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- PDB-3f62: Crystal Structure of Human IL-18 in complex with Ectromelia virus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f62
タイトルCrystal Structure of Human IL-18 in complex with Ectromelia virus IL-18 Binding Protein
要素
  • Interleukin 18 binding protein
  • Interleukin-18
キーワードCYTOKINE / immunoglobulin / IL-18 / beta trefoil / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-18 receptor binding / Interleukin-18 signaling / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / interleukin-18-mediated signaling pathway / positive regulation of neuroinflammatory response / neutrophil activation / positive regulation of NK T cell proliferation ...interleukin-18 receptor binding / Interleukin-18 signaling / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / interleukin-18-mediated signaling pathway / positive regulation of neuroinflammatory response / neutrophil activation / positive regulation of NK T cell proliferation / negative regulation of myoblast differentiation / Interleukin-1 processing / positive regulation of natural killer cell proliferation / sleep / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / triglyceride homeostasis / natural killer cell activation / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / type 2 immune response / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / T-helper 1 type immune response / natural killer cell mediated cytotoxicity / Interleukin-10 signaling / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of activated T cell proliferation / Pyroptosis / establishment of skin barrier / regulation of cell adhesion / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of chemokine production / cholesterol homeostasis / cytokine activity / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cell-cell signaling / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / angiogenesis / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / inflammatory response / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Orthopoxvirus interleukin 18 binding / Orthopoxvirus interleukin 18 binding protein / Interleukin-18 / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Immunoglobulin-like fold ...Orthopoxvirus interleukin 18 binding / Orthopoxvirus interleukin 18 binding protein / Interleukin-18 / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-18 / IL-18 binding protein / Interleukin 18 binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ectromelia virus (エクトロメリアウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Krumm, B.E. / Li, Y. / Deng, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: Structural basis for antagonism of human interleukin 18 by poxvirus interleukin 18-binding protein.
著者: Krumm, B. / Meng, X. / Li, Y. / Xiang, Y. / Deng, J.
履歴
登録2008年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin 18 binding protein
B: Interleukin-18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6012
ポリマ－30,6012
非ポリマー00
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.356, 69.210, 104.832
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Interleukin 18 binding protein


分子量: 12368.020 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-126 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ectromelia virus (エクトロメリアウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9IW12, UniProt: Q85319*PLUS
#2: タンパク質 Interleukin-18 / IL-18 / Interferon-gamma-inducing factor / IFN-gamma-inducing factor / Interleukin-1 gamma / IL-1 ...IL-18 / Interferon-gamma-inducing factor / IFN-gamma-inducing factor / Interleukin-1 gamma / IL-1 gamma / Iboctadekin


分子量: 18232.518 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 37-193 / Mutation: C38S, C68S, C76S, C127S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL18, IGIF, IL1F4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14116
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 30% Peg 3350, 0.5M KCl, 0.1M Sodium Citrate, pH 4.5, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6500 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月3日
放射プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 18358 / Num. obs: 17333 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.4 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 12.66
反射 シェル解像度: 2→2.048 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.568 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化解像度: 2→34.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 7.26 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23545 940 5.1 %RANDOM
Rwork0.18856 ---
obs0.19089 17333 97.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.563 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2026 0 0 120 2146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221957
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3771.9442636
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4095248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.20624.05179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.8315327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.655158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021444
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2747
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.21332
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1690.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1280.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8591.51280
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.31621997
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1933769
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3044.5639
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.048 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 67 -
Rwork0.205 1016 -
obs--79.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4928-3.72380.39825.884-0.76721.14220.23420.38920.0883-0.2753-0.2864-0.13730.03290.05570.05220.0865-0.00210.00870.0585-0.00190.012714.842312.1492-8.4164
21.437-1.4729-0.01964.08330.51342.3704-0.0133-0.0825-0.10550.15420.00420.10640.3073-0.06780.0090.0623-0.0170.00270.0539-0.00640.059716.17991.10493.1811
31.9553-0.5042-0.46134.0350.47713.13280.02150.03250.0147-0.0799-0.0621-0.020.05520.02770.04050.0468-0.0126-0.00080.060.00590.068221.456610.57490.5766
42.4664-3.0481-1.73934.87012.27983.02750.06950.1776-0.1489-0.1456-0.08720.12360.1901-0.13650.01770.0885-0.0223-0.00650.0258-0.02570.076714.618-1.7985-2.6749
51.6966-0.6133-1.31361.88611.34283.45040.0561-0.2220.10130.05570.0061-0.0068-0.21110.0505-0.06220.05360.011-0.01610.05990.02990.01238.731513.367227.5442
61.87290.5425-0.29996.15624.43947.2594-0.0171-0.1394-0.0070.1795-0.0351-0.00150.17150.07560.05220.02-0.00160.02930.06570.03530.055711.39215.546218.226
72.5565-0.86120.0872.4570.64162.5651-0.1021-0.142-0.24620.12840.04630.05130.37940.00070.05570.0654-0.00460.02320.03750.04730.04457.44971.440123.0638
82.9815-0.0233-0.64612.6565-0.41392.4903-0.0134-0.17430.0080.01550.10630.199-0.1415-0.1973-0.09290.0121-0.0017-0.00510.0760.03110.0261-2.25912.813820.3299
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2A19 - 57
3X-RAY DIFFRACTION3A58 - 79
4X-RAY DIFFRACTION4A80 - 106
5X-RAY DIFFRACTION5B0 - 46
6X-RAY DIFFRACTION6B47 - 70
7X-RAY DIFFRACTION7B71 - 104
8X-RAY DIFFRACTION8B105 - 155

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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