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- PDB-6cdn: Crystal structure of cysteine-bound ferrous form of the crosslink... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cdn
タイトルCrystal structure of cysteine-bound ferrous form of the crosslinked Cl-Tyr157 human cysteine dioxygenase
要素Cysteine dioxygenase type 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cysteine / Cys-Tyr cofactor / iron / unnatural amino acid
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfur amino acid biosynthetic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / response to azide / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding ...sulfur amino acid biosynthetic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / response to azide / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding / response to amino acid / response to glucocorticoid / response to cAMP / lactation / ferrous iron binding / response to ethanol / inflammatory response / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cysteine dioxygenase type I / Cysteine dioxygenase type I / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYSTEINE / : / Cysteine dioxygenase type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.055 Å
データ登録者Liu, A. / Li, J. / Shin, I.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1623856 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM107529 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM108988 米国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Cleavage of a carbon-fluorine bond by an engineered cysteine dioxygenase.
著者: Li, J. / Griffith, W.P. / Davis, I. / Shin, I. / Wang, J. / Li, F. / Wang, Y. / Wherritt, D.J. / Liu, A.
履歴
登録2018年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine dioxygenase type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6308
ポリマ－22,9801
非ポリマー6497
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, MONOMER
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area9860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.326, 131.326, 34.188
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cysteine dioxygenase type 1 / Cysteine dioxygenase type I / CDO-I


分子量: 22980.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDO1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16878, cysteine dioxygenase

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非ポリマー , 5種, 119分子

#2: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES, 2 M ammonium sulfate, 2% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月10日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 21288 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 31.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.147 / Χ2: 1.088 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 121064
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.05-2.093.30.4369540.9340.2690.5150.94591.9
2.09-2.123.70.34110420.9420.1880.3910.50797.5
2.12-2.164.40.38410520.9170.1980.4340.50299.8
2.16-2.214.90.37610390.910.1860.4210.49499.9
2.21-2.265.30.33910950.9570.1640.3780.68499.9
2.26-2.315.50.31810480.9510.1490.3520.53599.9
2.31-2.375.80.32410590.9560.1480.3580.564100
2.37-2.435.90.29510620.9610.1310.3230.56499.8
2.43-2.55.90.27610600.9610.1230.3030.55599.5
2.5-2.585.60.2310540.9740.1060.2540.65299.6
2.58-2.686.40.20910820.980.0890.2270.77100
2.68-2.786.50.18910630.9770.0810.2060.802100
2.78-2.916.40.16510700.9840.0710.180.81100
2.91-3.066.40.14910780.9870.0650.1630.98599.9
3.06-3.256.10.13510560.9860.0590.1471.38699.4
3.25-3.516.20.12610840.9880.0540.1381.56899.7
3.51-3.866.60.12610810.9830.0530.1371.92699.7
3.86-4.426.50.12210750.990.0510.1322.36899.8
4.42-5.566.10.11410970.9880.0490.1242.21699
5.56-506.10.0911370.9910.040.0991.72898.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2IC1

2ic1


解像度: 2.055→42.987 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1928 1986 9.34 %
Rwork0.1621 --
obs0.1649 21263 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 84.83 Å2 / Biso mean: 37.4611 Å2 / Biso min: 20.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.055→42.987 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1511 0 35 112 1658
Biso mean--55.7 44.85 -
残基数----186
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0551-2.10650.27591340.23271258139292
2.1065-2.16340.25631340.20771350148499
2.1634-2.22710.21651430.196913761519100
2.2271-2.2990.26081440.175313711515100
2.299-2.38110.19311420.177713651507100
2.3811-2.47650.20861430.168513821525100
2.4765-2.58920.19381400.17091365150599
2.5892-2.72560.19861430.165213751518100
2.7256-2.89640.20451390.170313971536100
2.8964-3.120.2061400.173814011541100
3.12-3.43380.19131430.15961379152299
3.4338-3.93040.1621440.139713841528100
3.9304-4.95070.15271460.1271412155899
4.9507-42.99590.20411510.1751462161399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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