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- PDB-4yay: XFEL structure of human Angiotensin Receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yay
タイトルXFEL structure of human Angiotensin Receptor
要素Soluble cytochrome b562,Type-1 angiotensin II receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / XFEL / Serial Femtosecond Crystallography / human Angiotensin Receptor AT1R / BRIL / G Protein-Coupled Receptor / GPCR / GPCR network / Lipidic Cubic Phase / LCP / structural genomics / ZD7155 / angiotensin receptor blocker / room temperature / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


angiotensin type I receptor activity / positive regulation of phospholipase A2 activity / angiotensin type II receptor activity / phospholipase C-activating angiotensin-activated signaling pathway / regulation of renal sodium excretion / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / bradykinin receptor binding / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation ...angiotensin type I receptor activity / positive regulation of phospholipase A2 activity / angiotensin type II receptor activity / phospholipase C-activating angiotensin-activated signaling pathway / regulation of renal sodium excretion / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / bradykinin receptor binding / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / positive regulation of CoA-transferase activity / low-density lipoprotein particle remodeling / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / Rho protein signal transduction / regulation of vasoconstriction / positive regulation of protein metabolic process / blood vessel diameter maintenance / Peptide ligand-binding receptors / neurogenesis / cell chemotaxis / kidney development / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of cell growth / calcium-mediated signaling / electron transport chain / brain development / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of inflammatory response / G alpha (q) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / inflammatory response / symbiont entry into host cell / iron ion binding / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / external side of plasma membrane / heme binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Angiotensin II receptor type 1 / Angiotensin II receptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZD7 / Soluble cytochrome b562 / Type-1 angiotensin II receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhang, H. / Unal, H. / Gati, C. / Han, G.W. / Zatsepin, N.A. / James, D. / Wang, D. / Nelson, G. / Weierstall, U. / Messerschmidt, M. ...Zhang, H. / Unal, H. / Gati, C. / Han, G.W. / Zatsepin, N.A. / James, D. / Wang, D. / Nelson, G. / Weierstall, U. / Messerschmidt, M. / Williams, G.J. / Boutet, S. / Yefanov, O.M. / White, T.A. / Liu, W. / Ishchenko, A. / Tirupula, K.C. / Desnoyer, R. / Sawaya, M.C. / Xu, Q. / Coe, J. / Cornrad, C.E. / Fromme, P. / Stevens, R.C. / Katritch, V. / Karnik, S.S. / Cherezov, V. / GPCR Network (GPCR)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54 GM094618 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Structure of the Angiotensin receptor revealed by serial femtosecond crystallography.
著者: Zhang, H. / Unal, H. / Gati, C. / Han, G.W. / Liu, W. / Zatsepin, N.A. / James, D. / Wang, D. / Nelson, G. / Weierstall, U. / Sawaya, M.R. / Xu, Q. / Messerschmidt, M. / Williams, G.J. / ...著者: Zhang, H. / Unal, H. / Gati, C. / Han, G.W. / Liu, W. / Zatsepin, N.A. / James, D. / Wang, D. / Nelson, G. / Weierstall, U. / Sawaya, M.R. / Xu, Q. / Messerschmidt, M. / Williams, G.J. / Boutet, S. / Yefanov, O.M. / White, T.A. / Wang, C. / Ishchenko, A. / Tirupula, K.C. / Desnoyer, R. / Coe, J. / Conrad, C.E. / Fromme, P. / Stevens, R.C. / Katritch, V. / Karnik, S.S. / Cherezov, V.
履歴
登録2015年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月6日Group: Structure summary
改定 1.22015年5月13日Group: Database references
改定 1.32015年5月27日Group: Database references
改定 1.42017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.62018年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.72019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.82023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562,Type-1 angiotensin II receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6792
ポリマ－47,2411
非ポリマー4391
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.800, 41.000, 167.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Authors state that the biological unit is unknown

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要素

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562,Type-1 angiotensin II receptor / Cytochrome b-562 / AT1AR / AT1BR / Angiotensin II type-1 receptor / AT1


分子量: 47240.707 Da / 分子数: 1 / 変異: M1007W, H1102I, R1106L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: cybC, AGTR1, AGTR1A, AGTR1B, AT2R1, AT2R1B / プラスミド: pFASTBAC / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P30556
#2: 化合物 ChemComp-ZD7 / 5,7-diethyl-1-{[2'-(1H-tetrazol-5-yl)biphenyl-4-yl]methyl}-3,4-dihydro-1,6-naphthyridin-2(1H)-one / 5,7-ジエチル-3,4-ジヒドロ-1-[[2′-(1H-テトラゾ-ル-5-イル)-1,1′-ビフェニル-4-イル]メ(以下略)


分子量: 438.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H26N6O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 457275

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.92 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5
詳細: 100 mM sodium citrate, pH 5.0, 450 mM NH4H2PO4, 28% (v/v) PEG400 and 4% (v/v) DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 294 K
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.56 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月1日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.56 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→32.629 Å / Num. obs: 11190 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1288 % / Biso Wilson estimate: 76.13 Å2 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 215 % / Mean I/σ(I) obs: 0.84 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
PHASER位相決定
CrystFELデータスケーリング
CrystFELデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: GPCR hybrid model

解像度: 2.9→32.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9017 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8509 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.406
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2742 576 5.16 %RANDOM
Rwork0.2283 ---
obs0.2306 11167 99.99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 95.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.8521 Å20 Å2-6.6407 Å2
2---4.0788 Å20 Å2
3---15.9309 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.612 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→32.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3077 0 33 0 3110
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013187HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.954336HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1448SINUSOIDAL4
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes54HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes460HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3187HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.46
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion436SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3683SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.18 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3131 150 5.66 %
Rwork0.2539 2500 -
all0.2573 2650 -
obs--99.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3611-1.357-0.45471.13732.72544.5097-0.0370.2550.20960.1181-0.0836-0.1595-0.04810.230.12060.2884-0.02560.03010.1755-0.0776-0.31022.94997.994814.071
21.0532-0.7640.40850.7978-0.48.24750.0292-0.12430.0783-0.49310.1735-0.35380.027-0.1706-0.20260.2481-0.12550.1705-0.304-0.0425-0.2207-15.38511.08252.2432
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1002-1106 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A| 12- 317 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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