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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jto | ||||||
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タイトル | Cysteine bound Cysteine Dioxygenase at pH 8.0 in the presence of Cys and dithionite | ||||||
![]() | Cysteine dioxygenase type 1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Cupin Fold / cysteine to cysteine sulfinic acid catalysis / Cytosol | ||||||
機能・相同性 | ![]() L-cysteine metabolic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / response to azide / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding ...L-cysteine metabolic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / response to azide / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding / response to amino acid / response to glucocorticoid / response to cAMP / lactation / ferrous iron binding / response to ethanol / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Driggers, C.M. / Karplus, P.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cysteine Dioxygenase Structures from pH4 to 9: Consistent Cys-Persulfenate Formation at Intermediate pH and a Cys-Bound Enzyme at Higher pH. 著者: Driggers, C.M. / Cooley, R.B. / Sankaran, B. / Hirschberger, L.L. / Stipanuk, M.H. / Karplus, P.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 94.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 72.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23058.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE2 / |
#3: 化合物 | ChemComp-CYS / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M tri-sodium citrate pH=5.6, 24% PEG 4000, 0.15M ammonium acetate. 1:1 drop ratio with microseeding, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年3月1日 / 詳細: Osmic |
放射 | モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→29 Å / Num. all: 13313 / Num. obs: 13313 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→28.034 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -17.2034 Å / Origin y: 3.3807 Å / Origin z: -49.6877 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |