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- PDB-6b6m: Cyanase from Serratia proteamaculans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b6m
タイトルCyanase from Serratia proteamaculans
要素Cyanate hydratase
キーワードLYASE / Cyanase
機能・相同性
機能・相同性情報


cyanate metabolic process / cyanase / cyanate hydratase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Cyanate hydratase, N-terminal / Cyanate lyase, C-terminal / Cyanate hydratase / Cyanate lyase, C-terminal domain superfamily / Cyanate lyase C-terminal domain / Cyanate lyase C-terminal domain, Cyanate hydratase / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Serratia proteamaculans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Xu, Y.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / : 2018
タイトル: SIMBAD: a sequence-independent molecular-replacement pipeline.
著者: Simpkin, A.J. / Simkovic, F. / Thomas, J.M.H. / Savko, M. / Lebedev, A. / Uski, V. / Ballard, C. / Wojdyr, M. / Wu, R. / Sanishvili, R. / Xu, Y. / Lisa, M.N. / Buschiazzo, A. / Shepard, W. / ...著者: Simpkin, A.J. / Simkovic, F. / Thomas, J.M.H. / Savko, M. / Lebedev, A. / Uski, V. / Ballard, C. / Wojdyr, M. / Wu, R. / Sanishvili, R. / Xu, Y. / Lisa, M.N. / Buschiazzo, A. / Shepard, W. / Rigden, D.J. / Keegan, R.M.
履歴
登録2017年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyanate hydratase
B: Cyanate hydratase
C: Cyanate hydratase
D: Cyanate hydratase
E: Cyanate hydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,8645
ポリマ-85,8645
非ポリマー00
8,953497
1
A: Cyanate hydratase
B: Cyanate hydratase
C: Cyanate hydratase
D: Cyanate hydratase
E: Cyanate hydratase

A: Cyanate hydratase
B: Cyanate hydratase
C: Cyanate hydratase
D: Cyanate hydratase
E: Cyanate hydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,72810
ポリマ-171,72810
非ポリマー00
18010
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area60510 Å2
ΔGint-387 kcal/mol
Surface area50600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.560, 94.130, 89.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.49, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-292-

HOH

21E-292-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Cyanate hydratase / Cyanase / Cyanate hydrolase / Cyanate lyase


分子量: 17172.783 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Serratia proteamaculans (strain 568) (バクテリア)
: 568 / 遺伝子: cynS, Spro_1533 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8GBZ7, cyanase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M magnesium acetate 10%PEG10000 0.1M MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95374 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95374 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→43.533 Å / Num. obs: 69947 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4 % / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 10.26
反射 シェル解像度: 1.91→2 Å / 冗長度: 3.1 % / Num. unique obs: 8089 / Rrim(I) all: 0.833 / % possible all: 88.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.91→43.533 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2019 3547 5.07 %
Rwork0.16 --
obs0.1621 69940 98.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→43.533 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5982 0 0 497 6479
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076158
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8148389
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.8265224
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05996
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061081
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.91-1.93620.32621100.2861916X-RAY DIFFRACTION71
1.9362-1.96390.29321200.24832546X-RAY DIFFRACTION94
1.9639-1.99320.2541400.21222620X-RAY DIFFRACTION98
1.9932-2.02430.24661200.20272724X-RAY DIFFRACTION100
2.0243-2.05750.2381510.19682661X-RAY DIFFRACTION100
2.0575-2.0930.26341290.19152695X-RAY DIFFRACTION100
2.093-2.1310.25121590.18712666X-RAY DIFFRACTION100
2.131-2.1720.24051380.1772696X-RAY DIFFRACTION100
2.172-2.21640.22121480.17682649X-RAY DIFFRACTION100
2.2164-2.26460.22681580.17772700X-RAY DIFFRACTION100
2.2646-2.31720.21971590.16292690X-RAY DIFFRACTION100
2.3172-2.37520.23621420.16312699X-RAY DIFFRACTION100
2.3752-2.43940.20891540.16432666X-RAY DIFFRACTION100
2.4394-2.51120.21661580.16342664X-RAY DIFFRACTION100
2.5112-2.59220.20791540.16692690X-RAY DIFFRACTION100
2.5922-2.68480.20031440.16042673X-RAY DIFFRACTION100
2.6848-2.79230.20551370.16522707X-RAY DIFFRACTION100
2.7923-2.91940.18981180.1542708X-RAY DIFFRACTION100
2.9194-3.07330.17171400.15932720X-RAY DIFFRACTION100
3.0733-3.26570.20951520.152684X-RAY DIFFRACTION100
3.2657-3.51780.19621380.15212697X-RAY DIFFRACTION100
3.5178-3.87160.18781420.1472696X-RAY DIFFRACTION100
3.8716-4.43140.16651470.12732724X-RAY DIFFRACTION100
4.4314-5.58120.16841560.12782721X-RAY DIFFRACTION100
5.5812-43.54450.15611330.14832781X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4719-1.48230.26392.0329-0.43891.4437-0.0771-0.1986-0.02760.22180.04210.13080.0381-0.09380.06520.1876-0.0073-0.00450.2239-0.07490.1531-4.1414-4.602823.0289
20.7163-0.00530.39592.66350.4362.885-0.0164-0.14310.48090.2188-0.0417-0.0745-0.13060.1526-0.00590.1677-0.0103-0.01020.1519-0.09420.24810.65023.816219.0666
34.82233.12462.94783.7402-0.06644.26730.2564-0.63820.60970.4429-0.34750.3173-0.34190.4224-0.0530.32980.0251-0.05680.3462-0.21610.2929-0.67144.760729.5206
47.4027-0.0091-3.23763.1784-0.06842.8734-0.0591-0.6325-0.35480.2596-0.1166-0.1283-0.035-0.25120.1520.28320.0348-0.05110.3759-0.09270.22351.4141-3.577331.2801
51.57170.28651.18710.22510.06081.15990.0062-0.0670.13540.0063-0.03860.0340.1037-0.04870.04160.17580.0115-0.00360.1295-0.0170.1523-0.4295-9.989910.748
61.46120.4854-0.2470.6062-0.16221.4949-0.07560.06210.11610.0097-0.0313-0.0739-0.14590.06380.11640.14830.0075-0.02820.13180.02320.19013.7536-1.1567-4.2598
77.7595-3.44410.93151.5657-0.36080.1982-0.0052-0.28510.57480.0459-0.0076-0.1358-0.158-0.05240.07680.3022-0.0186-0.08640.1753-0.04480.3722-3.12239.41895.7066
82.4512-2.60151.03663.0359-0.43882.17210.1340.13380.5181-0.3498-0.16530.2229-0.4356-0.19690.02160.28090.0388-0.0760.1734-0.04080.3138-8.170410.085-0.4837
97.3681-4.8961-1.03965.07730.13771.3017-0.1628-0.06340.18920.18730.3737-0.80360.26680.2754-0.1620.2323-0.0489-0.03060.2318-0.02570.323321.59930.9904-2.3801
102.5614-0.0665-0.96944.2263-2.29164.5032-0.1404-0.21070.0471-0.2749-0.20510.0194-0.3799-0.07880.28410.22180.0216-0.02510.22960.09380.198412.567-5.6313-15.8274
116.4985-1.88761.86544.1832-1.75721.5340.10350.447-0.267-0.264-0.02370.12890.2297-0.1378-0.06190.2207-0.02980.04870.20050.01480.151723.0854-19.0702-19.1417
121.1074-0.5662-1.72327.34382.39713.5276-0-0.0085-0.13130.5733-0.1145-0.67170.1490.22960.05930.08910.03710.07650.20450.00450.281535.3635-18.5596-14.6747
132.21780.84760.23581.4506-0.40861.9142-0.21810.0540.1944-0.27370.0762-0.32730.00910.05240.11210.1386-0.02580.04080.14310.01980.223828.4774-9.8412-10.3747
142.78480.23271.10625.9021-0.36744.0488-0.25450.250.2181-0.62830.1947-0.4316-0.18680.61430.07550.2678-0.02990.08730.29760.13080.295132.2254-7.9448-20.4807
150.93920.06440.23091.6558-0.5090.7673-0.02880.24640.1134-0.259-0.0267-0.03280.02470.04810.0460.16250.00340.0050.2010.04720.160219.3158-13.0652-14.3955
160.58840.0534-0.05481.17210.40941.2133-0.0457-0.04570.07270.1002-0.0263-0.0672-0.01090.02870.08380.13840.0097-0.01540.14970.00310.14718.8187-14.875510.8349
176.0094-6.30950.38988.0491-0.37020.4686-0.0381-0.05150.4686-0.3305-0.0034-0.851-0.16110.24510.05670.2041-0.04510.00050.23880.01190.307932.962-15.24632.9585
189.0998-7.11250.37086.6273-0.39662.24620.1569-0.1551-0.0042-0.1573-0.0617-0.83270.25290.3758-0.18890.149-0.0021-0.03910.2521-0.0040.208834.1829-21.30818.0552
197.3062-1.8192-0.55362.46130.26992.4030.2234-0.21880.84590.1994-0.1417-0.026-0.4036-0.5023-0.02390.21340.0391-0.00540.2198-0.05290.284714.71622.611112.9871
200.76560.21570.32832.3741-0.46572.5855-0.1073-0.1369-0.0129-0.1592-0.248-0.29380.10150.27940.43650.20630.02050.04190.22390.05610.243411.648-34.909123.0183
212.58541.9120.95237.20031.28811.5705-0.0138-0.11040.18660.426-0.11750.6858-0.0178-0.14580.14540.2050.03130.01230.2373-0.01470.12859.157-18.281128.9441
225.2398-3.5263-0.4896.52222.094.93620.15330.08590.06680.2856-0.0076-0.3516-0.18640.2061-0.13070.207-0.0104-0.03310.2029-0.03030.14920.6862-11.566829.8172
232.8813-0.8075-0.00372.4757-0.91482.65930.0447-0.341-0.00130.19240.0112-0.28330.08810.1299-0.00170.17290.0258-0.02730.1926-0.01510.142222.3529-21.577224.9497
244.6437-1.8508-0.07563.9748-1.74552.6861-0.2774-0.99930.18181.07050.3878-0.29360.3461-0.0085-0.01560.40350.0519-0.11910.4016-0.03470.167320.9412-22.651135.7888
255.8163-1.1316-1.65393.133.93884.9797-0.0386-0.7628-0.47841.029-0.12930.1751-0.0664-0.32790.04830.42760.03570.0240.32630.06870.134113.8379-27.478334.8929
260.1514-0.3262-0.09861.6307-0.69760.9115-0.0872-0.26990.09290.04280.22090.10550.0112-0.2476-0.1470.1293-0.016-0.02430.1492-0.00620.156710.761-22.358314.0467
271.2277-0.5187-0.33540.71920.35121.10980.02280.1046-0.0151-0.0862-0.0727-0.0921-0.05780.00220.0570.1333-0.02140.01080.12670.0150.174623.1402-19.43431.4012
280.12440.34380.21242.46461.57811.00010.018-0.1788-0.13120.37450.1635-0.72320.04020.1024-0.14030.18230.0107-0.03660.21880.00950.225828.389-12.554314.9196
291.906-0.85150.0952.04441.65781.7861-0.21260.05340.24790.3420.3136-0.4182-0.10930.1835-0.01290.1442-0.0188-0.01690.18270.00680.226328.2672-6.019410.2355
303.74492.19260.43867.49023.13753.4210.18420.3929-0.43530.24890.3448-0.31680.5361-0.1337-0.53620.20370.0234-0.04480.20740.00040.261331.3734-35.5140.4356
314.24362.1566-0.72925.0257-1.47455.2869-0.08530.0123-0.42440.2435-0.1390.13430.0419-0.32830.27560.1541-0.00230.03530.28060.02730.2529-9.9266-43.970616.5329
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354.572-0.69881.22753.3210.28323.3548-0.0045-0.547-0.29840.509-0.10130.24740.0925-0.09260.12010.2657-0.02330.03340.3370.14080.2219-1.0493-49.677730.0887
360.6265-0.04810.29050.20660.21110.6107-0.0651-0.1359-0.08130.15020.0339-0.0964-0.079-0.1487-0.00950.16540.0292-0.00310.16230.03750.15971.938-38.880612.8748
370.7206-0.02490.32441.10150.65471.7369-0.00980.1004-0.1394-0.0940.0168-0.0766-0.02120.0283-0.01560.1240.00620.01630.1355-0.00460.17212.6055-44.3705-1.5948
385.48233.5534.62792.30613.0013.85440.2391-0.2402-0.00820.2261-0.1499-0.0670.438-0.0005-0.0980.24910.00650.01160.15410.07140.239117.9778-50.45912.0523
394.34853.15014.99454.16552.93575.99760.2889-0.0472-0.50280.2134-0.0392-0.56460.2120.1932-0.1660.14720.040.01120.12250.00740.29225.0972-47.14219.4237
408.6457-1.57355.05630.546-0.77663.48580.43010.2343-0.5082-0.38980.00870.07420.3171-0.3128-0.35210.2754-0.0111-0.03110.1797-0.07350.26361.025-56.4968-8.1654
411.4320.95890.30874.90140.42131.2765-0.01390.2868-0.0078-0.2209-0.03930.09460.00860.0230.03780.1781-0.0060.0390.2642-0.01830.1519.419-38.8816-18.5712
423.3654-0.0852-0.25571.9952-0.85451.57910.03750.1204-0.29960.0425-0.0155-0.11160.07690.00790.00070.11780.01220.02840.1633-0.0570.17525.6458-43.4069-11.296
431.50960.82550.9173.65660.72932.8245-0.18070.4709-0.2174-0.35260.1419-0.2942-0.00240.24280.09130.23830.00620.11320.2996-0.04620.234829.3459-38.934-21.7056
440.98090.02960.01150.30220.29730.73130.0189-0.0066-0.11610.0171-0.02380.00390.0542-0.12140.02830.12320.01350.00470.08780.00770.15510.925-39.86473.1904
450.7559-0.06410.11691.74090.56340.8390.01920.1234-0.1777-0.0789-0.0612-0.0709-0.04780.07310.09760.15120.04630.02530.2270.02350.250221.4617-45.60654.9071
467.35154.88663.48163.67843.40134.54690.1267-0.0866-0.82830.16940.0854-0.35420.5415-0.0014-0.13910.25490.05760.00270.19950.02150.362413.6893-56.77862.2763
470.8289-0.6743-0.49713.79353.87954.007-0.1533-0.33160.1134-0.20830.41-0.6067-0.47970.1886-0.2240.23490.0346-0.0110.2225-0.01560.265227.3327-32.786216.683
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 32 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 54 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 55 through 65 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 66 through 76 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 77 through 91 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 92 through 125 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 126 through 134 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 135 through 148 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 149 through 156 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 2 through 8 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 9 through 24 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 25 through 33 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 34 through 54 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 55 through 65 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 66 through 91 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 92 through 125 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 126 through 134 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 135 through 148 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 149 through 156 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 2 through 8 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 9 through 25 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 26 through 33 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 34 through 54 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 55 through 65 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 66 through 76 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 77 through 91 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 92 through 125 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 126 through 134 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 135 through 148 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 149 through 156 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 2 through 8 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 9 through 25 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 26 through 33 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 34 through 54 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 55 through 75 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 76 through 91 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'D' and (resid 92 through 125 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'D' and (resid 126 through 134 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'D' and (resid 135 through 148 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'D' and (resid 149 through 156 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'E' and (resid 2 through 32 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'E' and (resid 33 through 54 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'E' and (resid 55 through 76 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'E' and (resid 77 through 115 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'E' and (resid 116 through 134 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'E' and (resid 135 through 148 )
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'E' and (resid 149 through 156 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る