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- PDB-4xca: Crystal Structure of HygX from Streptomyces hygroscopicus with ni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xca
タイトルCrystal Structure of HygX from Streptomyces hygroscopicus with nickel and 2-oxoglutarate bound
要素oxidase/hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / double stranded beta helix
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
q2cbj1_9rhob like domain / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / NICKEL (II) ION / Putative oxidase/hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces hygroscopicus subsp. hygroscopicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.295 Å
データ登録者McCulloch, K.M. / McCranie, E.K. / Sarwar, M. / Mathieu, J.L. / Gitschlag, B.L. / Du, Y. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)T32 HL007751 米国
American Heart Association12GRNT11920011 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Oxidative cyclizations in orthosomycin biosynthesis expand the known chemistry of an oxygenase superfamily.
著者: McCulloch, K.M. / McCranie, E.K. / Smith, J.A. / Sarwar, M. / Mathieu, J.L. / Gitschlag, B.L. / Du, Y. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M.
履歴
登録2014年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22015年9月30日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: oxidase/hydroxylase
B: oxidase/hydroxylase
C: oxidase/hydroxylase
D: oxidase/hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,26616
ポリマ－115,9264
非ポリマー1,34012
水8,989499
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16720 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area35970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.399, 112.044, 177.803
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
oxidase/hydroxylase


分子量: 28981.477 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces hygroscopicus subsp. hygroscopicus (バクテリア)
遺伝子: hygX / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2MFS1

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非ポリマー , 5種, 511分子

#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物
ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES, 50 mM CsCl, 30% Jeffamine M-600. Sample was pre-incubated with 3 mM 2-oxoglutarate for 30 minutes.

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-D11.485
シンクロトロンAPS 21-ID-F20.979
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月9日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.4851
20.9791
Reflection冗長度: 7.3 % / 数: 168858 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Χ2: 2.59 / D res high: 2.95 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 23283 / % possible obs: 99.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.355010.0632.6247
5.046.3510.0832.8127.4
4.415.0410.0872.8847.4
44.4110.1013.0047.3
3.72410.1163.6786.7
3.53.7210.162.8216.8
3.323.510.152.677.4
3.183.3210.2022.1717.5
3.063.1810.2671.7977.6
2.953.0610.331.6097.5
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 46741 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 32.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 1.265 / Net I/av σ(I): 21.085 / Net I/σ(I): 13.2 / Num. measured all: 204918
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.344.40.23423560.9790.1160.2620.93597.8
2.34-2.384.40.19823430.9820.0980.2220.92298.6
2.38-2.434.40.18123320.9820.090.2031.00297.2
2.43-2.484.40.16523450.9840.0830.1851.00199.3
2.48-2.534.40.15123760.9870.0760.171.03198.9
2.53-2.594.40.13423920.9880.0670.151.1199
2.59-2.664.40.11723950.990.060.1321.18599.3
2.66-2.734.50.10623580.9930.0530.1191.18899.4
2.73-2.814.50.09624240.9920.0490.1091.26799.6
2.81-2.94.50.08723520.9940.0450.0981.19199.5
2.9-34.50.07924370.9930.0410.091.2599.9
3-3.124.50.07424140.9950.0380.0831.365100
3.12-3.264.50.07624050.9930.040.0861.413100
3.26-3.444.50.07624110.9920.040.0861.69199.1
3.44-3.6540.08819730.9850.0480.1011.77881.2
3.65-3.933.70.11418810.9680.0640.1322.31577.2
3.93-4.334.30.06721380.9930.0350.0761.9486.6
4.33-4.954.40.04824390.9960.0250.0551.41398.3
4.95-6.244.50.03724690.9980.0190.0420.99398.4
6.24-504.20.03725010.9970.020.0430.91493.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHENIXAutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.295→40.713 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2363 3991 8.56 %
Rwork0.1755 42652 -
obs0.1808 46643 95.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 122.14 Å2 / Biso mean: 30.7862 Å2 / Biso min: 13.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.295→40.713 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7985 0 55 499 8539
Biso mean--37.47 33.08 -
残基数----1005
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088202
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09111120
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421218
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051476
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7033048
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2951-2.32210.31821350.20191386152191
2.3221-2.35040.30191210.191485160699
2.3504-2.38010.25041370.18681496163398
2.3801-2.41140.29291300.18671464159497
2.4114-2.44450.26461410.18431499164099
2.4445-2.47940.29051340.190514901624100
2.4794-2.51640.32341290.19541488161799
2.5164-2.55570.32971490.18251512166199
2.5557-2.59760.27111220.18991500162299
2.5976-2.64240.30791600.18781502166299
2.6424-2.69040.28031550.19231498165399
2.6904-2.74220.30771510.192514881639100
2.7422-2.79810.31891600.195115111671100
2.7981-2.8590.25561370.188914931630100
2.859-2.92540.26941180.191815521670100
2.9254-2.99860.25341460.172315291675100
2.9986-3.07960.26831390.18114961635100
3.0796-3.17020.25841450.185315401685100
3.1702-3.27250.24121450.179915341679100
3.2725-3.38940.25881460.18091506165299
3.3894-3.5250.22411390.18121529166899
3.525-3.68540.281970.22511117121472
3.6854-3.87950.21251250.18041326145185
3.8795-4.12240.21970.1464980107764
4.1224-4.44030.17191440.13171527167199
4.4403-4.88650.15441470.12341529167698
4.8865-5.5920.16731460.14141543168999
5.592-7.03940.19911460.17541566171298
7.0394-40.7190.22591500.19911566171693

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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