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- PDB-4y6g: Crystal structure of Tryptophan Synthase from Salmonella typhimur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y6g
タイトルCrystal structure of Tryptophan Synthase from Salmonella typhimurium in complex with N-(4'-trifluoromethoxybenzoyl)-2-amino-1-ethylphosphate (F6F) inhibitor in the alpha-site and beta-site.
要素(Tryptophan synthase ...) x 2
キーワードLYASE/LYASE INHIBITOR / lyase / tryptophan biosynthesis / Salmonella typhimurium / F6F / inhibitor / allosteric enzyme / aromatic amino acid biosynthesis / pyridoxal phosphate / LYASE-LYASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme ...Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F6F / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Hilario, E. / Caulkins, B.G. / Young, R.P. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J. / Fan, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM097569 米国
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2016
タイトル: Visualizing the tunnel in tryptophan synthase with crystallography: Insights into a selective filter for accommodating indole and rejecting water.
著者: Hilario, E. / Caulkins, B.G. / Huang, Y.M. / You, W. / Chang, C.E. / Mueller, L.J. / Dunn, M.F. / Fan, L.
履歴
登録2015年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.version
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5466
ポリマ－71,6182
非ポリマー9284
水13,187732
1
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子

A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,09212
ポリマ－143,2354
非ポリマー1,8578
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area8610 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area44970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.170, 59.840, 67.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.910, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
Tryptophan synthase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tryptophan synthase alpha chain


分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: trpA / プラスミド: Derivative of Pbr322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Cb149 / 参照: UniProt: P00929, tryptophan synthase
#2: タンパク質 Tryptophan synthase beta chain


分子量: 42918.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: trpB / プラスミド: Derivative of Pbr322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Cb149 / 参照: UniProt: P0A2K1, tryptophan synthase

-
非ポリマー , 4種, 736分子

#3: 化合物 ChemComp-F6F / 2-{[4-(TRIFLUOROMETHOXY)BENZOYL]AMINO}ETHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / N-(4'-TRIFLUOROMETHOXYBENZOYL)-2-AMINO-1-ETHYLPHOSPHATE, F6 / りん酸二水素2-(4-トリフルオロメトキシベンゾイル)アミノエチル


分子量: 329.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H11F3NO6P
#4: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 732 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.32 % / 解説: Large plate-like crystal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 50 mM Bicine-NaOH, 10% PEG 8,000, 2 mM spermine, pH 7.8, 100mM NaCl
PH範囲: 7.4-8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: constant
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年3月5日 / 詳細: Rigaku VariMax
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→91.747 Å / Num. all: 87302 / Num. obs: 87302 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.2 % / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.056 / Rsym value: 0.046 / Net I/av σ(I): 9.396 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 276270
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.65-1.7430.4581.637626124710.310.4582.398
1.74-1.843.10.2862.636692119230.1930.2863.798.9
1.84-1.973.10.184.235386113010.120.185.899.5
1.97-2.133.20.1126.733466105590.0750.1128.999.8
2.13-2.333.20.0749.93115797540.050.07412.4100
2.33-2.613.20.05413.32866788580.0360.05415.5100
2.61-3.013.30.04315.82545178140.0280.04319.5100
3.01-3.693.30.03816.12178766350.0240.03825.2100
3.69-5.223.30.02217.21689551440.0140.02229100
5.22-21.6893.20.02118.3914328430.0140.02127.598.3

-
位相決定

Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.94-10033.20.928549
6.32-8.9441.10.9071047
5.16-6.3234.20.9081329
4.47-5.1624.90.941583
4-4.4722.10.9461782
3.65-421.90.941978
3.38-3.65220.9372118
3.16-3.3822.20.9252282
2.98-3.1622.30.9322417
2.83-2.9821.60.9312556
2.7-2.8320.40.9332676
2.58-2.7190.9422830
2.48-2.5819.20.9332910
2.39-2.4818.50.9393061
2.31-2.3917.50.9473102
2.24-2.3117.40.9443297
2.17-2.2417.40.9433356
2.11-2.1717.10.9453443
2.05-2.1117.50.9413568
2-2.0518.20.943628
1.95-217.50.9413716
1.91-1.9518.90.9413799
1.86-1.9120.30.9323851
1.83-1.8621.40.9323989
1.79-1.8322.50.9263998
1.75-1.7923.50.9254096
1.72-1.7525.40.9184159
1.69-1.7226.40.9124233
1.65-1.6935.20.8565933

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP11.2.08位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WX2

4wx2


解像度: 1.65→21.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / WRfactor Rfree: 0.1789 / WRfactor Rwork: 0.1544 / FOM work R set: 0.8705 / SU B: 3.454 / SU ML: 0.058 / SU R Cruickshank DPI: 0.0836 / SU Rfree: 0.0801 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1791 4376 5 %RANDOM
Rwork0.1582 ---
obs0.1592 82910 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.8 Å2 / Biso mean: 26.773 Å2 / Biso min: 2.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.04 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→21.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4943 0 58 761 5762
Biso mean--27.74 36.13 -
残基数----653
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0195217
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024987
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4991.9817069
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.789311481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8645672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.75424.089225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.06415864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9991534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2775
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0240.0216005
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.020.021173
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1382.332664
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1382.3272663
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7963.9133344
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 325 -
Rwork0.337 5967 -
all-6292 -
obs--97.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.39930.98970.23992.18450.93280.736-0.03290.00560.1285-0.0906-0.12330.0901-0.2078-0.21040.15620.09240.0847-0.06930.087-0.0520.0692-49.041545.1859-11.0068
20.759-0.1670.12170.71970.15130.07010.0307-0.02110.0575-0.0428-0.05540.0101-0.0071-0.01130.02460.03090.01210.00180.0686-0.01170.0492-37.719637.2477-8.5938
31.9740.29570.40892.40771.02972.14290.13690.2371-0.1453-0.0568-0.12660.20460.0075-0.0002-0.01030.03250.0314-0.04060.0888-0.03830.0614-45.875225.2187-17.9396
46.62113.7857-2.87684.5851-4.55515.2549-0.17710.5861-0.2972-0.58240.46690.28150.2988-0.5622-0.28980.35370.0588-0.16890.1114-0.03950.1283-53.332624.5216-24.26
50.74330.06230.64221.02650.53170.8902-0.12850.08490.1093-0.3242-0.03020.0847-0.265-0.06630.15870.1391-0.0048-0.07170.1448-0.00810.068-48.117845.9251-21.7322
61.0135-0.1326-0.61510.03740.10470.41110.01070.1361-0.09710.023-0.06260.00110.0124-0.16320.05190.0424-0.0193-0.02440.2032-0.0120.0228-28.014316.2869-20.0426
70.42340.05680.04850.05330.13410.3838-0.03080.0309-0.0144-0.011-0.00320.0134-0.00520.02240.0340.05360.0029-0.0210.0892-0.00640.0231-3.460214.1708-27.715
81.53790.3041-1.10110.56-0.1090.8240.16250.01850.3076-0.03930.06460.0872-0.1113-0.0076-0.22720.06590.01170.00190.10570.00610.0823-17.825530.5627-30.908
90.3248-0.0426-0.04860.01680.05270.2795-0.0066-0.0393-0.0189-0.0032-0.0150.00880.0251-0.0250.02150.04860.0078-0.01560.08810.00130.0341-5.275715.4794-15.2456
103.38450.2159-0.14560.20730.20510.2440.07160.02320.35040.0691-0.03540.00610.0696-0.0384-0.03620.03430.0149-0.00310.07060.00040.0825-16.821531.8955-9.1636
110.58920.1441-0.19310.06640.01310.35080.002-0.03180.0623-0.00610.02540.0197-0.02620.0203-0.02740.04470.0005-0.01380.0912-0.00780.02580.44424.7185-13.2625
120.3089-0.211-0.16130.3119-0.21050.84860.09540.0028-0.0022-0.02540.00790.0401-0.13640.1177-0.10330.0634-0.02250.00990.1298-0.02590.01577.27428.6201-17.9887
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 42
2X-RAY DIFFRACTION2A43 - 159
3X-RAY DIFFRACTION3A160 - 180
4X-RAY DIFFRACTION4A181 - 202
5X-RAY DIFFRACTION5A203 - 268
6X-RAY DIFFRACTION6B2 - 37
7X-RAY DIFFRACTION7B38 - 100
8X-RAY DIFFRACTION8B101 - 196
9X-RAY DIFFRACTION9B197 - 269
10X-RAY DIFFRACTION10B270 - 301
11X-RAY DIFFRACTION11B302 - 364
12X-RAY DIFFRACTION12B365 - 397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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