PDB-4xvt: Crystal structure of HIV-1 93TH057 coreE gp120 with antibody 45-V...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xvt

タイトル

Crystal structure of HIV-1 93TH057 coreE gp120 with antibody 45-VRC01.H01+07.O-863513/45-VRC01.L01+07.O-110653 (VRC07_1995)

要素

45-VRC01.H01+07.O-863513/45-VRC01.L01+07.O-110653 (VRC07_1995) Light chain
ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 OF HIV-1 CLADE A/E
donor 45 45-VRC01.H01+07.O-863513/45-VRC01.L01+07.O-110653 (VRC07_1995) Heavy chain

キーワード

Viral protein/Immune System / HIV-1 antibodyomics neutralizing antibody germline binding / Viral protein-Immune System complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Joyce, M.G. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Maturation and Diversity of the VRC01-Antibody Lineage over 15 Years of Chronic HIV-1 Infection.
著者: Wu, X. / Zhang, Z. / Schramm, C.A. / Joyce, M.G. / Do Kwon, Y. / Zhou, T. / Sheng, Z. / Zhang, B. / O'Dell, S. / McKee, K. / Georgiev, I.S. / Chuang, G.Y. / Longo, N.S. / Lynch, R.M. / ...

履歴

登録	2015年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_src_gen / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xvt.cif.gz	350.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xvt.ent.gz	285.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xvt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/4xvt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/4xvt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4s1qC 4s1rC 4s1sC 4xmpC 4xnyC 4xnzC 4xvsC 3ngbS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5te6-d 5f9w-1 5f9w-2 4jdt-d 3u7y-d 3se8-d 4s1r-d 4ydl-2 4s1q-d 4xnz-3 4jkp-d 4om0-d 5te4-d 4olw-d 4lst-d 4xnz-2 5cd5-d 4j6r-d 4olz-d 6p8m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (6) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (6) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (6)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (6)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (6)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (6)

登録構造単位

G: ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 OF HIV-1 CLADE A/E

H: donor 45 45-VRC01.H01+07.O-863513/45-VRC01.L01+07.O-110653 (VRC07_1995) Heavy chain

L: 45-VRC01.H01+07.O-863513/45-VRC01.L01+07.O-110653 (VRC07_1995) Light chain

ヘテロ分子

89.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.647, 67.841, 199.219
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

ENVELOPE GLYCOPROTEIN GP120 OF HIV-1 CLADE A/E

分子量: 39211.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q0ED31*PLUS

#2: 抗体

donor 45 45-VRC01.H01+07.O-863513/45-VRC01.L01+07.O-110653 (VRC07_1995) Heavy chain

分子量: 24737.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#3: 抗体

45-VRC01.H01+07.O-863513/45-VRC01.L01+07.O-110653 (VRC07_1995) Light chain

分子量: 23159.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 625 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.95 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Na Cacodylate pH 6.5, 12% PEG 8000, 0.16 M NaAcetate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→34.11 Å / Num. obs: 97827 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / B_iso Wilson estimate: 35.97 Å² / R_merge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3NGB

3ngb

解像度: 1.69→34.106 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2223	4882	4.99 %	RANDOM
R_work	0.1811	-	-	-
obs	0.1831	97823	98.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.69→34.106 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6015	0	154	625	6794

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	6354
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.823	8632
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.364	2306
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.096	985
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1108

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6903-1.7095	0.3035	106	0.3046	2201	X-RAY DIFFRACTION	70
1.7095-1.7296	0.3981	159	0.2914	3043	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7296-1.7507	0.3211	165	0.2699	3109	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7507-1.7728	0.2894	156	0.2667	3077	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7728-1.7962	0.2978	167	0.2569	3103	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7962-1.8208	0.2953	166	0.2477	3049	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8208-1.8468	0.2927	171	0.2446	3121	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8468-1.8743	0.2992	157	0.2429	3094	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8743-1.9036	0.2626	168	0.23	3105	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9036-1.9348	0.3025	159	0.2205	3061	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9348-1.9682	0.2727	144	0.2059	3133	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9682-2.004	0.2657	171	0.206	3115	X-RAY DIFFRACTION	100
2.004-2.0425	0.2518	143	0.2104	3122	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0425-2.0842	0.2612	160	0.2073	3122	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0842-2.1295	0.2495	148	0.2011	3113	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1295-2.1791	0.2425	153	0.1917	3150	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1791-2.2335	0.2556	183	0.1927	3074	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2335-2.2939	0.2206	156	0.1944	3112	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2939-2.3614	0.2727	184	0.194	3094	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3614-2.4376	0.245	173	0.1973	3127	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4376-2.5247	0.2633	169	0.2005	3134	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5247-2.6257	0.243	170	0.1981	3120	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6257-2.7452	0.2462	178	0.1948	3117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7452-2.8899	0.2823	172	0.1927	3130	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8899-3.0708	0.2118	156	0.1877	3187	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0708-3.3077	0.2118	163	0.179	3147	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3077-3.6403	0.1992	188	0.1631	3171	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6403-4.1662	0.1843	185	0.1523	3183	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1662-5.2459	0.161	144	0.1387	3281	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2459-34.1126	0.2115	168	0.1808	3346	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -36.6069 Å / Origin y: -12.8401 Å / Origin z: -22.9555 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2196 Å²	0.0118 Å²	-0.0146 Å²	-	0.2257 Å²	0.0079 Å²	-	-	0.2524 Å²
L	0.3604 °²	0.2561 °²	0.4312 °²	-	0.8686 °²	0.956 °²	-	-	1.4675 °²
S	-0.0333 Å °	-0.0118 Å °	0.0304 Å °	-0.0517 Å °	-0.0982 Å °	0.1103 Å °	-0.0877 Å °	-0.1206 Å °	0.1196 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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