PDB-4y4b: Endothiapepsin in complex with fragment 323

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y4b

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragment 323

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.108 Å

データ登録者

Fu, K. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
著者: Fu, K. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2015年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y4b.cif.gz	196.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y4b.ent.gz	157.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y4b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4y4b_validation.pdf.gz	455.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4y4b_full_validation.pdf.gz	455.9 KB	表示
XML形式データ	4y4b_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	4y4b_validation.cif.gz	24.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/4y4b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/4y4b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y35C 4y36C 4y37C 4y39C 4y3eC 4y3fC 4y3gC 4y3mC 4y3nC 4y3pC 4y3qC 4y3rC 4y3sC 4y3wC 4y3xC 4y3zC 4y41C 4y43C 4y44C 4y45C 4y47C 4y4aC 4y4eC 4y4tC 4y4uC 4y4wC 4y4xC 4y4zC 4y50C 4y51C 4y53C 4y54C 4y56C 4y57C 4y5lC 4y5mC 4y5nC 4y5pC 4yckC 4yctC 4ycyC 4yd3C 4yd4C 4yd5C 4yd6C 4yd7C 5dpzC 5dq1C 5dq2C 5dq4C 5dq5C 5dr0C 5dr1C 5dr3C 5dr4C 5dr7C 5dr8C 5hcoC 5is4C 5isjC 5iskC 5j25C 3pcwS 3pb5 3pbd 3pbz 3pgi 3pi0 3pld 3pll 3pm4 3pmu 3pmy S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4y51-d 5rcq-d 5p6w-d 5p1p-d 5r2c-d 5qb9-d 5p6u-d 4y4u-d 5p7u-d 5rd2-d 5p0i-d 5p4x-d 4y37-d 5r1u-d 5p48-d 5p73-d 4y3e-d 3pld-d 5r3a-d 5r3s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.364, 73.209, 52.873
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.45, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 5種, 296分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-47H / 6,6,8-trimethyl-5,6-dihydro[1,3]dioxolo[4,5-g]quinoline / 6,6,8-トリメチル-5,6-ジヒドロ-1,3-ジオキソロ[4,5-g]キノリン分子量: 217.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₅NO₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.7 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000, crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.895 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.895 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.108→42.775 Å / Num. obs: 125728 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / R_sym value: 0.048 / Net I/σ(I): 14.32
反射シェル	解像度: 1.11→1.18 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 86.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1492	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 3PCW

3pcw

解像度: 1.108→28.159 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 12.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1421	6283	5 %	Random selection
R_work	0.1236	-	-	-
obs	0.1245	125685	97.49 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.108→28.159 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2366	0	47	290	2703

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2567
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.209	3527
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.445	847
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	412
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	467

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1079-1.1205	0.258	147	0.2257	2782	X-RAY DIFFRACTION	69
1.1205-1.1337	0.2252	182	0.2063	3469	X-RAY DIFFRACTION	85
1.1337-1.1475	0.2248	190	0.189	3613	X-RAY DIFFRACTION	89
1.1475-1.1621	0.1854	203	0.1769	3854	X-RAY DIFFRACTION	94
1.1621-1.1773	0.1766	209	0.1645	3973	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1773-1.1935	0.159	215	0.1525	4077	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1935-1.2105	0.1754	210	0.1462	3988	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2105-1.2286	0.1642	214	0.1504	4072	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2286-1.2478	0.1611	213	0.1423	4040	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2478-1.2683	0.1537	214	0.1346	4064	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2683-1.2901	0.1594	211	0.1293	4013	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2901-1.3136	0.1407	213	0.1224	4041	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3136-1.3388	0.1547	212	0.1155	4061	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3388-1.3662	0.1347	216	0.1118	4096	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3662-1.3959	0.1275	212	0.1087	4024	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3959-1.4283	0.1372	217	0.107	4127	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4283-1.4641	0.1443	213	0.1007	4047	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4641-1.5036	0.1309	213	0.0978	4057	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5036-1.5479	0.1206	215	0.0958	4068	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5479-1.5978	0.115	213	0.0956	4065	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5978-1.655	0.1087	214	0.0964	4065	X-RAY DIFFRACTION	100
1.655-1.7212	0.1175	216	0.0963	4090	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7212-1.7995	0.1153	214	0.1017	4072	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7995-1.8944	0.114	217	0.1036	4115	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8944-2.013	0.126	214	0.1009	4068	X-RAY DIFFRACTION	100
2.013-2.1684	0.1015	215	0.1005	4084	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1684-2.3865	0.1215	217	0.1138	4126	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3865-2.7316	0.1448	214	0.1223	4075	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7316-3.4406	0.1595	217	0.1315	4114	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4406-28.1686	0.1687	213	0.1548	4062	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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