PDB-4piz: Homocysteine-bound Cysteine Dioxygenase at pH 6.2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4piz

タイトル

Homocysteine-bound Cysteine Dioxygenase at pH 6.2

要素

Cysteine dioxygenase type 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cupin fold / catalyzes oxidation / cysteine to cysteine sulfinate / C93-Y157 crosslink / Cytosol

機能・相同性

機能・相同性情報

L-cysteine metabolic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / response to azide / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Driggers, C.M. / Karplus, P.A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	DK-056649	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-98CH10886	米国

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure-Based Insights into the Role of the Cys-Tyr Crosslink and Inhibitor Recognition by Mammalian Cysteine Dioxygenase.
著者: Driggers, C.M. / Kean, K.M. / Hirschberger, L.L. / Cooley, R.B. / Stipanuk, M.H. / Karplus, P.A.

履歴

登録	2014年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月14日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.6	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4piz.cif.gz	100.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4piz.ent.gz	75.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4piz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4piz_validation.pdf.gz	435.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4piz_full_validation.pdf.gz	436.4 KB	表示
XML形式データ	4piz_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	4piz_validation.cif.gz	17.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/4piz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/4piz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pixC 4piyC 4pjyC 4xetC 4xezC 4xf0C 4xf1C 4xf3C 4xf4C 4xf9C 4xfbC 4xfcC 4xffC 4xfgC 4xfhC 4xfiC 5i0rC 5i0sC 5i0tC 5i0uC 4ieo 4iep 4ieq 4ier 4ies 4iet 4ieu 4iev 4iew 4iex 4iey 4iez 4jtn 4jto C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2gh2-d 4xf4-d 4pix-d 4xf0-d 5i0s-d 4xfg-d 4z82-d 6u4l-d 4iev-d 4piy-d 4ier-d 4iey-d 4xez-d 4ubh-d 4ysf-d 4xf9-d 6cdh-d 5ezw-d 4iez-d 4ies-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cysteine dioxygenase type 1

ヘテロ分子

23.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.600, 57.600, 122.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Cysteine dioxygenase type 1 / Cysteine dioxygenase type I / CDO-I 分子量: 23058.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cdo1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21816, cysteine dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-HCS / 2-AMINO-4-MERCAPTO-BUTYRIC ACID / L-Homocysteine タイプ: L-peptide linking / 分子量: 135.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₉NO₂S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.13 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: Purified enzyme was concentrated to ~8 mg/mL and then added into a crystallization screen containing 0.1 M tri-sodium citrate pH=5.6, 24-34% PEG 4K, and 0.1-0.25 M ammonium acetate. 1.5L of ...詳細: Purified enzyme was concentrated to ~8 mg/mL and then added into a crystallization screen containing 0.1 M tri-sodium citrate pH=5.6, 24-34% PEG 4K, and 0.1-0.25 M ammonium acetate. 1.5L of protein solution was added to each well and mixed with an equivalent volume of reservoir solution., pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.13 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: Purified enzyme was concentrated to ~8 mg/mL and then added into a crystallization screen containing 0.1 M tri-sodium citrate pH=5.6, 24-34% PEG 4K, and 0.1-0.25 M ammonium acetate. 1.5L of ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月18日
放射	モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL, SI(111) LIQUID N2 COOLED プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→34 Å / Num. obs: 42028 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.4→33.907 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2018	4108	9.81 %
R_work	0.1749	-	-
obs	0.1776	41879	98.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→33.907 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1505	0	9	247	1761

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	1629
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.313	2217
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.256	610
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	237
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	292

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.406	0.4253	102	0.4032	910	X-RAY DIFFRACTION	69
1.406-1.4232	0.3467	118	0.4059	1268	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4232-1.4412	0.3636	145	0.3711	1293	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4412-1.4602	0.4219	136	0.3613	1285	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4602-1.4802	0.3533	143	0.3263	1302	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4802-1.5013	0.2777	131	0.3154	1300	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5013-1.5237	0.368	138	0.2862	1286	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5237-1.5475	0.279	141	0.2569	1293	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5475-1.5729	0.2932	161	0.2414	1290	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5729-1.6	0.2582	150	0.2348	1301	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.6291	0.2143	127	0.2031	1304	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6291-1.6605	0.2281	155	0.2011	1266	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6605-1.6944	0.2412	152	0.2017	1318	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6944-1.7312	0.2129	156	0.2071	1269	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7312-1.7715	0.2082	125	0.2025	1327	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7715-1.8158	0.2239	134	0.1927	1313	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8158-1.8648	0.2375	130	0.1741	1311	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8648-1.9197	0.1921	135	0.1784	1323	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9197-1.9817	0.1838	145	0.1689	1321	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9817-2.0525	0.2031	155	0.1614	1289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0525-2.1347	0.1691	149	0.1651	1323	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1347-2.2318	0.2191	133	0.1619	1320	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2318-2.3494	0.1979	139	0.1619	1321	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3494-2.4966	0.2281	138	0.1664	1345	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4966-2.6893	0.2049	169	0.1665	1309	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6893-2.9598	0.2007	141	0.1666	1347	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9598-3.3877	0.1826	153	0.1663	1374	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3877-4.2668	0.1784	143	0.1453	1376	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2668-33.917	0.1611	164	0.152	1487	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -17.2844 Å / Origin y: 3.0164 Å / Origin z: -49.9999 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1101 Å²	0.002 Å²	-0.0058 Å²	-	0.1398 Å²	0.0186 Å²	-	-	0.1215 Å²
L	1.6886 °²	0.5804 °²	-0.3758 °²	-	2.1848 °²	0.3542 °²	-	-	1.746 °²
S	-0.0018 Å °	-0.0108 Å °	-0.0714 Å °	0.0608 Å °	-0.0071 Å °	0.0831 Å °	0.1109 Å °	-0.1233 Å °	0.0032 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: chain 'A' and resid 5 through 190

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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