PDB-4ycs: Crystal structure of putative lipoprotein from Peptoclostridium d...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ycs

タイトル

Crystal structure of putative lipoprotein from Peptoclostridium difficile 630 (fragment)

要素

Uncharacterized protein

キーワード

HYDROLASE / Human Microbiome / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Peptoclostridium difficile 630 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Michalska, K. / Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of putative lipoprotein from Peptoclostridium difficile 630 (fragment)
著者: Michalska, K. / Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2015年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ycs.cif.gz	305.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ycs.ent.gz	251.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ycs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/4ycs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/4ycs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3r5r-1 3r5w-10 2h8v-d 2msk-d 3cxg-2 3r5w-3 2xi1-2 2x2o-d 2q9p-d 1u8t-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC108779

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetTrack: MCSG-APC108779

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

E: Uncharacterized protein

F: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

85.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
14.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Uncharacterized protein

ソフトウェアが定義した集合体
14.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
14.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
14.4 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Uncharacterized protein

ソフトウェアが定義した集合体
14.2 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Uncharacterized protein

ソフトウェアが定義した集合体
14.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	37.755, 119.501, 185.912
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biomolecule is unknown

#1: タンパク質	Uncharacterized protein / lipoprotein / fragment 分子量: 14238.272 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 45-169 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Peptoclostridium difficile 630 (バクテリア) 遺伝子: BG47_10265 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pGrow7-K / 参照: UniProt: A0A031WBX8, UniProt: Q189B5*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.55 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.09 M Malonic Acid, 0.013 M Ammonium Citrate Tribasic, 0.006 M Succinic Acid, 0.015 M DL-Malic Acid, 0.02 M Sodium Acetate, 0.025 M Sodium Formate, 0.008 M Ammonium Tartrate Dibasic, 0.1 M ...詳細: 0.09 M Malonic Acid, 0.013 M Ammonium Citrate Tribasic, 0.006 M Succinic Acid, 0.015 M DL-Malic Acid, 0.02 M Sodium Acetate, 0.025 M Sodium Formate, 0.008 M Ammonium Tartrate Dibasic, 0.1 M HEPES:NaOH pH 7.0, 10% (w/v) PEG MME 5000, cryo 25% glycerol

結晶

マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.55 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.09 M Malonic Acid, 0.013 M Ammonium Citrate Tribasic, 0.006 M Succinic Acid, 0.015 M DL-Malic Acid, 0.02 M Sodium Acetate, 0.025 M Sodium Formate, 0.008 M Ammonium Tartrate Dibasic, 0.1 M ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月20日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→30 Å / Num. obs: 57544 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.848 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.98→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 8.615 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22628	1077	1.9 %	THIN SHELLS
R_work	0.17981	-	-	-
obs	0.18067	56177	95.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.857 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.85 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5676	0	23	353	6052

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.02	5821
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5589
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.457	1.991	7853
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.802	3	12942
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.669	5	741
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.244	27.481	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.312	15	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.16	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	900
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6695
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.244	2.31	2965
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.234	2.307	2963
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.387	3.438	3705
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.388	3.439	3706
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.89	2.862	2856
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.89	2.862	2856
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.085	4.05	4149
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.013	19.79	6510
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.013	19.79	6510
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.982→2.033 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	54	-
R_work	0.253	3836	-
obs	-	-	90.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.058	-0.088	-0.4108	0.2933	1.4143	7.9534	0.0116	-0.0283	-0.0719	0.0526	0.0987	-0.0141	0.4292	0.0523	-0.1103	0.1393	-0.0331	-0.03	0.1829	0.0021	0.1984	-0.6426	81.5258	16.4717
2	1.3618	-0.6644	-0.1879	0.9542	0.3874	1.7337	-0.157	-0.0678	-0.3861	-0.0666	0.1989	0.3614	0.3566	-0.1001	-0.0418	0.208	-0.0468	-0.0255	0.1218	0.0641	0.2063	0.1317	76.4994	19.0979
3	1.024	-0.2126	-0.0061	2.5791	0.9006	1.4567	-0.04	0.0771	0.0102	-0.3569	-0.0285	0.0101	-0.1469	0.0325	0.0686	0.157	-0.02	-0.0045	0.1364	0.0143	0.0674	1.2568	89.0827	12.4678
4	0.7532	-1.9269	-0.7162	5.982	3.3573	3.2644	-0.0414	0.114	0.2356	-0.1447	0.0619	-0.5507	-0.1456	0.3483	-0.0205	0.1413	-0.1023	0.0332	0.1766	0.0227	0.1321	7.8926	91.6892	14.3586
5	3.6247	-1.6867	1.459	0.7996	-0.7603	1.0405	0.4538	0.2898	0.1163	-0.2414	-0.1992	0.0001	0.3449	0.4655	-0.2546	0.1791	0.1304	-0.0567	0.3232	-0.2214	0.235	13.1205	81.4305	14.1395
6	10.2044	-4.6721	1.842	2.4073	0.5693	7.7938	-0.1279	-0.1801	0.0644	0.0354	0.0674	-0.0104	-0.1537	-0.1198	0.0605	0.0617	-0.005	0.0052	0.0625	-0.0126	0.1682	10.0748	82.095	26.005
7	0.1858	-0.6577	0.6258	4.0175	-3.9072	3.8071	0.0375	-0.0177	0.1052	0.2732	0.0252	0.037	-0.2666	-0.0037	-0.0627	0.1839	-0.0304	0.0581	0.1731	0.0128	0.2062	14.5763	47.1726	-9.1732
8	2.4012	-0.0904	0.0083	2.8357	-1.7811	1.1698	0.3084	-0.2326	0.3893	0.1331	-0.0533	0.3373	-0.1054	0.1545	-0.2551	0.1304	-0.0649	0.0758	0.2899	-0.1233	0.1588	12.1197	51.7363	-2.6547
9	0.6542	0.9331	-0.5305	3.1384	-0.3776	1.306	0.015	-0.052	0.0963	-0.3391	0.0227	-0.0441	0.1554	0.0904	-0.0377	0.1586	-0.0075	0.0414	0.1225	0.0092	0.0806	14.5224	42.6216	-15.1544
10	1.5113	0.7093	-0.7742	3.8577	-1.5191	0.7868	-0.0529	0.2222	0.0541	-0.3733	0.1718	0.3666	0.1713	-0.1411	-0.1189	0.1886	-0.0452	-0.0758	0.1019	0.0024	0.14	4.6029	37.9613	-15.9314
11	3.5484	-1.4492	1.2445	2.9173	2.572	4.5226	0.2199	-0.0273	0.0114	-0.3854	-0.0374	-0.1489	-0.3451	-0.1112	-0.1824	0.1428	0.0215	0.0291	0.1379	0.0907	0.145	1.7887	51.9388	-10.9872
12	5.8888	-3.2776	-4.2587	8.5094	1.2986	3.2554	0.0365	-0.1157	0.3589	-0.2715	0.212	-0.3559	0.0231	0.0544	-0.2485	0.0586	-0.0192	0.0107	0.1471	0.0287	0.1363	3.4278	46.5273	-1.6021
13	0.3904	-1.0519	-0.8101	3.6947	4.04	5.7935	0.0767	0.0885	0.0653	-0.3641	-0.1374	-0.1007	-0.5322	-0.1064	0.0606	0.1466	-0.0075	0.0162	0.2008	-0.0137	0.1146	23.1378	49.9721	8.3691
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25	0.183	0.0544	-0.1638	0.0418	-0.0701	0.167	-0.0001	-0.031	0.0561	-0.0475	0.0622	0.0281	0.0306	-0.0305	-0.0622	0.2113	-0.0296	0.0076	0.2101	0.0045	0.1335	18.9007	50.8463	41.8437
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34	0.5835	0.1851	-0.5482	3.2449	1.4816	1.383	-0.0394	0.0162	-0.0345	0.4638	-0.1511	0.2355	0.2829	-0.1077	0.1905	0.2078	-0.0138	0.0673	0.0544	-0.0426	0.1342	21.5854	76.2932	42.9435
35	0.0457	-0.3841	0.1732	3.275	-1.4391	0.665	-0.0069	-0.0137	-0.0223	0.1129	0.045	0.2835	0.0041	-0.0789	-0.0381	0.141	-0.0798	0.1636	0.1148	-0.1476	0.252	14.1723	74.5223	40.4747
36	0.0526	0.3166	0.1049	8.6488	0.0485	1.1371	-0.0385	0.0442	0.0283	-0.0076	0.0537	-0.0678	0.074	0.1253	-0.0152	0.0948	-0.0144	-0.0168	0.0852	0.0064	0.1423	16.4815	74.8864	26.6429

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	47 - 61
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	62 - 91
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	92 - 122
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	123 - 139
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	140 - 162
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	163 - 169
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	47 - 61
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	62 - 85
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	86 - 121
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	122 - 146
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	147 - 157
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	158 - 169
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	48 - 61
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	62 - 79
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	80 - 117
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	118 - 138
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	139 - 157
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	158 - 169
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	48 - 56
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	57 - 67
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	68 - 121
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	122 - 139
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	140 - 157
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	158 - 169
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	48 - 78
26	X-RAY DIFFRACTION	26	E	79 - 88
27	X-RAY DIFFRACTION	27	E	89 - 118
28	X-RAY DIFFRACTION	28	E	119 - 126
29	X-RAY DIFFRACTION	29	E	127 - 147
30	X-RAY DIFFRACTION	30	E	148 - 169
31	X-RAY DIFFRACTION	31	F	48 - 60
32	X-RAY DIFFRACTION	32	F	61 - 85
33	X-RAY DIFFRACTION	33	F	86 - 113
34	X-RAY DIFFRACTION	34	F	114 - 139
35	X-RAY DIFFRACTION	35	F	140 - 152
36	X-RAY DIFFRACTION	36	F	153 - 169

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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