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- PDB-4xoa: Crystal structure of a FimH*DsG complex from E.coli K12 in space ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xoa
タイトルCrystal structure of a FimH*DsG complex from E.coli K12 in space group P1
要素
  • FimG
  • Protein FimH
キーワードCELL ADHESION / type I pilus / catch-bond / lectin / UPEC / bacterial adhesin / UTI / mannose / isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
FimH, mannose-binding domain / FimH, mannose binding / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Protein FimG / Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.541 Å
データ登録者Jakob, R.P. / Eras, J. / Glockshuber, R. / Maier, T.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Catch-bond mechanism of the bacterial adhesin FimH.
著者: Sauer, M.M. / Jakob, R.P. / Eras, J. / Baday, S. / Eris, D. / Navarra, G. / Berneche, S. / Ernst, B. / Maier, T. / Glockshuber, R.
履歴
登録2015年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: FimG
H: FimG
A: Protein FimH
D: FimG
C: Protein FimH
F: FimG
E: Protein FimH
G: Protein FimH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,9928
ポリマ－121,9928
非ポリマー00
水3,423190
1
B: FimG
A: Protein FimH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4982
ポリマ－30,4982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13000 Å2
手法PISA
2
H: FimG
G: Protein FimH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4982
ポリマ－30,4982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13160 Å2
手法PISA
3
D: FimG
C: Protein FimH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4982
ポリマ－30,4982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13040 Å2
手法PISA
4
F: FimG
E: Protein FimH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4982
ポリマ－30,4982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.530, 77.624, 78.107
Angle α, β, γ (deg.)101.54, 111.13, 96.29
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
FimG


分子量: 1416.661 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 24-37 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: fimG / プラスミド: pTRC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HM125 / 参照: UniProt: C4ZT07, UniProt: P08190*PLUS
#2: タンパク質
Protein FimH


分子量: 29081.314 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 22-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: fimH, b4320, JW4283 / プラスミド: pTRC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HM125 / 参照: UniProt: P08191
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.2M Na Malonate, 20%PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.541→52.674 Å / Num. obs: 35539 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.541→2.69 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 5844

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1779)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3mcy, 1qun

3mcy

1qun


解像度: 2.541→52.674 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2598 1999 5.62 %Random selection
Rwork0.2398 ---
obs0.2409 35539 90.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.541→52.674 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8558 0 0 190 8748
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048742
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95512002
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5522974
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041558
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5409-2.60440.36341390.32262342X-RAY DIFFRACTION87
2.6044-2.67480.36341490.34792500X-RAY DIFFRACTION95
2.6748-2.75350.34671490.31452489X-RAY DIFFRACTION95
2.7535-2.84240.31861510.29652532X-RAY DIFFRACTION95
2.8424-2.9440.29041500.27452518X-RAY DIFFRACTION96
2.944-3.06180.30831500.28022517X-RAY DIFFRACTION96
3.0618-3.20120.27911500.26792537X-RAY DIFFRACTION96
3.2012-3.36990.29681520.25642544X-RAY DIFFRACTION95
3.3699-3.5810.28721430.26732406X-RAY DIFFRACTION92
3.581-3.85740.2982870.27811448X-RAY DIFFRACTION55
3.8574-4.24550.22961190.20612015X-RAY DIFFRACTION77
4.2455-4.85940.19431550.172579X-RAY DIFFRACTION97
4.8594-6.12090.19561510.16572542X-RAY DIFFRACTION97
6.1209-52.68530.19961540.18392571X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.33030.964-1.38455.9214-3.93155.1537-0.02970.06030.0001-0.1799-0.1081-0.29490.03120.18980.17590.1339-0.08490.11870.68840.06820.39-6.132922.184639.3223
23.955-0.56760.66788.022-4.64924.1983-0.1020.00980.10940.03670.0580.0593-0.1492-0.0647-0.00930.09510.0696-0.13450.56760.17380.3108-20.019215.6736-22.8665
31.74050.5193-1.8581.1888-0.35943.0195-0.21820.2597-0.3184-0.1654-0.0004-0.11750.2238-0.01360.26120.3156-0.0739-0.03370.7560.22430.363210.100533.87357.0835
41.89841.2907-2.29120.8597-1.65423.6912-0.12430.2097-0.0526-0.1089-0.1611-0.1045-0.09890.05480.04590.2684-0.0844-0.02670.84370.23840.360316.084340.62823.9468
50.9104-0.3041-0.39780.936-0.39741.77730.08610.0045-0.006-0.0499-0.083-0.0543-0.01340.0771-0.05450.2447-0.0461-0.02570.79950.16240.28776.870944.98494.1377
60.68430.2483-0.92040.2089-0.34641.5816-0.11820.0153-0.04340.01940.094-0.02520.1261-0.12330.00930.2355-0.0035-0.02770.8010.19320.35073.504538.18737.8816
70.6530.0427-0.05180.7934-0.43491.16670.01260.0712-0.1737-00.00320.0236-0.0459-0.1481-0.01420.22620.0052-0.07890.93990.32070.124-8.565729.617741.6182
83.62310.10220.31372.23853.10617.18310.02910.07890.0444-0.19760.01330.069-0.1347-0.17730.01210.1238-0.08930.02050.57390.10510.4494-28.4846-0.610133.096
92.66820.26671.6473.1891-1.57831.9787-0.29130.17490.4498-0.05270.09740.1253-0.5785-0.22230.19210.47510.0222-0.0481.10520.14380.4864-48.931310.5488-5.7287
100.8259-0.40860.6560.3035-0.37141.2878-0.0915-0.00720.2929-0.0576-0.04890.0812-0.0166-0.2055-0.01010.0923-0.12410.05531.05210.250.2704-43.9119-1.3134-6.2921
110.5007-0.12690.7910.162-0.48531.69850.12760.03930.21710.0790.17010.135-0.39510.18160.04930.19760.0132-0.11931.03050.37650.033-36.9089-0.01426.9237
120.89670.08620.32380.66210.14031.55160.02980.07030.0169-0.0105-0.0156-0.11510.07570.1052-0.01130.18760.00320.00280.66240.1730.2437-24.6494-8.849930.6568
132.3157-0.6374-2.661.48072.65626.6676-0.0001-0.0886-0.04210.14790.04070.03870.2702-0.2012-0.00670.1160.04780.02110.50830.22380.5018-6.8673-40.6824-14.6349
144.3632-0.3176-4.04742.27980.24023.7578-0.3125-0.092-0.4188-0.06940.13890.01430.5613-0.2340.17450.4217-0.11240.04331.05070.12610.5851-27.4024-51.593524.4062
150.63530.0072-0.46590.0906-0.46551.4593-0.0472-0.0507-0.1213-0.03790.05240.09730.1737-0.0827-0.01480.1422-0.03920.0120.87520.2050.3253-18.153-39.178417.1673
160.9698-0.1272-0.32780.42570.27271.320.04450.08-0.1508-0.05380.0649-0.094-0.00060.2353-0.06060.2062-0.0013-0.00060.71680.19780.2917-2.05-33.7123-14.6869
172.6383-1.12941.73942.39431.00192.7431-0.337-0.41430.20580.30820.0311-0.2553-0.49950.26550.35420.4379-0.0466-0.0370.98180.31520.46881.06443.997518.4176
180.5678-0.12440.77750.4985-0.23491.322-0.0145-0.1150.11140.01070.04180.0359-0.06010.1102-0.01610.20380.00050.00140.73140.17360.3483-5.2399-5.67411.6981
190.5893-0.31720.5227-0.0848-0.41421.0826-0.0193-0.1430.0014-0.10960.0468-0.1195-0.10210.09890.06080.1958-0.0411-0.03580.81910.24310.3053-9.687-1.98972.5908
200.8611-0.413-0.29871.3072-0.6491.14880.23770.11850.24590.03830.15620.07110.1947-0.1169-0.12250.1246-0.03450.16520.87190.37520.0476-24.08077.0075-24.9981
211.05880.1543-0.2891.0552-0.67431.5360.17790.07180.2191-0.08160.05690.2072-0.0592-0.1018-0.13490.10740.00250.00260.74220.19890.353-24.841910.3429-22.2429
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1 through 12 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 1 through 14 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1 through 31 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 32 through 53 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 54 through 104 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 105 through 163 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 164 through 279 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 1 through 12 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1 through 17 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 18 through 104 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 105 through 183 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 184 through 279 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid 1 through 12 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 1 through 17 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 18 through 198 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 199 through 279 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'G' and (resid 1 through 17 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'G' and (resid 18 through 84 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'G' and (resid 85 through 198 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'G' and (resid 199 through 258 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'G' and (resid 259 through 279 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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