PDB-5i0r: D-cysteine bound C93A mutant of Cysteine Dioxygenase at pH 8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i0r

タイトル

D-cysteine bound C93A mutant of Cysteine Dioxygenase at pH 8

要素

Cysteine dioxygenase type 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cupin-fold / cysteine to cysteine sulfinate / C93-Y157 crosslink / D-cysteine / catalysis oxidation

機能・相同性

機能・相同性情報

L-cysteine metabolic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / response to azide / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Kean, K.M. / Driggers, C.M. / Karplus, P.A.

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure-Based Insights into the Role of the Cys-Tyr Crosslink and Inhibitor Recognition by Mammalian Cysteine Dioxygenase.
著者: Driggers, C.M. / Kean, K.M. / Hirschberger, L.L. / Cooley, R.B. / Stipanuk, M.H. / Karplus, P.A.

履歴

登録	2016年2月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月3日	Group: Structure summary
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i0r.cif.gz	132.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i0r.ent.gz	105.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i0r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5i0r_validation.pdf.gz	433 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5i0r_full_validation.pdf.gz	433.3 KB	表示
XML形式データ	5i0r_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	5i0r_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/5i0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/5i0r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pixC 4piyC 4pizC 4pjyC 4xetC 4xezC 4xf0C 4xf1C 4xf3C 4xf4C 4xf9C 4xfbC 4xfcC 4xffC 4xfgC 4xfhC 4xfiC 5i0sC 5i0tC 5i0uC 4eio PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4iew-d 2b5h-d 4jto-d 4iex-d 3dyi-d 4ieo-d 4xfg-d 4xf3-d 4xfb-d 3v70-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cysteine dioxygenase type 1

ヘテロ分子

23.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.600, 57.600, 122.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-876- HOH

#1: タンパク質	Cysteine dioxygenase type 1 / Cysteine dioxygenase type I / CDO-I 分子量: 23026.822 Da / 分子数: 1 / 変異: C93A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cdo1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21816, cysteine dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-DCY / D-CYSTEINE タイプ: D-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂S
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6, 24% PEG 4000, 0.15 M ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→41.99 Å / Num. obs: 46343 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 53.5 % / R_merge(I) obs: 0.246 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 36.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(DEV_2386: ???)	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4EIO

4eio
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.35→41.94 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2	4549	9.86 %
R_work	0.17	-	-
obs	0.173	46119	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→41.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1504	0	9	321	1834

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1644
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.973	2230
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.338	605
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	235
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	298

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.3654	0.4078	164	0.368	1350	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3654-1.3814	0.395	145	0.3622	1346	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3814-1.3983	0.3553	155	0.3378	1360	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3983-1.416	0.3204	136	0.3086	1363	X-RAY DIFFRACTION	100
1.416-1.4346	0.3013	148	0.2865	1370	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4346-1.4543	0.3103	145	0.2681	1380	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4543-1.475	0.2712	163	0.2497	1345	X-RAY DIFFRACTION	100
1.475-1.497	0.2474	148	0.2423	1335	X-RAY DIFFRACTION	100
1.497-1.5204	0.2507	144	0.228	1380	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5204-1.5454	0.2655	142	0.2097	1376	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5454-1.572	0.233	170	0.2134	1363	X-RAY DIFFRACTION	100
1.572-1.6006	0.236	162	0.1905	1364	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6006-1.6314	0.1957	133	0.1877	1382	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6314-1.6647	0.225	151	0.1752	1337	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6647-1.7009	0.2319	150	0.1839	1389	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7009-1.7405	0.1925	161	0.1751	1361	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7405-1.784	0.2001	149	0.177	1368	X-RAY DIFFRACTION	100
1.784-1.8322	0.2099	140	0.1619	1376	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8322-1.8861	0.2023	133	0.1555	1403	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8861-1.947	0.2095	134	0.1511	1396	X-RAY DIFFRACTION	100
1.947-2.0166	0.1717	170	0.1463	1370	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0166-2.0973	0.1858	176	0.1496	1358	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0973-2.1928	0.1667	136	0.1406	1417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1928-2.3084	0.168	138	0.1423	1420	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3084-2.453	0.1729	147	0.1477	1392	X-RAY DIFFRACTION	100
2.453-2.6424	0.1989	160	0.1591	1406	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6424-2.9082	0.2161	169	0.1613	1408	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9082-3.3289	0.1649	154	0.1548	1423	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3289-4.1935	0.1685	158	0.1423	1463	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1935-41.9646	0.1777	168	0.1637	1569	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -17.3205 Å / Origin y: 2.9933 Å / Origin z: -49.8892 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0562 Å²	-0.0023 Å²	0.0012 Å²	-	0.0754 Å²	0.0005 Å²	-	-	0.0618 Å²
L	0.7343 °²	0.3261 °²	-0.0553 °²	-	0.6987 °²	0.1237 °²	-	-	0.4953 °²
S	0.0254 Å °	-0.0143 Å °	-0.0194 Å °	0.0305 Å °	-0.0192 Å °	-0.0099 Å °	0.025 Å °	-0.0131 Å °	0.1498 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: CHAIN 'A' AND RESID 5 THROUGH 190

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)