PDB-4xra: Salmonella typhimurium AhpC T43S mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xra

タイトル

Salmonella typhimurium AhpC T43S mutant

要素

Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

キーワード

OXIDOREDUCTASE / peroxiredoxin / FF / PrxI / conformation

機能・相同性

機能・相同性情報

NADH-dependent peroxiredoxin / NADH-dependent peroxiredoxin activity / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Perkins, A. / Brereton, A.E. / Nelson, K. / Parsonage, D. / Poole, L. / Karplus, P.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Antioxid.Redox Signal. / 年: 2018
タイトル: Experimentally Dissecting the Origins of Peroxiredoxin Catalysis.
著者: Nelson, K.J. / Perkins, A. / Van Swearingen, A.E.D. / Hartman, S. / Brereton, A.E. / Parsonage, D. / Salsbury Jr., F.R. / Karplus, P.A. / Poole, L.B.

履歴

登録	2015年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年8月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xra.cif.gz	561.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xra.ent.gz	475.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xra.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/4xra ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/4xra	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xrdC 4xs1C 4xs4C 4xs6C 4xtsC 5ukaC 4ma9S 1yep S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mab-1 1n8j-2 4ma9-1 4xs4-1 2i81-1 1n8j-1 4llr-d 1yep-1 2h66-d 1e2y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

ヘテロ分子

104 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

ヘテロ分子

A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
207 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.069, 171.920, 135.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-204- K
2	1	A-325- HOH
3	1	E-328- HOH

#1: タンパク質	Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / Alkyl hydroperoxide reductase protein C22 / Peroxiredoxin / Thioredoxin peroxidase 分子量: 20627.162 Da / 分子数: 5 / 変異: T43S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A251, peroxiredoxin
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 790 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.66 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 1.2 M ammonium sulfate, 24% glycerol, 0.1 M Tris pH 7.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→36.7 Å / Num. obs: 148354 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 11.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MA9

4ma9

解像度: 1.75→36.277 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.17 / 位相誤差: 23.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2	14367	4.98 %
R_work	0.1706	-	-
obs	0.172	288581	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→36.277 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7135	0	17	790	7942

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	7524
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.197	10242
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.826	2731
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1115
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1353

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.7699	0.3595	480	0.3675	9150	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7699-1.7907	0.3717	489	0.359	9131	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7907-1.8125	0.3595	459	0.3473	9200	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8125-1.8355	0.3607	468	0.3336	9125	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8355-1.8596	0.349	500	0.3299	9097	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8596-1.8851	0.3242	496	0.3126	9145	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8851-1.912	0.2985	468	0.3209	9177	X-RAY DIFFRACTION	100
1.912-1.9406	0.3771	537	0.3386	9070	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9406-1.9709	0.2978	449	0.2813	9132	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9709-2.0032	0.2647	532	0.2565	9122	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0032-2.0378	0.2645	443	0.2395	9149	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0378-2.0748	0.2401	506	0.2378	9165	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0748-2.1147	0.2232	459	0.2121	9099	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1147-2.1579	0.2323	453	0.2032	9190	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1579-2.2048	0.2326	444	0.1905	9206	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2048-2.2561	0.2697	498	0.2396	9102	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2561-2.3125	0.227	453	0.1873	9198	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3125-2.375	0.1994	445	0.1608	9188	X-RAY DIFFRACTION	100
2.375-2.4449	0.1935	501	0.1664	9075	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4449-2.5238	0.2052	510	0.16	9093	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5238-2.6139	0.2041	512	0.1584	9165	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6139-2.7186	0.1826	462	0.1573	9122	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7186-2.8422	0.1957	521	0.1587	9099	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8422-2.992	0.2143	486	0.1582	9128	X-RAY DIFFRACTION	100
2.992-3.1794	0.188	499	0.1543	9110	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1794-3.4247	0.1915	472	0.1516	9163	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4247-3.769	0.1557	391	0.1345	9223	X-RAY DIFFRACTION	100
3.769-4.3136	0.1412	516	0.1237	9081	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3136-5.4318	0.148	424	0.1211	9194	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4318-36.2846	0.1751	494	0.151	9115	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5462	0.4177	-0.0198	1.6957	-0.866	2.2737	-0.0351	0.0851	0.0209	-0.1536	0.1515	0.2655	-0.0158	-0.3799	-0.1331	0.2043	0.0174	-0.0368	0.2181	0.0078	0.204	-13.7732	10.1995	120.8237
2	2.3167	0.4813	-0.5045	2.2356	-0.1385	1.4722	0.042	0.0469	0.1699	0.0824	-0.0118	0.2743	-0.2263	-0.2373	-0.0533	0.2637	0.0758	-0.0117	0.1988	-0.0345	0.2217	-2.8684	30.891	126.6362
3	2.9162	-0.1806	0.4321	1.0642	-0.2433	1.2721	0.0541	0.6677	0.1462	-0.2161	-0.0086	-0.1684	-0.1791	0.2389	-0.0444	0.3434	-0.0461	0.0291	0.3851	-0.012	0.205	31.1834	32.398	107.8792
4	2.0993	-0.1247	0.2122	2.171	0.1845	1.3251	-0.0191	0.2227	0.1405	-0.1195	0.0068	-0.2853	-0.2223	0.1487	0.0186	0.2914	-0.1195	0.0128	0.2571	-0.0226	0.2671	47.1212	36.0817	123.8248
5	1.6051	-0.3051	-0.105	2.7622	-1.4029	1.6961	0.0067	0.0968	-0.0836	-0.3073	-0.1338	-0.6634	0.287	0.3928	0.1304	0.2784	0.021	0.0771	0.4223	-0.0906	0.4626	68.4153	3.2967	124.6336

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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