[日本語] English
万見
- PDB-4xfu: Structure of IL-18 SER Mutant V -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xfu
タイトルStructure of IL-18 SER Mutant V
要素Interleukin-18
キーワードCYTOKINE / Interleukin-18 / IL-18 / surface entropy reduction / immune defense
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-18 receptor binding / Interleukin-18 signaling / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / interleukin-18-mediated signaling pathway / positive regulation of neuroinflammatory response / neutrophil activation / positive regulation of NK T cell proliferation ...interleukin-18 receptor binding / Interleukin-18 signaling / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / interleukin-18-mediated signaling pathway / positive regulation of neuroinflammatory response / neutrophil activation / positive regulation of NK T cell proliferation / negative regulation of myoblast differentiation / Interleukin-1 processing / positive regulation of natural killer cell proliferation / sleep / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / triglyceride homeostasis / natural killer cell activation / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / type 2 immune response / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / T-helper 1 type immune response / natural killer cell mediated cytotoxicity / Interleukin-10 signaling / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of activated T cell proliferation / Pyroptosis / establishment of skin barrier / regulation of cell adhesion / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of chemokine production / cholesterol homeostasis / cytokine activity / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cell-cell signaling / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / angiogenesis / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / inflammatory response / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-18 / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Krumm, B.E. / Meng, X. / Xiang, Y. / Deng, J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI113539 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI079217 米国
Oklahoma State UniversityOKL02848 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Crystallization of interleukin-18 for structure-based inhibitor design.
著者: Krumm, B. / Meng, X. / Xiang, Y. / Deng, J.
履歴
登録2014年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Interleukin-18
B: Interleukin-18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3072
ポリマ－36,3072
非ポリマー00
水00
1
A: Interleukin-18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1541
ポリマ－18,1541
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Interleukin-18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1541
ポリマ－18,1541
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area770 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area15850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.688, 52.032, 123.368
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Interleukin-18 / IL-18 / Iboctadekin / Interferon gamma-inducing factor / IFN-gamma-inducing factor / Interleukin-1 ...IL-18 / Iboctadekin / Interferon gamma-inducing factor / IFN-gamma-inducing factor / Interleukin-1 gamma / IL-1 gamma


分子量: 18153.602 Da / 分子数: 2 / 変異: P57R, K67A, E69A, K70A, I71A, S105R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL18, IGIF, IL1F4 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q14116
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 35% PEG 3350, 0.1M Tris, 0.1M Sodium Acetate / PH範囲: 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 6953 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.7 % / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F62

3f62


解像度: 2.85→33.002 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2868 833 12.67 %
Rwork0.2441 --
obs0.2494 6572 96.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→33.002 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2418 0 0 0 2418
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062464
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1193296
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.01954
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005430
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8501-3.02850.3831140.3126765X-RAY DIFFRACTION80
3.0285-3.26220.3221340.2932960X-RAY DIFFRACTION97
3.2622-3.59010.31191280.2591970X-RAY DIFFRACTION99
3.5901-4.10870.28741500.2422967X-RAY DIFFRACTION100
4.1087-5.17340.24711450.19731019X-RAY DIFFRACTION100
5.1734-33.00470.28091620.25141058X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.1655 Å / Origin y: 0.6498 Å / Origin z: -5.151 Å
111213212223313233
T0.1988 Å2-0.0048 Å2-0.0078 Å2-0.1505 Å20.0306 Å2--0.2484 Å2
L0.9467 °20.0411 °2-0.5235 °2-0.5506 °20.1974 °2--1.9263 °2
S-0.0039 Å °0.0432 Å °0.0086 Å °0.0202 Å °0.0048 Å °-0.0318 Å °-0.1737 Å °-0.0026 Å °0.0002 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る