[日本語] English
万見
- PDB-1cpz: COPPER CHAPERONE OF ENTEROCOCCUS HIRAE (APO-FORM) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cpz
タイトルCOPPER CHAPERONE OF ENTEROCOCCUS HIRAE (APO-FORM)
要素Copper chaperone
キーワードGENE REGULATION / COPPER CHAPERONE / METAL TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


copper ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Copper chaperone CopZ / Copper chaperone CopZ
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus hirae (バクテリア)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Wimmer, R. / Herrmann, T. / Solioz, M. / Wuethrich, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: NMR structure and metal interactions of the CopZ copper chaperone.
著者: Wimmer, R. / Herrmann, T. / Solioz, M. / Wuthrich, K.
履歴
登録1999年5月6日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq_dif.db_mon_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Copper chaperone


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4761
ポリマ－7,4761
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質 Copper chaperone


分子量: 7475.661 Da / 分子数: 1 / 変異: N-TERMINUS CHANGED FROM MKQ TO AQ / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-TERMINUS CHANGED FROM MKQ TO AQ / 由来: (組換発現) Enterococcus hirae (バクテリア) / 株: WILD-TYPE
解説: E. HIRAE COPZ GENE CLONED IN E.COLI EXPRESSION VECTOR PQE6 WITH HELPER PLASMID PREP4
細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: copZ / プラスミド: PDZ69 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): COPZ / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / キーワード: N-TERMINUS CHANGED FROM MKQ TO AQ / 参照: UniProt: A0A1V8XBM5, UniProt: Q47840*PLUS
配列の詳細MODIFIED EXPRESSION IN ESCHERICHIA COLI (REASON UNKNOWN)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112QF-COSY
1213QF COSY
131E.COSY
1411H-1H-TOCSY
151NOESY
161J-HNHB
1713D-15N-RESOLVED 1H-1H-TOCSY
1813D 15N-RESOLVED NOESY
NMR実験の詳細Text: UNLABELED AND 15N-LABELED PROTEIN WAS USED. SAMPLES WERE PREPARED UNDER OXYGEN- FREE CONDITIONS AND SEALED.

-
試料調製

詳細内容: 10% D2O/90% H2O, 10UM NA2S2O4, 50MM NAPI
試料状態イオン強度: 50 mM / pH: 7 / 温度: 288.2 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRX500BrukerDRX5005001
Bruker DRX 600BrukerDRX 6006002
Bruker DRX 750BrukerDRX 7507503

-
解析

NMR software
名称開発者分類
OPALpKORADI, GUENTERT, BILLETER精密化
DYANA構造決定
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る