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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yx7 | ||||||
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タイトル | Complex of SpaO(SPOA1,2) and OrgB(APAR)::T4lysozyme fusion protein | ||||||
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![]() | PROTEIN TRANSPORT / Type III Secretion System | ||||||
機能・相同性 | ![]() bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / protein secretion by the type III secretion system / positive chemotaxis / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / protein transport / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm ...bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / protein secretion by the type III secretion system / positive chemotaxis / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / protein transport / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Notti, R.Q. / Stebbins, C.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A common assembly module in injectisome and flagellar type III secretion sorting platforms. 著者: Notti, R.Q. / Bhattacharya, S. / Lilic, M. / Stebbins, C.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 288.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 234.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 465.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 478.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8246.572 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 145-213 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: spaO, STM2891 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 7710.809 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 232-297 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: spaO, STM2891 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 22162.568 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 1-30,UNP Residues 1-30 / Mutation: D20N,C54T,C97A,D20N,C54T,C97A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: orgB, STM2869 / 発現宿主: ![]() ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: SpaO(145-213) + SpaO (232-297) + OrgB(1-30)::T4 lysozyme was concentrated to 18.5mg/mL and crystallized with 25% PEG3350, 200mM ammonium formate, 100mM sodium acetate pH=5.0. Microseeding was ...詳細: SpaO(145-213) + SpaO (232-297) + OrgB(1-30)::T4 lysozyme was concentrated to 18.5mg/mL and crystallized with 25% PEG3350, 200mM ammonium formate, 100mM sodium acetate pH=5.0. Microseeding was employed to enhance crystal uniformity and diffraction. Briefly, crystals to be seeded were harvested in precipitant solution and vortexed in a microfuge tube with a small stir bar for ~60 seconds. The slurry of microseeds was serially dilluted (5-10-fold steps) in precipitant solution and 5 selected microseed-precipitant mixtures were mixed with fresh protein as in a normal hanging drop experiment. Crystals were cryoprotected in 30% PEG3350, 10% glycerol, 200mM ammonium acetate, 100mM sodium acetate pH=5.0. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月22日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: l,-k,h / Fraction: 0.23 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→47.59 Å / Num. obs: 41204 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 210953 / Scaling rejects: 16 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4YX5, 2LZM 解像度: 2.0007→47.59 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.03 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 134.22 Å2 / Biso mean: 33.8494 Å2 / Biso min: 9.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.0007→47.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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