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万見
- PDB-4hfr: Human 11beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 1 in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hfr
タイトルHuman 11beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 1 in complex with an orally bioavailable acidic inhibitor AZD4017.
要素Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
キーワードOxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / Alpha Beta / Rossmann fold / NADP / Oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cortisol dehydrogenase (NADP+) activity / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Glucocorticoid biosynthesis / steroid catabolic process / Prednisone ADME / steroid binding / lung development ...cortisol dehydrogenase (NADP+) activity / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Glucocorticoid biosynthesis / steroid catabolic process / Prednisone ADME / steroid binding / lung development / NADP binding / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / membrane
類似検索 - 分子機能
: / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-14M / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Ogg, D.J. / Gerhardt, S. / Hargreaves, D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Discovery of a Potent, Selective, and Orally Bioavailable Acidic 11 -Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 1 (11 -HSD1) Inhibitor: Discovery of 2-[(3S)-1-[5-(Cyclohexylcarbamoyl)-6- ...タイトル: Discovery of a Potent, Selective, and Orally Bioavailable Acidic 11 -Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 1 (11 -HSD1) Inhibitor: Discovery of 2-[(3S)-1-[5-(Cyclohexylcarbamoyl)-6-propylsulfanylpyridin-2-yl]-3-piperidyl]acetic Acid (AZD4017)
著者: Scott, J.S. / Bowker, S.S. / Deschoolmeester, J. / Gerhardt, S. / Hargreaves, D. / Kilgour, E. / Lloyd, A. / Mayers, R.M. / McCoull, W. / Newcombe, N.J. / Ogg, D. / Packer, M.J. / Rees, A. / ...著者: Scott, J.S. / Bowker, S.S. / Deschoolmeester, J. / Gerhardt, S. / Hargreaves, D. / Kilgour, E. / Lloyd, A. / Mayers, R.M. / McCoull, W. / Newcombe, N.J. / Ogg, D. / Packer, M.J. / Rees, A. / Revill, J. / Schofield, P. / Selmi, N. / Swales, J.G. / Whittamore, P.R.
履歴
登録2012年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
B: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0756
ポリマ－59,7492
非ポリマー2,3264
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7160 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area20070 Å2
手法PISA
2
A: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
B: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子

A: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
B: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,15012
ポリマ－119,4984
非ポリマー4,6528
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area16610 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area37840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.193, 108.193, 135.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1 / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1 / 11-DH / 11-beta-HSD1


分子量: 29874.564 Da / 分子数: 2 / 変異: M179L, L262R, C272S, F278E, / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSD11B1, HSD11, HSD11L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P28845, 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-14M / {(3S)-1-[5-(cyclohexylcarbamoyl)-6-(propylsulfanyl)pyridin-2-yl]piperidin-3-yl}acetic acid


分子量: 419.581 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H33N3O3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.85 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 42% PEG400, 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月30日
放射モノクロメーター: High resolution Si(311) cut and a lower resolution Si(111) cut
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→54.5 Å / Num. all: 24156 / Num. obs: 24156 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 97.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.73→2.8 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
BUSTER2.11.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BEL

2bel


解像度: 2.73→21.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9257 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9202 / SU R Cruickshank DPI: 0.394 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2265 1226 5.11 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.2004 24014 96.85 %-
原子変位パラメータBiso mean: 100.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.9 Å20 Å20 Å2
2---10.9 Å20 Å2
3---21.7999 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.507 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.73→21.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3895 0 154 4 4053
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014122HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.255579HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1460SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes76HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes641HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4122HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.85
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.24
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion549SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4794SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.73→2.85 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2402 157 5.3 %
Rwork0.2223 2807 -
all0.2232 2964 -
obs--96.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.65990.12740.56782.4623-0.80685.5728-0.0976-0.06010.31380.05230.19670.088-1.70350.4026-0.09910.0996-0.3890.0706-0.1953-0.0357-0.2764-12.233466.642724.5387
22.00150.14861.03571.3503-0.55514.51040.2588-0.0699-0.50370.11110.0684-0.18590.57111.1173-0.3272-0.3681-0.0595-0.08890.1939-0.0687-0.1603-1.67739.951335.4028
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|26 - A|285 }A26 - 285
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|26 - B|283 }B26 - 283

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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