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万見
- PDB-6ku6: OSM1 mutant - R326A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ku6
タイトルOSM1 mutant - R326A
要素Fumarate reductase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Fumarase reductase mutant R326A
機能・相同性
機能・相同性情報


fumarate reductase (NADH) / fumarate reductase (NADH) activity / FAD metabolic process / protein folding in endoplasmic reticulum / FMN binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Flavocytochrome c / : / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1 / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / SUCCINIC ACID / Fumarate reductase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.007 Å
データ登録者Park, H.H. / Kim, C.M.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea) 韓国
引用ジャーナル: Crystals / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of the Active Site Mutant Form of Soluble Fumarate Reductase, Osm1
著者: Kim, C.M. / Kwon, S. / Jung, K.H. / Park, H.H.
履歴
登録2019年8月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年9月17日Group: Advisory / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Fumarate reductase 2
H: Fumarate reductase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,8266
ポリマ－103,0192
非ポリマー1,8074
水10,791599
1
B: Fumarate reductase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4133
ポリマ－51,5101
非ポリマー9042
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area18570 Å2
手法PISA
2
H: Fumarate reductase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4133
ポリマ－51,5101
非ポリマー9042
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area18630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.924, 109.924, 77.142
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.520, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain B
21chain H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain BB1
211chain HH2

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要素

#1: タンパク質 Fumarate reductase 2 / FRDS2 / NADH-dependent fumarate reductase / Osmotic sensitivity protein 1 / Soluble fumarate ...FRDS2 / NADH-dependent fumarate reductase / Osmotic sensitivity protein 1 / Soluble fumarate reductase / mitochondrial isozyme


分子量: 51509.559 Da / 分子数: 2 / 変異: R326A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: OSM1, YJR051W, J1659 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21375, fumarate reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID


分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 599 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.8 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 3350, BIS TRIS pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 104.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.007→38.145 Å / Num. obs: 56568 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Rsym value: 0.156 / Net I/σ(I): 15.0625
反射 シェル解像度: 2.007→2.03 Å / Num. unique obs: 639 / Rsym value: 0.491

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.007→38.145 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.53
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2505 1996 3.54 %
Rwork0.1995 --
obs0.2013 56437 98.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 58.83 Å2 / Biso mean: 24.3615 Å2 / Biso min: 9.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.007→38.145 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7222 0 122 599 7943
Biso mean--20.81 29.48 -
残基数----942
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B4492X-RAY DIFFRACTION6.373TORSIONAL
12H4492X-RAY DIFFRACTION6.373TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0072-2.05740.38321250.2679340687
2.0574-2.1130.32271430.24943897100
2.113-2.17520.26811440.23483928100
2.1752-2.24540.32071440.2283905100
2.2454-2.32560.27331440.2243941100
2.3256-2.41880.26661440.22423918100
2.4188-2.52880.28771430.21283910100
2.5288-2.66210.24671440.2173931100
2.6621-2.82880.27471430.2153911100
2.8288-3.04720.25781450.20493941100
3.0472-3.35370.26121440.20233925100
3.3537-3.83850.21411450.17633934100
3.8385-4.83460.19061450.15543967100
4.8346-38.1450.21751430.1746392798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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