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万見
- PDB-3r5w: Structure of Ddn, the Deazaflavin-dependent nitroreductase from M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r5w
タイトルStructure of Ddn, the Deazaflavin-dependent nitroreductase from Mycobacterium tuberculosis involved in bioreductive activation of PA-824, with co-factor F420
要素Deazaflavin-dependent nitroreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / PA-824 / OPC-67683 / nitroimidazoles / split barrel-like fold / DUF385 / deazaflavin-dependent nitroreductase / F420
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; 他の既知の電子受容体を用いる / coenzyme F420 binding / 酸化還元酵素 / peptidoglycan-based cell wall / oxidoreductase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
F420H(2)-dependent quinone reductase / F420H(2)-dependent quinone reductase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME F420 / Deazaflavin-dependent nitroreductase / Deazaflavin-dependent nitroreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.786 Å
データ登録者Cellitti, S.E. / Shaffer, J. / Jones, D.H. / Mukherjee, T. / Gurumurthy, M. / Bursulaya, B. / Boshoff, H.I.M. / Choi, I. / Nayya, A. / Lee, Y.S. ...Cellitti, S.E. / Shaffer, J. / Jones, D.H. / Mukherjee, T. / Gurumurthy, M. / Bursulaya, B. / Boshoff, H.I.M. / Choi, I. / Nayya, A. / Lee, Y.S. / Cherian, J. / Niyomrattanakit, P. / Dick, T. / Manjunatha, U.H. / Barry, C.E. / Spraggon, G. / Geierstanger, B.H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structure of Ddn, the deazaflavin-dependent nitroreductase from Mycobacterium tuberculosis involved in bioreductive activation of PA-824.
著者: Cellitti, S.E. / Shaffer, J. / Jones, D.H. / Mukherjee, T. / Gurumurthy, M. / Bursulaya, B. / Boshoff, H.I. / Choi, I. / Nayyar, A. / Lee, Y.S. / Cherian, J. / Niyomrattanakit, P. / Dick, T. ...著者: Cellitti, S.E. / Shaffer, J. / Jones, D.H. / Mukherjee, T. / Gurumurthy, M. / Bursulaya, B. / Boshoff, H.I. / Choi, I. / Nayyar, A. / Lee, Y.S. / Cherian, J. / Niyomrattanakit, P. / Dick, T. / Manjunatha, U.H. / Barry, C.E. / Spraggon, G. / Geierstanger, B.H.
履歴
登録2011年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deazaflavin-dependent nitroreductase
B: Deazaflavin-dependent nitroreductase
C: Deazaflavin-dependent nitroreductase
D: Deazaflavin-dependent nitroreductase
E: Deazaflavin-dependent nitroreductase
K: Deazaflavin-dependent nitroreductase
L: Deazaflavin-dependent nitroreductase
M: Deazaflavin-dependent nitroreductase
N: Deazaflavin-dependent nitroreductase
O: Deazaflavin-dependent nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,30220
ポリマ－127,56610
非ポリマー7,73610
水23,0591280
1
A: Deazaflavin-dependent nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5302
ポリマ－12,7571
非ポリマー7741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Deazaflavin-dependent nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5302
ポリマ－12,7571
非ポリマー7741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Deazaflavin-dependent nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5302
ポリマ－12,7571
非ポリマー7741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Deazaflavin-dependent nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5302
ポリマ－12,7571
非ポリマー7741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Deazaflavin-dependent nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5302
ポリマ－12,7571
非ポリマー7741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
K: Deazaflavin-dependent nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5302
ポリマ－12,7571
非ポリマー7741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
L: Deazaflavin-dependent nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5302
ポリマ－12,7571
非ポリマー7741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
M: Deazaflavin-dependent nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5302
ポリマ－12,7571
非ポリマー7741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
N: Deazaflavin-dependent nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5302
ポリマ－12,7571
非ポリマー7741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
O: Deazaflavin-dependent nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5302
ポリマ－12,7571
非ポリマー7741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.336, 89.419, 127.678
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.290, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN.

-
要素

#1: タンパク質
Deazaflavin-dependent nitroreductase


分子量: 12756.584 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: ddn, MT3651, Rv3547 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P71854, UniProt: P9WP15*PLUS, 酸化還元酵素
#2: 化合物
ChemComp-F42 / COENZYME F420 / 補酵素F420


分子量: 773.593 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H36N5O18P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 3.6 M Na-formate, 10% glycerol with equimolar protein and F420, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.210.979
シンクロトロンALS 5.0.220.979
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2009年7月10日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2009年7月10日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Single crystal, cylindrically bent, Si(220)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Single crystal, cylindrically bent, Si(220)SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
21
反射解像度: 1.786→50 Å / Num. all: 174250 / Num. obs: 174250 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.826 / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.786-1.863.20.7221.6171500.9496.3
1.86-1.943.20.5252.79170601.4496.3
1.94-2.033.20.2714.607173711.00797.4
2.03-2.133.10.226.467173831.30897.5
2.13-2.273.10.1619.596173881.59897.6
2.27-2.443.10.11312.863175771.48398.4
2.44-2.693.10.09217.588175701.85998.4
2.69-3.0830.0725.689175872.41498.4
3.08-3.882.80.04838.687175143.18697.5
3.88-502.80.0445.667176503.49997.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 43.44 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å42.37 Å
Translation2.5 Å42.37 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BOSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3R5R (preliminary model)

3r5r


解像度: 1.786→42.169 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / SU ML: 0.22 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 21.75 / 立体化学のターゲット値: CCP4 monomer library
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2064 7913 4.97 %random
Rwork0.1733 ---
obs0.175 159341 88.14 %-
all-159399 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.911 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 129.69 Å2 / Biso mean: 31.0082 Å2 / Biso min: 8.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5771 Å20 Å2-2.9673 Å2
2--0.4187 Å2-0 Å2
3---0.1584 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.786→42.169 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8740 0 530 1280 10550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0139560
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.56813090
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1031439
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081631
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.0583590
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.786-1.84930.26976120.241611016116281162865
1.8493-1.92340.31126760.257312800134761347675
1.9234-2.01090.24527560.200115116158721587288
2.0109-2.11690.23558290.19215343161721617289
2.1169-2.24950.22897430.190915457162001620090
2.2495-2.42320.22268160.177315553163691636991
2.4232-2.6670.22148850.184316025169101691094
2.667-3.05290.23468680.193216557174251742596
3.0529-3.84590.17948400.150616703175431754397
3.8459-42.18090.15868880.138116858177461774697
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.6968 Å / Origin y: -17.8438 Å / Origin z: -31.9952 Å
111213212223313233
T0.0829 Å20.0011 Å20.0248 Å2-0.0898 Å20.0089 Å2--0.0504 Å2
L0.4069 °2-0.0099 °20.1453 °2-0.2797 °20.0284 °2--0.3389 °2
S-0.0117 Å °0.0138 Å °-0.0152 Å °-0.0063 Å °-0.0091 Å °0.0069 Å °-0.0076 Å °0.0242 Å °0.0182 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA43 - 151
2X-RAY DIFFRACTION1allB43 - 151
3X-RAY DIFFRACTION1allC43 - 151
4X-RAY DIFFRACTION1allD43 - 151
5X-RAY DIFFRACTION1allE43 - 151
6X-RAY DIFFRACTION1allE1
7X-RAY DIFFRACTION1allA1
8X-RAY DIFFRACTION1allD1
9X-RAY DIFFRACTION1allB1
10X-RAY DIFFRACTION1allC1
11X-RAY DIFFRACTION1allK43 - 151
12X-RAY DIFFRACTION1allL43 - 151
13X-RAY DIFFRACTION1allM43 - 151
14X-RAY DIFFRACTION1allN43 - 151
15X-RAY DIFFRACTION1allO43 - 151
16X-RAY DIFFRACTION1allO1
17X-RAY DIFFRACTION1allK1
18X-RAY DIFFRACTION1allN1
19X-RAY DIFFRACTION1allL1
20X-RAY DIFFRACTION1allM1
21X-RAY DIFFRACTION1allL - C1 - 1280

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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