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- PDB-4ydx: Crystal structure of cisplatin bound to a human copper chaperone ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ydx
タイトルCrystal structure of cisplatin bound to a human copper chaperone (monomer) - new refinement
要素Copper transport protein ATOX1
キーワードMETAL TRANSPORT / Re-refinement of 3iwl / cisplatin / platinum / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


metallochaperone activity / Ion influx/efflux at host-pathogen interface / copper-dependent protein binding / copper chaperone activity / copper ion transport / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cuprous ion binding / intracellular copper ion homeostasis / response to oxidative stress / copper ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / Copper transport protein ATOX1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.602 Å
データ登録者Shabalin, I.G. / Boal, A.K. / Dauter, Z. / Jaskolski, M. / Minor, W. / Rosenzweig, A.C. / Wlodawer, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Crystallography and chemistry should always go together: a cautionary tale of protein complexes with cisplatin and carboplatin.
著者: Shabalin, I. / Dauter, Z. / Jaskolski, M. / Minor, W. / Wlodawer, A.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of cisplatin bound to a human copper chaperone.
著者: Boal, A.K. / Rosenzweig, A.C.
履歴
登録2015年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月8日Group: Database references
改定 1.22015年9月9日Group: Database references
改定 1.32015年9月16日Group: Database references
改定 1.42017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62022年4月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper transport protein ATOX1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8234
ポリマ－7,2811
非ポリマー5413
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.070, 54.070, 55.578
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

HOH

21A-216-

HOH

31A-236-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Copper transport protein ATOX1 / Metal transport protein ATX1


分子量: 7281.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATOX1, HAH1 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O00244
#2: 化合物 ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-TCE / 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / 3-[bis(2-carboxyethyl)phosphanyl]propanoic acid / トリス(2-カルボキシエチル)ホスフィン


分子量: 250.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15O6P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.81 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 2M lithium sulfate, 0.1M MES, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.90511 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.90511 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 13182 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 19.5 % / Biso Wilson estimate: 17.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
SHARP位相決定
Cootモデル構築
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3iwl

3iwl


解像度: 1.602→27.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / WRfactor Rfree: 0.1805 / WRfactor Rwork: 0.1549 / FOM work R set: 0.9153 / SU B: 2.348 / SU ML: 0.039 / SU R Cruickshank DPI: 0.0574 / SU Rfree: 0.0582 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. This deposit resulted from an analysis of a number of PDB entries that contain cisplatin or carboplatin in complex ...詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. This deposit resulted from an analysis of a number of PDB entries that contain cisplatin or carboplatin in complex with proteins, conducted in the spirit of the Terwilliger-Bricogne motto advocating continuous improvement of the macromolecular models in the PDB (Acta Cryst. D70, 2533, 2014). The structure factors and coordinates, originally deposited as 3iwl (Boal, A. K. & Rosenzweig, A. C. 2009. J. Am. Chem. Soc. 131, 14196-14197), were used as the starting point for an independent re-refinement. The new model includes some reinterpretation of the ligands, has lower R factors, and improved statistics describing the agreement with the experimental data.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1555 621 4.9 %RANDOM
Rwork0.136 ---
obs0.1369 12057 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.2 Å2 / Biso mean: 22.116 Å2 / Biso min: 12.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20.05 Å20 Å2
2--0.09 Å2-0 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.602→27.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数503 0 22 96 621
Biso mean--34.09 39.65 -
残基数----67
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.019548
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02530
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5152.03732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9133.0031235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.603570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.15625.26319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.50515103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.24152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02590
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02100
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4870.99271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4620.985270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8121.478338
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.57231
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded14.6890.12
LS精密化 シェル解像度: 1.602→1.644 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 44 -
Rwork0.216 858 -
all-902 -
obs--97.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
116.326113.16832.318428.59488.05265.6487-0.30190.3017-0.3642-0.72050.16470.2758-0.0845-0.27130.13710.0871-0.01580.01310.0782-0.00260.034525.2048.9415.515
27.16335.4498-3.274112.0904-6.62838.22080.1771-0.10090.30540.4787-0.15290.0426-0.71370.0919-0.02430.0938-0.03-0.01010.0283-0.01520.073934.17422.36814.395
34.96090.97810.28368.71420.3144.463-0.06170.11650.1892-0.10150.0347-0.1305-0.20660.27750.0270.0512-0.0422-0.01610.04170.01420.054837.56518.4987.275
45.7675-0.48680.157311.0049-0.24935.21270.02580.1757-0.0276-0.2806-0.1991-0.3991-0.06750.41260.17340.02210.00410.00140.05230.00070.069238.4568.9967.167
53.3019-1.3413-0.290711.86723.92995.1414-0.00640.0413-0.0117-0.0806-0.14420.4664-0.258-0.13840.15050.0639-0.0060.00220.03570.00960.033528.33216.7968.909
62.85291.42390.326541.2432.74131.25950.0117-0.1106-0.25020.2833-0.1750.9108-0.0761-0.14060.16340.0801-0.00880.02560.0590.00020.084326.8178.92211.962
74.74973.487-2.14785.9629-0.65633.0868-0.1407-0.2596-0.28550.16270.0132-0.1560.06950.1340.12750.07640.0183-0.00340.07990.01340.10233.9835.3817.75
811.64057.37080.705911.4091.12656.889-0.0354-0.2956-0.07740.1227-0.036-0.2943-0.16430.23220.07130.0392-0.035-0.02870.0779-0.00880.065139.58514.6616.537
917.23868.1795-4.30238.317-2.82384.427-0.09980.22730.0880.15510.27480.2607-0.1825-0.2319-0.17510.06050.0051-0.0050.07050.01280.029426.92912.87719.968
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 6
2X-RAY DIFFRACTION2A7 - 12
3X-RAY DIFFRACTION3A13 - 20
4X-RAY DIFFRACTION4A21 - 28
5X-RAY DIFFRACTION5A29 - 38
6X-RAY DIFFRACTION6A39 - 45
7X-RAY DIFFRACTION7A46 - 54
8X-RAY DIFFRACTION8A55 - 60
9X-RAY DIFFRACTION9A61 - 68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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