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万見
- PDB-2ymj: Solution structure of the QUA1 dimerization domain of pXqua, the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ymj
タイトルSolution structure of the QUA1 dimerization domain of pXqua, the Xenopus ortholog of Quaking.
要素PROTEIN QUAKING-A
キーワードTRANSLATION / HAIRPIN / QKI / STAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


notochord cell differentiation / spliceosome-depend formation of circular RNA / regulation of astrocyte differentiation / negative regulation of macrophage differentiation / notochord formation / notochord development / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / poly(U) RNA binding / mRNA transport / regulation of translation ...notochord cell differentiation / spliceosome-depend formation of circular RNA / regulation of astrocyte differentiation / negative regulation of macrophage differentiation / notochord formation / notochord development / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / poly(U) RNA binding / mRNA transport / regulation of translation / single-stranded RNA binding / mRNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4010 / Protein quaking, putative nuclear localisation signal / Putative nuclear localisation signal of quaking / STAR protein, homodimerisation region / Homodimerisation region of STAR domain protein / : / KHDC4/BBP-like, KH-domain type I / KH domain-containing BBP-like / K Homology domain, type 1 superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4010 / Protein quaking, putative nuclear localisation signal / Putative nuclear localisation signal of quaking / STAR protein, homodimerisation region / Homodimerisation region of STAR domain protein / : / KHDC4/BBP-like, KH-domain type I / KH domain-containing BBP-like / K Homology domain, type 1 superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
KH domain-containing RNA-binding protein qki.S
類似検索 - 構成要素
生物種XENOPUS LAEVIS (アフリカツメガエル)
手法溶液NMR / ARIA VERSION 2.3
データ登録者Ali, M. / Broadhurst, R.W.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Solution Structure of the Qua1 Dimerization Domain of Pxqua, the Xenopus Ortholog of Quaking.
著者: Ali, M. / Broadhurst, R.W.
履歴
登録2012年10月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月4日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
改定 1.22019年9月25日Group: Data collection / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN QUAKING-A
B: PROTEIN QUAKING-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2782
ポリマ－12,2782
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40LOWEST ENERGY PLUS NO NOE VIOLATIONS >0.5 ANGSTROMS AND NO DIHEDRAL ANGLE VIOLATIONS > 5 DEGREES
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN QUAKING-A / PXQUA / XQUA


分子量: 6139.150 Da / 分子数: 2 / 断片: QUA1 DOMAIN, RESIDUES 8-57 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CONTAINS AN EXTRA GS CLONING ARTEFACT AT THE N-TERMINUS
由来: (組換発現) XENOPUS LAEVIS (アフリカツメガエル)
プラスミド: PMAT10-QUA1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q32NN2
配列の詳細CONSTRUCT CORRESPONDS TO RESIDUES 32 TO 81 OF PXQUA, WITH AN ADDITION GS CLONING ARTEFACT AT THE N- ...CONSTRUCT CORRESPONDS TO RESIDUES 32 TO 81 OF PXQUA, WITH AN ADDITION GS CLONING ARTEFACT AT THE N-TERMINUS, PLUS A C59S POINT MUTATION.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111[1H
12115N]-HSQC
13115N-TOCSY- HSQC
14115N-NOESY-HSQC
15113C- NOESY-HSQC
161HNCA
171HN(CO)CA
181HN(CA)CB
191CBCA(CO)NH
1101HNCO
1111HBHA(CO)NH
1121(H)CCH-TOCSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON A UNIFORMLY 15N AND 13C LABELLED PXQUA QUA1 DOMAIN SAMPLE.

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試料調製

詳細内容: 90% WATER / 10% D2O
試料状態イオン強度: 150 mM / pH: 6 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA/CNSNILGES ET AL精密化
CcpNmr AnalysisANALYSIS構造決定
精密化手法: ARIA VERSION 2.3 / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY PLUS NO NOE VIOLATIONS >0.5 ANGSTROMS AND NO DIHEDRAL ANGLE VIOLATIONS > 5 DEGREES
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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