PDB-4y42: Cyanase (CynS) from Serratia proteamaculans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y42

タイトル

Cyanase (CynS) from Serratia proteamaculans

要素

Cyanate hydratase

キーワード

LYASE / CynS / cyanase

機能・相同性

機能・相同性情報

: / cyanase / cyanate hydratase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia proteamaculans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Butryn, A. / Hopfner, K.-P.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Serendipitous crystallization and structure determination of cyanase (CynS) from Serratia proteamaculans
著者: Butryn, A. / Stoehr, G. / Linke-Winnebeck, C. / Hopfner, K.-P.

履歴

登録	2015年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y42.cif.gz	326.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y42.ent.gz	266.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y42.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4y42_validation.pdf.gz	468.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4y42_full_validation.pdf.gz	472.6 KB	表示
XML形式データ	4y42_validation.xml.gz	67.6 KB	表示
CIF形式データ	4y42_validation.cif.gz	98.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/4y42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/4y42	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dw9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6tv0-d 2iu7-d 2ivb-d 2iuo-d 1dw9-d 1dwk-d 2iv1-d 6b6m-1 2ivg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cyanate hydratase

B: Cyanate hydratase

C: Cyanate hydratase

D: Cyanate hydratase

E: Cyanate hydratase

F: Cyanate hydratase

G: Cyanate hydratase

H: Cyanate hydratase

I: Cyanate hydratase

J: Cyanate hydratase

ヘテロ分子

172 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.549, 82.456, 87.985
Angle α, β, γ (deg.)	98.56, 117.38, 110.46
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Cyanate hydratase / Cyanase / Cyanate hydrolase / Cyanate lyase 分子量: 17172.783 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Serratia proteamaculans (バクテリア) / 株: 568 / 参照: UniProt: A8GBZ7, cyanase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.33 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 2% (v/v) 2-propanol, 0.1 M sodium acetate, 18% (w/v) PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 98524 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11.38
反射シェル	解像度: 2.09→2.22 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 86.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DW9

1dw9

解像度: 2.09→47.048 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1997	4926	5 %	random
R_work	0.1499	-	-	-
obs	0.1524	98486	92.79 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→47.048 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11867	0	24	1414	13305

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	12252
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.098	16683
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.133	4575
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	1972
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2152

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0897-2.1134	0.3277	104	0.2451	1972	X-RAY DIFFRACTION	58
2.1134-2.1383	0.2828	166	0.2274	3150	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1383-2.1644	0.3025	166	0.2124	3166	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1644-2.1918	0.2754	168	0.2004	3198	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1918-2.2206	0.232	167	0.189	3173	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2206-2.251	0.2593	167	0.183	3153	X-RAY DIFFRACTION	95
2.251-2.2832	0.2184	169	0.1835	3217	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2832-2.3173	0.2254	168	0.1678	3191	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3173-2.3535	0.243	169	0.1724	3213	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3535-2.3921	0.234	166	0.179	3161	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3921-2.4333	0.2535	169	0.1765	3205	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4333-2.4776	0.2354	169	0.1722	3201	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4776-2.5252	0.2554	168	0.1722	3195	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5252-2.5767	0.2125	169	0.1675	3216	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5767-2.6328	0.23	166	0.1623	3148	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6328-2.694	0.2629	169	0.1663	3212	X-RAY DIFFRACTION	95
2.694-2.7614	0.2429	169	0.166	3213	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7614-2.836	0.2313	165	0.1648	3138	X-RAY DIFFRACTION	94
2.836-2.9195	0.232	166	0.1603	3155	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9195-3.0137	0.2094	168	0.1521	3188	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0137-3.1214	0.1707	164	0.1395	3116	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1214-3.2463	0.177	165	0.131	3142	X-RAY DIFFRACTION	93
3.2463-3.394	0.1775	166	0.134	3153	X-RAY DIFFRACTION	93
3.394-3.5729	0.1822	164	0.1384	3103	X-RAY DIFFRACTION	93
3.5729-3.7967	0.1804	161	0.1327	3077	X-RAY DIFFRACTION	92
3.7967-4.0897	0.1692	164	0.1249	3105	X-RAY DIFFRACTION	92
4.0897-4.5009	0.151	161	0.118	3053	X-RAY DIFFRACTION	91
4.5009-5.1515	0.1677	164	0.1195	3123	X-RAY DIFFRACTION	92
5.1515-6.4877	0.186	164	0.1573	3113	X-RAY DIFFRACTION	93
6.4877-47.0599	0.1564	165	0.1363	3110	X-RAY DIFFRACTION	93

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)