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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xcf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human 4E10 Fab in complex with its peptide epitope on HIV-1 gp41; crystals cryoprotected with phosphatidylcholine (03:0 PC) | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / 4E10 Fab anti HIV-1 gp41 / phosphatidylcholine / membrane lipid | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å | ||||||
データ登録者 | Irimia, A. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2016 タイトル: Crystallographic Identification of Lipid as an Integral Component of the Epitope of HIV Broadly Neutralizing Antibody 4E10. 著者: Irimia, A. / Sarkar, A. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xcf.cif.gz | 211.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xcf.ent.gz | 167.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xcf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4xcf_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4xcf_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4xcf_validation.xml.gz | 26.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4xcf_validation.cif.gz | 40.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/4xcf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/4xcf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23395.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pDR12 / 細胞株 (発現宿主): 293 Freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) | ||
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#2: 抗体 | 分子量: 23990.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pDR12 / 細胞株 (発現宿主): 293 Freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) | ||
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2226.618 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: UniProt: P05877*PLUS | ||
#4: 化合物 | ChemComp-43Y / [( #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.7 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: The complex grew from 1:1 protein:reservoir solution sitting drops equilibrated against 20% PEG 8000, 0.2 M sodium acetate, pH 5.5, 0.2 M sodium thiocyanate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.03317 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月22日 |
放射 | モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal, non fixed exit slit プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03317 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.43→35.93 Å / Num. obs: 93375 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 14.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.43→1.45 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.506 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 53.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2FX7 解像度: 1.43→35.93 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.47 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.43→35.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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