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- PDB-4ym9: Crystal structure of Porcine Pancreatic Elastase (PPE) in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ym9
タイトルCrystal structure of Porcine Pancreatic Elastase (PPE) in complex with the novel inhibitor JM102
要素Chymotrypsin-like elastase family member 1
キーワードHYDROLASE / porcine pancreatic elastase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4E4 / ACETATE ION / Chymotrypsin-like elastase family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hofbauer, S. / Brito, J.A. / Mulchande, J. / Nogly, P. / Pessanha, M. / Moreira, R. / Archer, M.
資金援助 ポルトガル, 2件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaSFRH/BPD/80741/2011 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPTDC/BIA-PRO/118535/2010 ポルトガル
引用ジャーナル: ChemMedChem / 年: 2016
タイトル: Clickable 4-Oxo-beta-lactam-Based Selective Probing for Human Neutrophil Elastase Related Proteomes.
著者: Ruivo, E.F. / Goncalves, L.M. / Carvalho, L.A. / Guedes, R.C. / Hofbauer, S. / Brito, J.A. / Archer, M. / Moreira, R. / Lucas, S.D.
履歴
登録2015年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chymotrypsin-like elastase family member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,05614
ポリマ－25,9291
非ポリマー1,12713
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area10270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.026, 58.340, 74.923
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Chymotrypsin-like elastase family member 1 / Elastase-1


分子量: 25929.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Pancreas / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase

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非ポリマー , 6種, 171分子

#2: 化合物 ChemComp-4E4 / 2-ethyl-2-(hydroxymethyl)-N-(6-methylpyridin-3-yl)butanamide


分子量: 236.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H20N2O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 200 mM Na2SO4 100 mM NaCH3COO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→46.03 Å / Num. all: 19425 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 30.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 1.33 % / Rmerge(I) obs: 0.1475 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 67.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1830)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V35

2v35


解像度: 1.8→38.408 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 14.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1567 1859 4.92 %
Rwork0.1288 --
obs0.1302 37784 94.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.408 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1822 0 69 158 2049
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111968
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3052685
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.705688
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051295
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006346
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7987-1.84730.2371000.17091742X-RAY DIFFRACTION60
1.8473-1.90170.17781200.15082291X-RAY DIFFRACTION79
1.9017-1.96310.17371520.13792661X-RAY DIFFRACTION89
1.9631-2.03320.16141200.12742837X-RAY DIFFRACTION96
2.0332-2.11460.18041920.1232901X-RAY DIFFRACTION100
2.1146-2.21090.13561790.11472919X-RAY DIFFRACTION100
2.2109-2.32740.17561390.11982932X-RAY DIFFRACTION100
2.3274-2.47320.17451330.1212921X-RAY DIFFRACTION100
2.4732-2.66410.15521680.12742931X-RAY DIFFRACTION100
2.6641-2.93210.18061400.12312948X-RAY DIFFRACTION100
2.9321-3.35620.16331430.12192952X-RAY DIFFRACTION100
3.3562-4.22760.12571500.11662937X-RAY DIFFRACTION100
4.2276-38.41670.13311230.15342953X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.8394 Å / Origin y: 0.8869 Å / Origin z: 6.2652 Å
111213212223313233
T0.0783 Å20.0011 Å20.0083 Å2-0.0657 Å20.0108 Å2--0.0662 Å2
L1.569 °2-0.069 °2-0.0236 °2-1.6329 °20.0545 °2--1.7625 °2
S0.0509 Å °0.0518 Å °-0.0041 Å °-0.0151 Å °-0.0451 Å °-0.0293 Å °-0.0533 Å °0.0065 Å °-0.0085 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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