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- PDB-3cxg: Crystal structure of Plasmodium falciparum thioredoxin, PFI0790w -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cxg
タイトルCrystal structure of Plasmodium falciparum thioredoxin, PFI0790w
要素Putative thioredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / thioredoxin / malaria / plasmodium / falciparum / structural genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


The NLRP3 inflammasome / TP53 Regulates Metabolic Genes / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioredoxin 3 / :
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Lew, J. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Wilkstrom, M. / Edwards, A.M. ...Wernimont, A.K. / Lew, J. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Wilkstrom, M. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Hills, T. / Pizarro, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Plasmodium falciparum thioredoxin, PFI0790w.
著者: Wernimont, A.K. / Lew, J. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Wilkstrom, M. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Hills, T. / Pizarro, J.
履歴
登録2008年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative thioredoxin
B: Putative thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6245
ポリマ－31,3432
非ポリマー2803
水2,432135
1
A: Putative thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7642
ポリマ－15,6721
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8603
ポリマ－15,6721
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.455, 97.455, 97.455
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number195
Space group name H-MP23

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要素

#1: タンパク質 Putative thioredoxin


分子量: 15671.647 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 18-132 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: PFI0790w / プラスミド: p15-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): dh5a / 参照: UniProt: Q8I2Z1, UniProt: Q4VWQ3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.0 M Ammonium sulfate, 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M Hepes pH 7.5, 5% MPD, 15% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 21155 / Num. obs: 21155 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 30.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0507 / Rsym value: 0.0466 / Χ2: 1.225 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.2451 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique all: 2073 / Rsym value: 0.4274 / Χ2: 0.976 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å23.64 Å
Translation2.5 Å23.64 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→29.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 8.569 / SU ML: 0.123 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1089 5.1 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.195 21155 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.321 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2022 0 17 135 2174
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0222114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8581.9312865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5535248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.98825.913115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.33615363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.405152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1520.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021618
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2820
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21382
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2131
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1780.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.5350.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2861.51292
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.70721992
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9523997
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1424.5870
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 78 -
Rwork0.248 1460 -
all-1538 -
obs-2086 99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
111.4603-4.9318-0.04357.2-0.62733.48580.42280.2541-0.6999-0.4531-0.00840.56250.3628-0.2447-0.4145-0.0625-0.0406-0.1553-0.08050.10470.011127.84737.85916.316
23.4439-1.93452.53522.443-2.9496.30510.1341-0.1668-0.1651-0.01280.25710.40870.1323-0.6197-0.3912-0.1563-0.02340.0123-0.11070.1148-0.019927.33846.35824.142
32.82-1.48682.0253.3658-2.05593.52660.17410.21470.1049-0.1830.05070.0602-0.10830.1608-0.2248-0.1633-0.01220.0114-0.11520.0661-0.112336.55848.70518.43
47.3149-0.54413.79861.7142-0.8268.39830.0598-0.31280.65490.37950.26890.1733-0.5943-0.7573-0.32870.01460.07790.0996-0.08960.10260.069926.62156.66925.597
510.88950.7427-6.16972.97250.35137.73330.3209-0.93690.37250.3539-0.4575-0.3538-0.34280.64130.1366-0.0619-0.1653-0.06380.04150.12-0.064921.26931.99311.03
62.842.2613-1.65935.2006-2.33282.41690.2062-0.1087-0.13180.1601-0.4344-0.5292-0.03840.42070.2282-0.16270.0055-0.0188-0.01760.1248-0.095821.29624.8952.509
78.40510.90084.61877.4481-4.355111.4796-0.0109-0.12690.25820.2599-0.23720.1102-0.4606-0.12620.2481-0.1897-0.04520.0155-0.15170.0182-0.15317.78927.1047.905
83.28992.2441-1.23945.496-2.0722.51980.03530.3845-0.0044-0.5392-0.1717-0.21190.10840.20580.1364-0.08870.03520.0011-0.02550.0913-0.143817.81527.992-5.919
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA9 - 349 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2AA35 - 7335 - 73
3X-RAY DIFFRACTION3AA74 - 11074 - 110
4X-RAY DIFFRACTION4AA111 - 131111 - 131
5X-RAY DIFFRACTION5BB9 - 339 - 33
6X-RAY DIFFRACTION6BB34 - 7434 - 74
7X-RAY DIFFRACTION7BB75 - 8775 - 87
8X-RAY DIFFRACTION8BB88 - 13188 - 131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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