PDB-4zwl: 2.60 Angstrom resolution crystal structure of betaine aldehyde de...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zwl

タイトル

2.60 Angstrom resolution crystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase (betB) H448F/Y450L double mutant from Staphylococcus aureus in complex with NAD+ and BME-free Cys289

要素

Betaine-aldehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / BetB / structural genomics / NAD / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / CSGID / Rossmann fold / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / glycine betaine biosynthetic process from choline / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Chen, C. / Joo, J.C. / Yakunin, A.F. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.60 Angstrom resolution crystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase (betB) H448F/Y450L double mutant from Staphylococcus aureus in complex with NAD+ and BME-free Cys289
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Chen, C. / Joo, J.C. / Yakunin, A.F. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2015年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zwl.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zwl.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zwl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zwl_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zwl_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	4zwl_validation.xml.gz	145.3 KB	表示
CIF形式データ	4zwl_validation.cif.gz	201.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/4zwl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/4zwl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mpbS 4mpy 4nea 4nu9 4q92 4qje 4qn2 4qto S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ez4-d 4zxu-1 4qto-d 4q92-d 4qn2-2 4mpy-1 4nu9-1 4qn2-1 4mpb-3 4mpy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP00699

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Betaine-aldehyde dehydrogenase

B: Betaine-aldehyde dehydrogenase

C: Betaine-aldehyde dehydrogenase

D: Betaine-aldehyde dehydrogenase

E: Betaine-aldehyde dehydrogenase

F: Betaine-aldehyde dehydrogenase

G: Betaine-aldehyde dehydrogenase

H: Betaine-aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

463 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Betaine-aldehyde dehydrogenase

B: Betaine-aldehyde dehydrogenase

C: Betaine-aldehyde dehydrogenase

D: Betaine-aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
232 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Betaine-aldehyde dehydrogenase

F: Betaine-aldehyde dehydrogenase

G: Betaine-aldehyde dehydrogenase

H: Betaine-aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
232 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.140, 170.974, 137.576
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.77, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Betaine-aldehyde dehydrogenase 分子量: 57075.133 Da / 分子数: 8 / 変異: H448F, Y450L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain COL) (黄色ブドウ球菌) 株: COL / 遺伝子: betB, SACOL2628 / プラスミド: p15TV-LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pMAGIC 参照: UniProt: Q5HCU0, UniProt: A0A0M3KL40*PLUS, betaine-aldehyde dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.07 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 7 mg/mL protein in 10 mM Tris-HCl, pH 8.3, 500 mM sodium chloride, 0.5 mM TCEP, co-crystallized with 5 mM NAD+ against The Classics II G5 (0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 25% w/v PEG3350)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月1日
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 123663 / Num. obs: 123663 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.616 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4MPB

4mpb

解像度: 2.6→29.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 22.761 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2316	6075	4.9 %	RANDOM
R_work	0.15821	-	-	-
obs	0.16185	117003	99.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.908 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.85 Å²	0 Å²	0.04 Å²
2-	-	1.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→29.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30821	0	427	1195	32443

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	32359
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	30599
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.735	1.973	43910
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.849	3	70689
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.32	5	4079
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.346	25.433	1491
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.777	15	5646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.166	15	155
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	4869
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	37023
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	7088
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	453	-
R_work	0.238	8528	-
obs	-	-	99.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7461	0.0683	-0.0515	0.2812	-0.0389	0.0782	0.016	-0.0278	-0.016	0.0216	0.008	0.0481	0.0069	-0.0452	-0.0239	0.1586	-0.0061	0.0008	0.0475	0.0148	0.0142	-6.9082	-8.8042	141.4863
2	0.7461	0.0884	0.0049	0.4173	0.021	0.1422	0.0527	-0.1057	0.0811	0.0652	-0.0281	-0.0383	-0.0125	0.0121	-0.0246	0.158	-0.0113	0.0003	0.0547	-0.0035	0.0199	36.2426	5.0795	149.4096
3	0.5861	-0.0278	0.0555	0.5018	0.135	0.2191	0.0392	0.0892	-0.1705	-0.0826	0.0126	-0.0966	0.027	0.0531	-0.0517	0.1385	0.0205	0.0028	0.0395	-0.0256	0.0736	39.8478	-24.2716	129.1532
4	0.521	-0.0067	0.014	0.3958	-0.1004	0.1225	0.023	0.2067	0.0548	-0.1361	-0.0195	-0.0049	0.058	0.0011	-0.0035	0.2014	0.0013	0.0033	0.1316	0.0279	0.0068	5.875	-0.457	109.1832
5	1.0822	-0.126	-0.4701	0.2114	0.1084	0.5021	0.1058	0.159	0.2429	-0.006	-0.0218	-0.0193	-0.0831	-0.1224	-0.084	0.1567	0.0272	0.0212	0.0793	0.0235	0.0578	-4.3863	56.9589	211.4988
6	1.1246	0.0391	-0.054	0.215	0.0083	0.4244	0.0231	0.1807	0.0018	-0.0191	0.0011	-0.0225	-0.0603	0.0984	-0.0242	0.143	-0.0073	0.0129	0.11	-0.01	0.0046	38.5792	45.4928	200.2034
7	0.8913	0.1329	-0.1582	0.1995	-0.1024	0.7923	-0.0469	-0.0318	-0.3722	-0.0097	-0.0546	-0.059	0.2351	0.0219	0.1015	0.2022	0.0184	0.0492	0.0185	0.0167	0.1599	25.8742	16.6953	216.638
8	0.7583	0.0167	-0.061	0.1374	0.0515	0.4073	-0.0143	0.3661	-0.1413	-0.0016	-0.0386	0.0244	0.1044	-0.2449	0.0528	0.1673	-0.0534	0.0086	0.3437	-0.1144	0.0432	-8.1026	30.0808	188.5559

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 496
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-2 - 496
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-2 - 496
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-1 - 496
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 496
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 496
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 496
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 496

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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