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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6tv0 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Serratia spp. cyanase hydratase | ||||||
Components | Cyanate hydratase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Enzyme / Lyase | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | Serratia sp. (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.96 Å | ||||||
Authors | Pederzoli, R. / Tarantino, D. / Gourlay, L.J. / Chaves-Sanjuan, A. / Bolognesi, M. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2020Title: Detecting the nature and solving the crystal structure of a contaminant protein from an opportunistic pathogen. Authors: Pederzoli, R. / Tarantino, D. / Gourlay, L.J. / Chaves-Sanjuan, A. / Bolognesi, M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6tv0.cif.gz | 706.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6tv0.ent.gz | 521 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6tv0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6tv0_validation.pdf.gz | 13 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6tv0_full_validation.pdf.gz | 13 MB | Display | |
| Data in XML | 6tv0_validation.xml.gz | 65.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 6tv0_validation.cif.gz | 90.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/6tv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/6tv0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4y42S S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 16931.391 Da / Num. of mol.: 10 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Serratia sp. (bacteria)References: UniProt: A0A4Q8D4S5, UniProt: A0A7G2JL56*PLUS, cyanase #2: Chemical | ChemComp-OXD / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.43 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 15% (w/v) polyethylene glycol 6000, 5% (v/v) glycerol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jul 25, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.95→71.64 Å / Num. obs: 91837 / % possible obs: 72.3 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 27.26 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rpim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 5.6 |
| Reflection shell | Resolution: 1.95→2.17 Å / Redundancy: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4590 / CC1/2: 0.614 / Rpim(I) all: 0.56 / % possible all: 14 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4Y42 Resolution: 1.96→71.64 Å / SU ML: 0.2252 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 24.6443
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 38.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.96→71.64 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Serratia sp. (bacteria)
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