[日本語] English
万見
- PDB-4yk4: Human antibody 641 I-9 in complex with influenza hemagglutinin H1... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yk4
タイトルHuman antibody 641 I-9 in complex with influenza hemagglutinin H1 Solomon Islands/03/2006
要素
  • 641 I-9 VHCH antibody
  • 641 I-9 VLCL antibody
  • Hemagglutinin
キーワードViral protein/Immune system / influenza / antibody / complex / hemagglutinin / Viral protein-Immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like ...Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Schmidt, A.G. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI089618 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Viral receptor-binding site antibodies with diverse germline origins.
著者: Schmidt, A.G. / Therkelsen, M.D. / Stewart, S. / Kepler, T.B. / Liao, H.X. / Moody, M.A. / Haynes, B.F. / Harrison, S.C.
履歴
登録2015年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
Y: 641 I-9 VLCL antibody
Z: 641 I-9 VHCH antibody
E: Hemagglutinin
B: 641 I-9 VLCL antibody
C: 641 I-9 VHCH antibody
A: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,14812
ポリマ－149,8216
非ポリマー1,3276
水2,234124
1
Y: 641 I-9 VLCL antibody
Z: 641 I-9 VHCH antibody
E: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5746
ポリマ－74,9103
非ポリマー6643
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 641 I-9 VLCL antibody
C: 641 I-9 VHCH antibody
A: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5746
ポリマ－74,9103
非ポリマー6643
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)235.365, 130.154, 68.972
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.880, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: 抗体 641 I-9 VLCL antibody


分子量: 23353.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mammalia (両生類)
#2: 抗体 641 I-9 VHCH antibody


分子量: 25587.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mammalia (両生類)
#3: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 25968.922 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 65-280 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Solomon Islands/3/2006(H1N1) / 遺伝子: HA / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: A7UPX0
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 6% PEG 2000, 0.3M magnesium nitrate, 0.05M lithium sulfate, 2% MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月26日
回折測定詳細: 1.00 degrees, 1.0 sec, detector distance 350.00 mm / 手法: \w scans
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.106 / 数: 146198
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 48068 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 57.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.128 / Χ2: 3.359 / Net I/av σ(I): 20.82 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 146198
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.853.10.58924240.6830.3950.7121.95699.5
2.85-2.93.10.49524980.7130.330.5982.10999.2
2.9-2.963.10.41924580.8060.2780.5052.27599.4
2.96-3.023.10.38324560.8240.2510.462.37898.9
3.02-3.083.10.31224690.890.2060.3752.60898.9
3.08-3.153.10.26824860.9230.1760.3222.72498.7
3.15-3.233.10.23524330.9330.1550.2822.89798.1
3.23-3.323.10.20324260.9480.1330.2443.22297.7
3.32-3.423.10.17724320.9670.1180.2143.38397.1
3.42-3.533.10.15624160.9690.1030.1883.69196.4
3.53-3.653.10.14124230.9720.0930.173.89396.3
3.65-3.83.10.12723670.9770.0840.1533.98595.7
3.8-3.9730.11323720.980.0750.1364.23194.5
3.97-4.1830.09323420.9870.0630.1134.19794.5
4.18-4.442.90.08123480.9860.0550.0994.3293.4
4.44-4.792.90.07323430.9890.050.0894.49392.9
4.79-5.272.80.06922850.9880.0470.0844.27892.2
5.27-6.032.90.07223650.990.0480.0864.18493.5
6.03-7.593.10.06623890.9910.0420.0783.6894.1
7.59-503.10.04923360.9950.0310.0583.49290.9
Cell measurementReflection used: 146198

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HKX, 1HEZ, 1D5B

4hkx

1hez

1d5b


解像度: 2.8→35.04 Å / FOM work R set: 0.7881 / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2603 1968 4.17 %
Rwork0.2203 45179 -
obs0.2219 47147 95.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 222.47 Å2 / Biso mean: 63.43 Å2 / Biso min: 27.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→35.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9919 0 84 124 10127
Biso mean--148.33 50.47 -
残基数----1277
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01210273
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05913973
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661555
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0161777
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9113701
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8001-2.87010.34651450.31943220336596
2.8701-2.94760.34811390.29493317345699
2.9476-3.03430.31161400.2923290343099
3.0343-3.13220.31341440.27853358350299
3.1322-3.24410.31821440.2623275341998
3.2441-3.37380.31551440.26983248339298
3.3738-3.52730.30211430.24173228337196
3.5273-3.7130.24431380.2323235337396
3.713-3.94540.25441420.21513194333695
3.9454-4.24950.26121420.20643170331294
4.2495-4.67630.19621360.17533146328293
4.6763-5.35090.20631290.1733152328193
5.3509-6.73370.2161460.19613172331894
6.7337-35.04250.26431360.2043174331092
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -61.225 Å / Origin y: 8.3831 Å / Origin z: 8.1242 Å
111213212223313233
T0.0952 Å2-0.234 Å2-0.0089 Å2-0.1045 Å2-0.0516 Å2--0.128 Å2
L0.0279 °20.0212 °20.0795 °2-0.1178 °20.0988 °2--0.1274 °2
S-0.0144 Å °-0.0606 Å °0.0427 Å °-0.0434 Å °-0.1447 Å °0.0253 Å °-0.0377 Å °-0.0433 Å °-0.1125 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allY1 - 211
2X-RAY DIFFRACTION1allZ1 - 225
3X-RAY DIFFRACTION1allE55 - 260
4X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 211
5X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 225
6X-RAY DIFFRACTION1allA55 - 260
7X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 126
8X-RAY DIFFRACTION1allD269 - 274

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る