PDB-4xfb: cysteine dioxygenase variant - C93A at pH 8.0 unliganded

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xfb

タイトル

cysteine dioxygenase variant - C93A at pH 8.0 unliganded

要素

Cysteine dioxygenase type 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cupin Fold / cysteine to cysteine sulfinic acid catalysis / thiol dioxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

L-cysteine metabolic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding / response to amino acid ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Driggers, C.M. / Karplus, P.A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	NIH-DK-056649	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-98CH10886	米国

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure-Based Insights into the Role of the Cys-Tyr Crosslink and Inhibitor Recognition by Mammalian Cysteine Dioxygenase.
著者: Driggers, C.M. / Kean, K.M. / Hirschberger, L.L. / Cooley, R.B. / Stipanuk, M.H. / Karplus, P.A.

履歴

登録	2014年12月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月14日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xfb.cif.gz	104 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xfb.ent.gz	78 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xfb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xfb_validation.pdf.gz	408.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xfb_full_validation.pdf.gz	408.9 KB	表示
XML形式データ	4xfb_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	4xfb_validation.cif.gz	19.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/4xfb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/4xfb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pixC 4piyC 4pizC 4pjyC 4xetC 4xezC 4xf0C 4xf1C 4xf3C 4xf4C 4xf9C 4xfcC 4xffC 4xfgC 4xfhC 4xfiC 5i0rC 5i0sC 5i0tC 5i0uC 4ieuS 4ext 4ieo 4iep 4ieq 4ier 4ies 4iet 4iev 4iew 4iex 4iey 4iez 4jtn 4jto 4kwk 4kwl 4xfa S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4pix-d 4xf3-d 4jto-d 6cdn-d 4ieq-d 4xfh-d 4xfc-d 4z82-d 4iew-d 2gh2-d 4ies-d 4pjy-d 4xf9-d 4xfg-d 5i0s-d 5i0t-d 4xf0-d 4iev-d 4iet-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cysteine dioxygenase type 1

ヘテロ分子

23.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.600, 57.600, 122.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-882- HOH

#1: タンパク質	Cysteine dioxygenase type 1 / Cysteine dioxygenase type I / CDO-I 分子量: 23026.822 Da / 分子数: 1 / 変異: C93A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cdo1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21816, cysteine dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.1M tri-sodium citrate pH=5.6, 24% PEG 4000, 0.15M ammonium acetate. 1:1 drop ratio with microseeding.; Soak solution at pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月13日
放射	モノクロメーター: Si(220) Asymmetric cut single crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→41 Å / Num. all: 45533 / Num. obs: 45445 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 23.3 % / Net I/σ(I): 22.5
反射シェル	解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 9.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 78.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4ieu

4ieu

解像度: 1.35→40.729 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1913	4493	9.89 %	same 5% as 4ieu
R_work	0.161	-	-	-
obs	0.164	45445	97.67 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→40.729 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1505	0	2	333	1840

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	1677
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.302	2284
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.218	633
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	240
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	305

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3459-1.3612	0.3804	114	0.3478	991	X-RAY DIFFRACTION	73
1.3612-1.3772	0.3507	127	0.3164	1114	X-RAY DIFFRACTION	81
1.3772-1.394	0.2939	124	0.2977	1185	X-RAY DIFFRACTION	87
1.394-1.4117	0.3011	145	0.2852	1293	X-RAY DIFFRACTION	92
1.4117-1.4302	0.3023	126	0.246	1319	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4302-1.4498	0.2849	158	0.2441	1340	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4498-1.4705	0.2217	158	0.2194	1384	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4705-1.4925	0.2262	144	0.1985	1367	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4925-1.5158	0.23	166	0.1917	1381	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5158-1.5407	0.2175	149	0.1741	1344	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5407-1.5672	0.2179	170	0.1765	1382	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5672-1.5957	0.2192	155	0.155	1378	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5957-1.6264	0.1579	139	0.1567	1386	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6264-1.6596	0.1798	156	0.1566	1365	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6596-1.6957	0.1955	153	0.1572	1417	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6957-1.7352	0.1762	159	0.1556	1366	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7352-1.7786	0.1865	153	0.1626	1373	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7786-1.8266	0.2114	134	0.1514	1403	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8266-1.8804	0.1742	136	0.15	1408	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8804-1.9411	0.2081	143	0.1548	1417	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9411-2.0105	0.1752	168	0.1523	1368	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0105-2.0909	0.1804	172	0.1522	1379	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0909-2.1861	0.1674	138	0.1426	1423	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1861-2.3014	0.1717	145	0.1418	1433	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3014-2.4455	0.1858	144	0.1496	1403	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4455-2.6343	0.1861	162	0.1564	1426	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6343-2.8993	0.2005	168	0.1591	1417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8993-3.3187	0.1841	159	0.1536	1432	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3187-4.1806	0.1724	159	0.1454	1478	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1806-40.748	0.1681	169	0.148	1580	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -17.156 Å / Origin y: 3.0762 Å / Origin z: -49.5263 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0489 Å²	-0.001 Å²	-0.0022 Å²	-	0.0647 Å²	0.0017 Å²	-	-	0.0603 Å²
L	0.8362 °²	0.4115 °²	-0.1688 °²	-	0.7547 °²	0.0786 °²	-	-	0.7024 °²
S	0.0224 Å °	-0.0242 Å °	-0.0239 Å °	0.0259 Å °	-0.0205 Å °	-0.0073 Å °	0.046 Å °	-0.0248 Å °	0.0406 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: chain 'A' and resid 5 through 190

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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