUENCE, TASKA HAS 23 RESIDUES AT THE N- TERMINUS AND 27 RESIDUES AT THE C-TERMINUS TRUNCATED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.2 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE (PH 6.5) 18% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 8, 000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU R-AXIS IV / 日付: 2014年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.875
11K, H, -L20.125
反射解像度: 1.95→19.42 Å / Num. obs: 34971 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4E2O

4e2o


解像度: 1.9→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 6.306 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. COMPARE TO FULL LENGTH ASKA SEQUENCES, TASKA HAS 23 RESIDUES AT THE N-TERMINUS AND 27 RESIDUES AT THE C- TERMINUS TRUNCATED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1785 5.1 %RANDOM
Rwork0.17689 ---
obs0.1799 33142 89.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.166 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.21 Å20 Å20 Å2
2---9.71 Å20 Å2
3---18.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3768 0 12 405 4185
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0193889
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2321.9455270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2535455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.36824.211209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.40115668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5951523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1570.2545
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0213023
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1060.8731813
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.681.2992263
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5271.0192076
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.895→1.944 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0 0 -
obs--0 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.51 Å / Origin y: -6.411 Å / Origin z: -19.595 Å
111213212223313233
T0.161 Å20.0029 Å2-0.0057 Å2-0.128 Å20.0044 Å2--0.0022 Å2
L0.5866 °20.0828 °20.368 °2-0.2578 °2-0.0768 °2--0.4193 °2
S0.0011 Å °-0.0222 Å °-0.023 Å °-0.0282 Å °0.0064 Å °-0.0167 Å °-0.0085 Å °0.0205 Å °-0.0075 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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